达尔文的进化论有哪些证据，又有哪些不足？

希望题主先明白一件事就是————达尔文进化论不等于现代综合进化论。（也就是达尔文错不等于进化论错）
了解达尔文的证据有什么可以看看《物种起源》
至于达尔文进化论不足就太多了。（这不怪达尔文只是当时的时代局限）。其中最最重要的一个不足是达尔文就不知道基因是什么。他和孟德尔是一个时代的人（而孟德尔成就被重视是在很久以后了），而DNA的发现就更晚了。其次种群是物种进化的基本单位，达尔文好像也不知道。
说一些网上争论比较多的「达尔文不足」

1没有中间物种化石。这个问题是当年最头疼问题。但是化石发掘那么久了早就有数不胜数的中间化石了。从最早的始祖鸟，到马科进化谱系建立，古猿露西的发现，等等等等，以及刚刚发现的奇虾到节肢动物的中间物种麒麟虾。
2寒武纪大爆发。当年达尔文也称解释不了，但随著化石的发掘尤其是埃迪卡拉生物群的发现，寒武纪大爆发已经没有那么神秘不可思议了。
3眼睛的进化，这也是达尔文解释不了的。但现在也不是问题了。

4有人问中颈长颈鹿。
长颈鹿进化我不太了解。可以看一下其他答主的文章。https://www.zhihu.com/answer/536335523
现在网上现在一堆反进化论的人只知道给达尔文挑错，却丝毫不了解现代综合进化论。这就好比一个人说发动机不靠谱，不谈论内燃机，只会给蒸汽机挑毛病。

默认题述「达尔文的进化论」指的是达尔文在十九世纪提出的那个最初版的进化论。当时他老人家提出的证据主要是他的个人见闻和收集（贝格尔号沿途对各种动植物的观察，搜集的标本等），比较解剖学的证据（包括标本和化石记录），以及人类对各种动植物的驯化史。
达尔文自己认为的不足都直接写在《物种起源》里了，就是1）过渡形态为啥这么稀少，2）那些差异极大精妙复杂的器官是不是真就是自然选择的结果，3）本能能不能通过自然选择产生。当然其实他老人家在书里对这些都给出了相当程度的解释。而站在今天的角度来看，达尔文当年最致命的不足在于他没法说清楚生物的遗传到底是一个什么机制，这也就直接导致了学术界对进化论长达数十年的争议，直到二十世纪中前期一帮大神给进化论来了一次全面升级把现代遗传学给整合了进去，才让进化论真正在科学界站稳了脚跟，也造就了当前主流的现代综合进化论（the modern synthesis）。

达尔文进化论的证据

达尔文进化论的三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育重演律。
这个就不多讲了。

达尔文的传统进化论在当时的不足之处：

1.缺少数学模型。缺少了进化中有几种类型的基因驱动描述，包括基于归巢内切酶的基因驱动、性连锁减数分裂驱动、medea基因驱动和显性不足基因驱动。他们从不同的属性上描述了这些基因驱动，包括扩散速率、物种特异性、适合度代价（fitness cost）、抵抗易感性、可移除性和可逆性。这些都是进化生物学的数学描述。
2.达尔文过分强调了生物进化的渐变性。他深信「自然界无跳跃」，用「中间类型绝灭」和「化石记录不全」来解释古生物资料所显示的跳跃性进化。传统进化论的这种观点正越来越受到间断平衡论者和新灾变论者的猛烈批评。按照现代进化论体系所提出的「间断平衡」理论，生物在进化时，往往是在很长时间的稳定之后，在短时间内完成向新种的进化，因此过渡形态更加难以形成化石。
3.无法解释自然选择。当时的达尔文找不到一个合理的遗传机理来解释自然选择。被迫做出让步，承认用进废退的拉马克主义也是成立的，可以用来补充自然选择学说。
所以达尔文的传统进化论经过多年的修改，纠正，和发展，逐渐演变成了现代综合进化论：
（1）基因突变、染色体畸变和通过有性杂交实现的基因重组合是生物进化的原材料。
（2）进化的基本单位是群体而不是个体；进化是由于群体中基因频率发生了重大的变化。
（3）自然选择决定进化的方向；生物对环境的适应性是长期自然选择的结果。
（4）隔离导致新种的形成；长期的地理隔离常使一个种群分成许多亚种，亚种在各自不同的环境条件下进一步发生变异就可能出现生殖隔离，形成新种。

现代综合进化论的特点：彻底否定了获得性的遗传，强调进化的渐进性，其认为进化现象是群体现象并重新肯定了自然选择的压倒一切的重要性。
传统进化论和现代综合进化论比较之下两者的区别：
1.达尔文进化论没有阐明遗传和变异的本质以及自然选择的作用机理,而现代进化论克服了这个缺点.从而将原本达尔文进化论吸收的拉马克学说里的用进废退理论基本摒弃。
2.达尔文进化论著重研究生物个体的进化,而现代进化论则强调群体的进化,认为种群是生物进化的基本单位.
3.在达尔文学说中,自然选择来自过度繁殖和生存斗争；而现代进化论中,则将自然选择归于基因型有差异的延续,即使没有生存斗争,自然选择也在进行.
现代综合进化论继承和发展了达尔文学说，而其依据的群体进化论本身就取材于进化结果统计，能较好地解释各种进化现象，故进化论一直处于全世界科学主导地位，它再也不只是最初的科学假说了。

现代进化理论认为，进化是生物种群中实现的，而突变、选择和隔离是生物进化和物种形成过程中的三个基本环节
种群是生物进化的基本单位
生物进化的基本单位是种群是生物进化的基本单种群，不是个体。种群是指生活在同一区域内的同种生物个体的总和。一个物种通常包括许多分布在不同地点的种群。每个种群中的个体具有基本相同的遗传基础，但也存在一定的个体差异，所以种群一般具有杂种性，杂种性的存在意味著等位基因的存在。一个种群中能进行生殖的生物个体所含有的全部基因，称为种群的基因库。其中某一基因在它的群补等位基因中所占的比率，称为基因频率。
种群的基因频率若保持相对稳定，则该种群的基因型也保持稳定。但在自然界中种群基因频率的改变是不可避免的，于是基因型也逐渐变化。

突变为生物进化提供材料
突变引起的基因频率的改变是普遍存在的。诚然，突变发生的自然频率是相当低的，但是，种群是由大量的个体组成，每个个体具有成千上万基因，这样，每一代都会产生大量的变异。
突变的结果可形成多种多样的基因型，是种群出现大量可遗传变异。这些变异是随机性的，不定向的，能为生物进化提供原料。
自然选择主导著进化的方向
突变的方向是不确定性的，但一旦产生，就在自然界中受到选择的作用。自然选择不断淘汰不适应环境的类型，从而定向地改变种群中的基因频率向适应环境的方向演化。
自然选择不断地调整著生物与环境的关系，定向地改变种群的基因频率。那么，自然界又如何将改变了的基因频率在种群中相对固定下来，进而形成新的适应于环境的生物类型呢？
隔离是物种形成的必要条件
隔离使不同物种之间停止了基因交流，一个种群中所发生的突变不会扩散到另一个种群中去，使不同的种群朝不同的方向演化。
隔离一般分为地理隔离和生殖隔离两类。地理隔离是由于某些地理障碍而发生的。大河、大山、沙漠、海峡和远距离都能将种群阻隔开来，使他们之间彼此不能往来接触，失去了交配的机会。长期的地理隔离使两个种群分别接触不同的环境，各自积累了变异。另一方面，长期的地理隔离使相互分开的种群断绝了基因交流，结果导致了生殖隔离。生殖隔离是指进行有性生殖的生物彼此之间不能杂交或杂交不育。生殖隔离又可分为受精前的生殖隔离和受精后的生殖隔离。
生殖隔离一旦形成，原来的一个物种的种群就变成两个物种的种群了。

(摘自百度百科)
之所以复制粘贴这一段话，还是希望大家对进化论更多的了解，更多的认识，不要听风就是雨，今天人是猴子变的，明天又来一个把一群人扔水里他进化不出来鱼鳃。
首先，进化论或者说演化论，是一个假说，牛顿那些个现实生活实锤了的定律在量子力学里都不适用，何况演化论这个假说呢。
虽然是假说，但这个假说是目前为止最接近现实，也是适用最广的了。
不相信进化论的人，分好几种。
第一种就是完全不知道进化论是啥，对进化论的了解仅限于人是猴子变的。这种人呢，不能说是文盲，但的确蠢，科技这么发达，百度一下都可以啊。成天营销号上看那些个乱七八糟的文章，今天推翻进化论，明天鞭尸达尔文。这种人不用搭理。
第二种人就是对进化论有所了解，但不全面，他们有自己的思考能力。我上面复制粘贴的也是为了他们。这一类人知道进化论的大致流程，但对于具体的细节不清楚。典型的就是混淆了拉马克的理论和达尔文的理论，表现就是用进废退，我见过好多人，总觉得后天的锻炼可以遗传，例如他们认为长颈鹿是因为够树上的树叶把脖子拉长了。还有的人总觉得进化是突然发生的，猴子突然变成人。以及对于突变概念的错误认识，认为突变就能带来进化，突变就是有益的，定向的，可控的。这种人还是可以沟通一下，大家交流一下，互相学习。
第三种人是专业人士，进化论了如指掌，由于走在生物学前沿，深知进化论不足之处，他们多是以辩证的眼光看待进化论，所以很多时候会表达出一些观点，这些观点多是对于进化论的质疑。
基本流程：
第三类人-进化论并不一定完全正确。

第二类人-进化论不一定正确
第一类人-进化论不正确
最后我想说的是，科学就是不断发现，不断证实的过程。生物学发展日新月异，拉马克到达尔文再到现代进化论，其实都是不断在进步的，随著科学手段的进步，更多化石的出土，我相信以后我们终将解开生命的奥秘。

反驳一位答主的回答 @东部祭祀，他说没有发现其它形态的长劲鹿化石，以此来反驳进化论。

还有活生生的短脖子长颈鹿-霍加狓

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