冷战结束后SAC解散,B1B们都被移交给了空战司令部。但此时专为核战争准备的B1B机队缺乏投掷常规弹药的能力。由此从1993年开始美空引入了多阶段常规任务升级项目(CMUP,有ABCDEF多个阶段)来赋予B1B投掷各种无制导炸弹,JDAM,JASSM,JSOW和巡航导弹(但B1B挂巡航导弹违反了START)的能力。此外CMUP也改进了电子对抗设备,导航和通讯系统以及武器制导设备(比如加装Mil-Std 1760和狙击手吊舱).
B1B在1998年的沙漠之狐行动中首次参战,当时B1B的攻击方式是带著超过30吨铁炸弹往伊拉克目标上糊过去......
随后的阿富汗战争中,战争初期USAF缺乏就近的空军基地的情况下B1B投放了近40%的空袭总弹药量,包括3900多枚JDAM。高载弹量和远航程能让B1B长期巡逻于战区上空提供持续空中支援。相同的战术也被运用于之后的伊拉克战争和空袭叙利亚中。