冷戰結束後SAC解散,B1B們都被移交給了空戰司令部。但此時專為核戰爭準備的B1B機隊缺乏投擲常規彈藥的能力。由此從1993年開始美空引入了多階段常規任務升級項目(CMUP,有ABCDEF多個階段)來賦予B1B投擲各種無制導炸彈,JDAM,JASSM,JSOW和巡航導彈(但B1B掛巡航導彈違反了START)的能力。此外CMUP也改進了電子對抗設備,導航和通訊系統以及武器制導設備(比如加裝Mil-Std 1760和狙擊手吊艙).
B1B在1998年的沙漠之狐行動中首次參戰,當時B1B的攻擊方式是帶著超過30噸鐵炸彈往伊拉克目標上糊過去......
隨後的阿富汗戰爭中,戰爭初期USAF缺乏就近的空軍基地的情況下B1B投放了近40%的空襲總彈藥量,包括3900多枚JDAM。高載彈量和遠航程能讓B1B長期巡邏於戰區上空提供持續空中支援。相同的戰術也被運用於之後的伊拉克戰爭和空襲敘利亞中。