並在成功入駐長安宮殿之後，就開始沉迷於酒色。娶了一位趙姓夫人，很是寵愛，爲了便於享樂，將政事都委託給岳父趙萌，稱帝后不理朝政。劉玄在長安城樂不思蜀，而揭竿而起的赤眉軍卻向長安殺了過來。由於更始政權朝堂混亂，國家的管理也因此漏洞百出，更兼將領出身不高，大多雞鳴狗盜之輩，並不能抵抗來勢洶洶的赤眉大軍。赤眉大軍所到之處，農民紛紛響應，爲了確定軍隊的正統性，赤眉軍也立下了一位皇帝。這位皇帝叫劉盆子，據說也是皇室後裔。這種情況之下，劉玄手下的高級將領張卬、申屠建等人因懼怕赤眉軍的威勢，欲挾持劉玄棄都城而逃。不過因爲消息泄露這個行動並沒有成功，這幾人因此反而引起劉玄的警覺，最終申屠建被誅殺。

其餘幾人則造了反，洗劫了都城商鋪，並攻入宮城之內，劉玄攜着妃子等人躲進了趙萌的家裏，才得以保命。雖然這次謀反很快鎮壓了下去，但是劉玄對這次事情心有餘悸，對其他擁立自己的將領也起了疑心。陳牧和成丹都是因爲劉玄的疑心被殺的，劉玄的這種行爲讓更始政權的實力大不如前，王匡聯合張卬等人也造了反。正在更始政權陷入內亂之際，赤眉大軍到達了長安，於是手下大將王匡和張卬投降敵軍。這二人的加入讓赤眉大軍對長安的攻打，更加的容易，劉玄最後只得派丞相李鬆迎戰。李鬆不敵赤眉軍，兵敗被俘，赤眉軍挾持李鬆。

要挾身爲城門校尉的李鬆弟弟李泛，若李泛不將城門打開便殺了李鬆，李泛隨即開門。赤眉軍攻入了長安，劉玄倉皇逃走，更始政權僅存在2年便覆滅。劉玄並沒有將自己和這江山社稷聯繫在一起，對長安也並無感情。若不是姬妾在身後大喊，皇上應該下馬謝城，或許劉玄爲了儘快逃命會毫不停留的策馬飛奔而去。劉玄對着都城匆匆拜了三拜，又上馬飛奔逃走。留在長安裏的百官除了時任丞相的曹竟，其餘皆降。劉玄並不是一個明君，在亂世當中能坐上皇位，其實是因爲百姓對劉姓江山的懷念。他上位後的所爲，將這個並不牢固的政權經營的千瘡百孔，被滅亡也是必然的。