对于抗生素的滥用，第一个找出来的问题就是抗药性（resistance）。这个抗药性的意思很简单，就是你注入自己以及孩子的抗生素越多，就会拣选出对抗生素作用具抗药性的细菌，很多人对抗药性不甚了了，他们以为是他们「自己本身变成对抗生素有抗药性」；但事实上，是他们所遭遇或携带的细菌变成有抗药性。
    以下抗药性行程的方式之一：假设有个小朋友因为感染而服用安莫西林来治疗。安莫西林是从青霉素衍生出来的药物，在大部份的国家都是最常开给小孩子服用的抗生素（药剂型通常是粉红色糖浆）。小朋友服用安莫西林之后，经由肠道吸收，进入血液当中，循环至所有的器官与组织，包括胃、肺部、口腔、喉咙、皮肤和耳朵，如果是女生，还会循环至阴部，所到之处只要有细菌在闲晃，就予以摧毁，安莫西林这一类所谓广效型抗生素（broad spectrum antibiotics），都是特别专擅的杀手。
    不过问题的症结在于：有的细菌其实只是无辜的旁观者；这种无辜的细菌有很多很多。所有这些相混的细菌群，都包含易感细菌也包含抗药性菌。病原菌通常只存在于一处，但是抗生素却不只消灭病原菌，连全身上下所有的易感细菌也都全数消灭。p99-100

    简言之，身体有许多细菌，有好菌、坏菌，当广效型抗生素施用，会杀掉所有的细菌，这么一来若有抗药性的细菌存在，将在一个没有竞争对手的环境中成长，因此可以繁殖得更好。于此同时，若这具有抗药性的细菌传播出去给其他人，治疗接下来这个病例，则会更加困难，以上为抗药性的两个意义。
    
    一九八五年，芝加哥爆发了大量的沙门氏菌感染，至少造成十六万人生病，多人死亡。单单一个地方，是什么引起这么大的事情，波及这么多人？通常罪魁祸首主要有两个，也就是水和牛奶。芝加哥有全市输水系统，这个系统有严格的管理和保护，所以不可能是嫌疑犯。而且病患当中有些人根本未进城。他们住在郊区；那里有他们自己的输水系统。
    这样一来，嫌疑犯只剩下牛奶一项。经过严格的调查研究，证实祸首果然真是牛奶。不出几天，情况便已经明朗；那家连锁店卖出的牛奶正式感染爆发的源头，而那些牛奶全部来自一家大乳品厂商。这一家乳品我去过；工厂很大，周产一百多万加仑的牛奶；输送管绵延数哩，还有很多储存槽，全都很大。那次我是以专家身分为一群受害者提出诉讼而前去查访。
    我们的故事中最重要的一点是，健康部针对这一次的爆发事件调查了约五十名受害者（病例）以及五十名未感染者（对照组）。他们只问一个问题：染病之前几个月内你有没有吃过抗生素？结果发现，爆发前几个月内曾吃过抗生素的人，其罹病率比有喝过该品牌牛奶但没吃过抗生素的人多上五倍半。
    和班霍夫、米勒几十年前研究的结论一样，服食抗生素使人较易感染沙门氏菌而罹病。前几章我有叙述过我们一系列的PAT实验中，我们在老鼠出生后第四十天给牠们吃最后一剂抗生素，而一百多天之后我们仍然可以找到证据，证明其肠内的维生物仍在骚动之中。
    芝加哥的医生不可能曾经警告芝加哥市民说，吃抗生素会提高感染沙门氏菌的易染性。事实上，没有任何保健专业人士会告诉你这一点。但是，新型感染的易染性升高，却是使用抗生素看不见的代价之一。p241-242

    所谓的PAT是指以老鼠进行PAT(pulsed antibiotic treatment)高剂量抗生素处置的实验。然而抗生素的滥用，除了对于外来感染的易染性提高，抗生素的滥用也使得身体本身的免疫机制产生变化，因此造成许多过敏的可能，诸如气喘、乳糜泻等等：

    胃壁有胃壁自己的淋巴细胞：其中B细胞负责制造抗体，T细胞则负责编派完整的防卫队伍。免疫细胞的功能和你的手臂肌肉有点像。手臂肌肉当中肱二头负责肌收缩，肱三头肌则负责伸展。免疫细胞也有种种相反的机能。免疫细胞可以是启动器，也可以是压制器。有的T细胞主要是发动发炎，有的T细胞—叫作调节性T细胞（regulatory T-cells）或是T-regs—则是负责修正及压制发炎。我们不希望被小战事打乱整场战争，否则破坏性就太强了。我们需要一组宪兵来管理部队，维持部队秩序。这个角色就是T-regs细胞在扮演。T-regs细胞和启动免疫反应的T细胞都住在胃壁里。有些人体要是有幽门杆菌入住，病理学家在他胃壁上看到的胃炎，其实是淋巴细胞在对幽门杆菌起反应。相对于现代人没有幽门杆菌的胃部，有幽门杆菌的人在胃部有很多淋巴细胞和更多的T-regs细胞。它们在那里执行自己的职务，亦即调节发炎反应。
    所以，病理学家观察到的胃炎其实并非都是不好的。这里出现的是一种典范转移。我相信，住在你胃里的那些T-regs细胞，透过其压制性机能，实际上保护你免于罹患气喘和过敏。病理学家以及医生必须认清，胃部「发炎」是正常的现象，当然这部份会以可能罹患胃溃疡和胃癌作为代价，但是却有我们现在才刚要开始理解的生物面优点。
    瑞士的安‧穆德（Anne Mueller）博士所领导的一个小组，为了了解幽门杆菌诱发的免疫反应之意义，曾经用老鼠进行了一次实验。这次的实验非常重要，他们的研究成果强烈地肯定幽门杆菌在人类气喘方面是个具保护性的角色。穆勒及其同事将雾化之后的过敏原喷入老鼠肺部，诱发老鼠气喘，结果证明，老鼠若有感染幽门杆菌，它们对过敏原的反应就会降低。老鼠胃里若有活的幽门杆菌，则会保护它们免于罹患气喘，但若施予的是死的幽门杆菌，就没有这种好处。而且幼年时就感染幽门杆菌的老鼠所得到的保护，大于成年之后才感染幽门杆菌的老鼠。这一点和人类的流行病学所发现的结果相当。我们已经证明，幽门杆菌产生的保护作用大部分始自生命早期阶段。
    穆勒的小组使用老鼠做进一步的实验，结果证明幽门杆菌会和胃壁的树突细胞互动，促使树突细胞设定免疫系统，释出T-regs细胞。这是何等聪明的策略，T-regs细胞会压制志在消灭一门杆菌的免疫反应；这也是一笔精明的交易，因为这里面对人类有平行利益，就是同时也压制了过敏反应。穆勒及其同事以老鼠做实验证明了这一点。（p178-180）

乳糜泻（celiac disease，这个病名来自希腊文的「空」或「肠」）会对麦类主要的蛋白质—叫作麸质—过敏。病患即使只是吃到一点点麸质，都会启动免疫反应，对小肠健康的肠膜展开攻击……（页220），推测即是肠道中某些微生物的消失，引导某些免疫细胞去压制某些过敏物，包括麸质。

    这种不正常的免疫反应，也在另一个实验中获得证实，使用会自行发展成第一型糖尿病的NOD鼠（non-obese diabetic mice）的公鼠观察所得，PAT处置后，「免疫细胞和发炎细胞早已将产制胰岛素的胰岛细胞撕裂。另外丽雅还发现，抗生素会改变肠道免疫细胞，而且也是在糖尿病发病以前。这就是证据，证明先有肠道中不正常的互动，而后胰脏才败坏掉。」（页218）
 

第一型糖尿病是免疫疾病，第二型糖尿病则偏向文明疾病，通常也会伴随肥胖症而来，但也许我们从未曾想到抗生素和肥胖的关系。一个恶趣却鲜少人知的资讯，家禽家畜在饲料中掺有抗生素，其实并不是为了防疫，而是为了增重，在其实验中「模仿现代农场喂养牲畜的方式，公鼠吃高脂食物加上抗生素的两合食物……体重增加百分之十……体脂量增加约百分之二十五；母鼠则足足增加百分之百。」（页202）之后他们也模拟抗生素在人体上的使用，也就是短时间内投以高剂量的抗生素，一样获得这样的结果，推测出肥胖问题和小孩服用抗生素有所连结。「研究儿童肥胖的问题，包括新生儿体重、每天看电视的时间长度、运动量、日常饮食的细项等等已经发表的研究很多，另也有一些人在进行几项大型的研究」（页210）但尚未有人提及抗生素的问题。
    有部影片《Fed up》，将肥胖与成人第二型糖尿病的矛头指向碳酸饮料，但影片中的一个例子，却像是反例，影片秀出一个过度肥胖的巨婴，来说明热量的进出不能作为肥胖的解释，然而过度肥胖的巨婴，绝对不是因为饮用「糖水」而肥胖，除了天生的代谢问题，是否有其他的可能性？当然前提是这个世代就是多了很多巨婴。因此《不该杀掉的微生物》作者马丁‧布雷瑟（Martin J. Blaser MD）提出了这个观点也很值得关注。我们可能在医病的同时，把病态的肥胖从小带给了孩子。
    最后以一个我自己还不能想像的理论结束，书中也提及微生物和自闭症的关系：

    我的理论根据的是一个事实，那就是肠道微生物对幼儿脑部的发育有影响。你的肠道有一亿多个神经元，差不多与脑细胞数量相当。这一亿多神经元在你消化道的肌肉间形成两层网状层，多多少少独立于你头壳下的脑部自行运作，在消化道间缩放，推动并搅拌肠道内容物。这些神经元协助推动东西前进，发出的讯号直达脑部，但还是能感应肠道内进行的事物—最主要的就是肠道是否满涨。肠道闭上的那层密布的神经末梢网络，透过迷走神经（vague nerve）将讯号直接送往脑部。近年来有几篇研究论文—也是运用囓齿类动物模型—证明这种由下（肠）而上（脑）的讯号，会影响认知发展及情绪。（页230）

     附上一个我疑惑很久的疑问，似乎被解开了一些。世界之大，饮食包罗万象，最令我不解的大概就是某些地区的低蛋白饮食和极地区域的饮食，显然以我所了解的营养学来说是会造成失衡的，然而为何这些区域的人在健康上不会出问题，当然也是微生物的贡献，书中同时提及，长时间的进行某一种类型的饮食，例如地中海区域饮食，也是会造成体内微生物的变化。

马丁‧布雷瑟Martin J. Blaser MD。不该杀掉的微生物：滥用抗生素如何加速现代瘟疫的蔓延Missing microbes: how the over use of antibiotics is fueling our modern plagues，廖世德译。台湾新北市：八旗文化。

STAT(subtherapeutic antibiotic treatments)农场喂食抗生素实验 四种低剂量抗生素注入老鼠的饮水罐里