进化论有多少地方不合逻辑？
没有。如果你觉得进化论有哪里不合逻辑，那么九成九是因为你误会了进化论。
这背后的逻辑也很简单：全世界有无数聪明勤奋的进化生物学家毕生的志愿就是给进化论挑点毛病出来好提出自己修正后的新理论来扬名立万，进化论要真有什么明显的逻辑错误分分钟就给揪出来了，哪里轮得到知乎网友？
建议题主先去了解一下认知失调理论。
在认知失调的压力下，你基本上可以为「任何想法」找到一个看起来合乎逻辑的解释。
比如说，无所不能的造物主，故意在达尔文航行会到达的地方，埋下那些日后将成为进化论证据的化石。
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科学的魅力就在于，从一开始就认为前人的科学发现都是有局限性的，只是对真理的逼近，而不是不可置疑的真理。
科学家遇到旧理论无法解释新现象的时候，与其说科学家遇到了认知失调和信仰危机，不如说科学家会兴奋地像是打了鸡血，尼玛终于轮到老子去拿诺贝尔奖了。
达尔文的进化论也是如此。但凡能给进化论挑错打补丁的人，全都扬名立万了。
但是有一个共同点，这些挑错都是要有实验证据，而不仅仅是「指出进化论不合逻辑的地方」。
谢邀。
进化论是目前对于生物演化方面，最符合逻辑的理论。
当然，进化论是一个发展中的理论，有些地方的论据较少，比如稀有的化石资料等。
不过我们要理解，进化论属于自然科学，自然科学的理论大都是归纳总结而来，所以，从逻辑上讲，自然科学的理论只是可能为真，不一定为真，只有可能性大小。
所以，对进化论保持怀疑，也一样是正确的态度。
进化论最不和逻辑的地方，就是没有一个位置来摆放上帝他老人家。
进化论是一种从已知的结果倒推合理原因的理论，实际上是一种用于解释结果的思维方式的理论。
进化论是一种相对科学的思维方式，但进化论本身只有原则而没有固定答案（适者生存这类的原则）。所以你看到的进化论的答案都是相信进化论的人，根据目前已知证据补充的最可能的原因或者理由。所以进化论到最后10个人可能对同一个结果或现象有10个不同的解释，但是所有的解释其实都是根据进化论得到的。
由于进化论解释人的不同，对同一个现象和结果会有很多种解释，换句话说很多根据进化论得到的解释，可能不一定正确，只是解释人根据他的认知认为解释是正确的。
进化论本质上是一种和五行八卦相生相克类似的形式逻辑论，也就是说进化论这种逻辑论会预先规定好规则（物竞天选，适者生存），然后世间万物都按照这个规则进行解释，进化论可以解释几乎所有的现象和结果。
进化论最大的漏洞是因为进化论本身是形式逻辑论，所以进化论本身是无法证伪的，因为进化论无法证伪，所以从科学上讲进化论不属于科学的一部分。
生物必修三上面有
不是不合逻辑，是随著人们认识的扩展，进化论的解释力变弱了
有朋友提醒中性突变理论有益和有害的突变都不多且对半，这是我的疏漏。但是这个似乎并不影响我批判进化论在数学上不合逻辑，因为突变基本不可能产生完整新dna片段确为事实，不信诸位自己计算一下概率。
知乎居然说我无可靠信息来源，喂这些公理常识你要这些东西干嘛？
----------------------------修改过的原答案-------------------------------
数学上：进化论认为新的基因来自突变，可是通过数学计算出来突变出完整dna片段的概率近乎0。另外一般人都可以推理出来，要想产生新的物种，必须又大量个体同时产生同一个基因的变异，这很显然靠突变基本不可能。
物理上：热力学第二定律，一个封闭的系统自发只能熵增，是从有序到无序、高能量到低能量。进化论认为隔离是物种形成的必要条件，长期地理隔离造成各自积累不同变异且断绝基因交流。首先如果隔离和变异是自发行为，那么只能带来基因退化。其次，就人工育种的各种历史而言（比如纯种狗的培养、金鱼的培养），并没有产生出可以生殖隔离的新物种，而且我们看到狗子也好、金鱼也罢，其基因相对原始品种存在各类不同程度缺陷，是明显退化了的。
化学上：基因可以以病毒为载体进入生物，所以存在以病毒为载体不同物种之间传递基因和可能性（高中生物选修三，基因治疗是靠病毒把缺少的基因植进去）。
这些说明了：
- 新的基因基本不能突变产生而必须外来（病毒外来？）。
- 必然有什么力量与自发的熵增/退化抗衡。
- 以上1和2都面临一个「从哪里来」的问题，所以上帝必然存在，问题仅在于他是谁（外星人？波函数？神秘灵体？）。
何况还有好多进化论压根无法回答的问题（e.g. 熊猫为何吃竹子，先有鸡先有蛋）
进化论不能解释不可简约的复杂性。
例如眼睛，只有眼球、神经、大脑一整套系统完美协作才能有功能；
这里面眼球本身、神经本身、大脑本身又极度复杂，都有无数完全不同的细胞协作才能单独运行；
同时 每个细胞，都是靠无数复杂的蛋白质，按照极度精密的顺序被折叠激活后才能组合而成；
同时组合折叠这些蛋白质的分子机器也是专门设计、并且能够记忆任何一种蛋白质的组合顺序、按照顺序完美协作才可以；
这样类似于分形一样，在任何一个节点，生物都是复杂、不可简约的。如果要改变一种性状，要：
- 组合蛋白质的细胞内部分子机器正确变异；
- 蛋白质被用正确的顺序组合；
- 不同蛋白质都用正确的方式在一起协作，形成有功能性的细胞；
- 不同功能性的细胞恰巧在一起正确协作，形成 有功能性的性状；
- 不同的性状相互配合，形成感知-处理-反馈的完美中枢；
- 该生物幸运地找到了另一个和它一样这么幸运的另一半，然后产下遗传该全套性状的个体；
- 这个个体没有被吃掉，而是和自己的姐妹兄弟通婚，发展壮大整个家族。
我觉得有理智的人，都会质疑上述链条的达成是有相当难度的吧，那么生物应该是很偶然了？结果不是，历史上出现的生物数都数不清！异彩纷呈，精彩绝伦，而且经常是一批99.99%全死，突然又出来新的完全不同的一批。
另外，进化没有化石证据支持。
无法自洽物种突变
在知乎，最不合逻辑的地方就是进化论不允许被质疑
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