達爾文的進化論有哪些證據，又有哪些不足？

希望題主先明白一件事就是————達爾文進化論不等於現代綜合進化論。（也就是達爾文錯不等於進化論錯）
瞭解達爾文的證據有什麼可以看看《物種起源》
至於達爾文進化論不足就太多了。（這不怪達爾文只是當時的時代侷限）。其中最最重要的一個不足是達爾文就不知道基因是什麼。他和孟德爾是一個時代的人（而孟德爾成就被重視是在很久以後了），而DNA的發現就更晚了。其次種羣是物種進化的基本單位，達爾文好像也不知道。
說一些網上爭論比較多的「達爾文不足」

1沒有中間物種化石。這個問題是當年最頭疼問題。但是化石發掘那麼久了早就有數不勝數的中間化石了。從最早的始祖鳥，到馬科進化譜系建立，古猿露西的發現，等等等等，以及剛剛發現的奇蝦到節肢動物的中間物種麒麟蝦。
2寒武紀大爆發。當年達爾文也稱解釋不了，但隨著化石的發掘尤其是埃迪卡拉生物羣的發現，寒武紀大爆發已經沒有那麼神祕不可思議了。
3眼睛的進化，這也是達爾文解釋不了的。但現在也不是問題了。

4有人問中頸長頸鹿。
長頸鹿進化我不太瞭解。可以看一下其他答主的文章。https://www.zhihu.com/answer/536335523
現在網上現在一堆反進化論的人只知道給達爾文挑錯，卻絲毫不瞭解現代綜合進化論。這就好比一個人說發動機不靠譜，不談論內燃機，只會給蒸汽機挑毛病。

默認題述「達爾文的進化論」指的是達爾文在十九世紀提出的那個最初版的進化論。當時他老人家提出的證據主要是他的個人見聞和收集（貝格爾號沿途對各種動植物的觀察，蒐集的標本等），比較解剖學的證據（包括標本和化石記錄），以及人類對各種動植物的馴化史。
達爾文自己認為的不足都直接寫在《物種起源》裏了，就是1）過渡形態為啥這麼稀少，2）那些差異極大精妙複雜的器官是不是真就是自然選擇的結果，3）本能能不能通過自然選擇產生。當然其實他老人家在書裏對這些都給出了相當程度的解釋。而站在今天的角度來看，達爾文當年最致命的不足在於他沒法說清楚生物的遺傳到底是一個什麼機制，這也就直接導致了學術界對進化論長達數十年的爭議，直到二十世紀中前期一幫大神給進化論來了一次全面升級把現代遺傳學給整合了進去，才讓進化論真正在科學界站穩了腳跟，也造就了當前主流的現代綜合進化論（the modern synthesis）。

達爾文進化論的證據

達爾文進化論的三大經典證據：比較解剖學、古生物學和胚胎髮育重演律。
這個就不多講了。

達爾文的傳統進化論在當時的不足之處：

1.缺少數學模型。缺少了進化中有幾種類型的基因驅動描述，包括基於歸巢內切酶的基因驅動、性連鎖減數分裂驅動、medea基因驅動和顯性不足基因驅動。他們從不同的屬性上描述了這些基因驅動，包括擴散速率、物種特異性、適合度代價（fitness cost）、抵抗易感性、可移除性和可逆性。這些都是進化生物學的數學描述。
2.達爾文過分強調了生物進化的漸變性。他深信「自然界無跳躍」，用「中間類型絕滅」和「化石記錄不全」來解釋古生物資料所顯示的跳躍性進化。傳統進化論的這種觀點正越來越受到間斷平衡論者和新災變論者的猛烈批評。按照現代進化論體系所提出的「間斷平衡」理論，生物在進化時，往往是在很長時間的穩定之後，在短時間內完成向新種的進化，因此過渡形態更加難以形成化石。
3.無法解釋自然選擇。當時的達爾文找不到一個合理的遺傳機理來解釋自然選擇。被迫做出讓步，承認用進廢退的拉馬克主義也是成立的，可以用來補充自然選擇學說。
所以達爾文的傳統進化論經過多年的修改，糾正，和發展，逐漸演變成了現代綜合進化論：
（1）基因突變、染色體畸變和通過有性雜交實現的基因重組合是生物進化的原材料。
（2）進化的基本單位是羣體而不是個體；進化是由於羣體中基因頻率發生了重大的變化。
（3）自然選擇決定進化的方向；生物對環境的適應性是長期自然選擇的結果。
（4）隔離導致新種的形成；長期的地理隔離常使一個種羣分成許多亞種，亞種在各自不同的環境條件下進一步發生變異就可能出現生殖隔離，形成新種。

現代綜合進化論的特點：徹底否定了獲得性的遺傳，強調進化的漸進性，其認為進化現象是羣體現象並重新肯定了自然選擇的壓倒一切的重要性。
傳統進化論和現代綜合進化論比較之下兩者的區別：
1.達爾文進化論沒有闡明遺傳和變異的本質以及自然選擇的作用機理,而現代進化論克服了這個缺點.從而將原本達爾文進化論吸收的拉馬克學說裏的用進廢退理論基本摒棄。
2.達爾文進化論著重研究生物個體的進化,而現代進化論則強調羣體的進化,認為種羣是生物進化的基本單位.
3.在達爾文學說中,自然選擇來自過度繁殖和生存鬥爭；而現代進化論中,則將自然選擇歸於基因型有差異的延續,即使沒有生存鬥爭,自然選擇也在進行.
現代綜合進化論繼承和發展了達爾文學說，而其依據的羣體進化論本身就取材於進化結果統計，能較好地解釋各種進化現象，故進化論一直處於全世界科學主導地位，它再也不只是最初的科學假說了。

現代進化理論認為，進化是生物種羣中實現的，而突變、選擇和隔離是生物進化和物種形成過程中的三個基本環節
種羣是生物進化的基本單位
生物進化的基本單位是種羣是生物進化的基本單種羣，不是個體。種羣是指生活在同一區域內的同種生物個體的總和。一個物種通常包括許多分佈在不同地點的種羣。每個種羣中的個體具有基本相同的遺傳基礎，但也存在一定的個體差異，所以種羣一般具有雜種性，雜種性的存在意味著等位基因的存在。一個種羣中能進行生殖的生物個體所含有的全部基因，稱為種羣的基因庫。其中某一基因在它的羣補等位基因中所佔的比率，稱為基因頻率。
種羣的基因頻率若保持相對穩定，則該種羣的基因型也保持穩定。但在自然界中種羣基因頻率的改變是不可避免的，於是基因型也逐漸變化。

突變為生物進化提供材料
突變引起的基因頻率的改變是普遍存在的。誠然，突變發生的自然頻率是相當低的，但是，種羣是由大量的個體組成，每個個體具有成千上萬基因，這樣，每一代都會產生大量的變異。
突變的結果可形成多種多樣的基因型，是種羣出現大量可遺傳變異。這些變異是隨機性的，不定向的，能為生物進化提供原料。
自然選擇主導著進化的方向
突變的方向是不確定性的，但一旦產生，就在自然界中受到選擇的作用。自然選擇不斷淘汰不適應環境的類型，從而定向地改變種羣中的基因頻率向適應環境的方向演化。
自然選擇不斷地調整著生物與環境的關係，定向地改變種羣的基因頻率。那麼，自然界又如何將改變了的基因頻率在種羣中相對固定下來，進而形成新的適應於環境的生物類型呢？
隔離是物種形成的必要條件
隔離使不同物種之間停止了基因交流，一個種羣中所發生的突變不會擴散到另一個種羣中去，使不同的種羣朝不同的方向演化。
隔離一般分為地理隔離和生殖隔離兩類。地理隔離是由於某些地理障礙而發生的。大河、大山、沙漠、海峽和遠距離都能將種羣阻隔開來，使他們之間彼此不能往來接觸，失去了交配的機會。長期的地理隔離使兩個種羣分別接觸不同的環境，各自積累了變異。另一方面，長期的地理隔離使相互分開的種羣斷絕了基因交流，結果導致了生殖隔離。生殖隔離是指進行有性生殖的生物彼此之間不能雜交或雜交不育。生殖隔離又可分為受精前的生殖隔離和受精後的生殖隔離。
生殖隔離一旦形成，原來的一個物種的種羣就變成兩個物種的種羣了。

(摘自百度百科)
之所以複製粘貼這一段話，還是希望大家對進化論更多的瞭解，更多的認識，不要聽風就是雨，今天人是猴子變的，明天又來一個把一羣人扔水裡他進化不出來魚鰓。
首先，進化論或者說演化論，是一個假說，牛頓那些個現實生活實錘了的定律在量子力學裡都不適用，何況演化論這個假說呢。
雖然是假說，但這個假說是目前為止最接近現實，也是適用最廣的了。
不相信進化論的人，分好幾種。
第一種就是完全不知道進化論是啥，對進化論的瞭解僅限於人是猴子變的。這種人呢，不能說是文盲，但的確蠢，科技這麼發達，百度一下都可以啊。成天營銷號上看那些個亂七八糟的文章，今天推翻進化論，明天鞭屍達爾文。這種人不用搭理。
第二種人就是對進化論有所瞭解，但不全面，他們有自己的思考能力。我上面複製粘貼的也是為了他們。這一類人知道進化論的大致流程，但對於具體的細節不清楚。典型的就是混淆了拉馬克的理論和達爾文的理論，表現就是用進廢退，我見過好多人，總覺得後天的鍛煉可以遺傳，例如他們認為長頸鹿是因為夠樹上的樹葉把脖子拉長了。還有的人總覺得進化是突然發生的，猴子突然變成人。以及對於突變概念的錯誤認識，認為突變就能帶來進化，突變就是有益的，定向的，可控的。這種人還是可以溝通一下，大家交流一下，互相學習。
第三種人是專業人士，進化論瞭如指掌，由於走在生物學前沿，深知進化論不足之處，他們多是以辯證的眼光看待進化論，所以很多時候會表達出一些觀點，這些觀點多是對於進化論的質疑。
基本流程：
第三類人-進化論並不一定完全正確。

第二類人-進化論不一定正確
第一類人-進化論不正確
最後我想說的是，科學就是不斷發現，不斷證實的過程。生物學發展日新月異，拉馬克到達爾文再到現代進化論，其實都是不斷在進步的，隨著科學手段的進步，更多化石的出土，我相信以後我們終將解開生命的奧祕。

反駁一位答主的回答 @東部祭祀，他說沒有發現其它形態的長勁鹿化石，以此來反駁進化論。

還有活生生的短脖子長頸鹿-霍加狓

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