要回答这个问题，简单地说，就是中西文化差异的问题。利玛窦作为耶稣会士来到中国，用现在的眼光来说，他是传播科学(主要是天文学和地理学)，但在当时的社会背景来说，双方都不可能有现在的科学观念。

从利玛窦的角度说，他来中国的真正的目标是为了传播他的神学思想，把中国变成信仰上帝的国家，而他所拥有的天文、地理学知识则变成了传教的工具。所以，他会利用中国古籍中的"上帝"来翻译《圣经》中的耶和华，把儒家信奉的人文始祖伏羲和神农暗示为亚当、夏娃的后裔，把中国人说成是犹太人的后裔。

从当时中国人的角度来看，儒家思想当道，天文、地理知识实际上是被视为"技"而看不上眼的。但利玛窦带来的知识在当时确实有先进性，并对徐光启、李之藻等人产生了很深的影响。然而，耶稣会士传播的东方文明西来说观念动摇了传统的中国文化基础，因而必然导致儒家学者的仇视、反扑。就象后来不久，清朝钦天监监正杨光先就作了一篇《辟邪论》，攻击当时的天主教徒，最终，当时在钦天监里的天主教徒李祖白等五人被斩杀。