并在成功入驻长安宫殿之后，就开始沉迷于酒色。娶了一位赵姓夫人，很是宠爱，为了便于享乐，将政事都委托给岳父赵萌，称帝后不理朝政。刘玄在长安城乐不思蜀，而揭竿而起的赤眉军却向长安杀了过来。由于更始政权朝堂混乱，国家的管理也因此漏洞百出，更兼将领出身不高，大多鸡鸣狗盗之辈，并不能抵抗来势汹汹的赤眉大军。赤眉大军所到之处，农民纷纷响应，为了确定军队的正统性，赤眉军也立下了一位皇帝。这位皇帝叫刘盆子，据说也是皇室后裔。这种情况之下，刘玄手下的高级将领张卬、申屠建等人因惧怕赤眉军的威势，欲挟持刘玄弃都城而逃。不过因为消息泄露这个行动并没有成功，这几人因此反而引起刘玄的警觉，最终申屠建被诛杀。

其余几人则造了反，洗劫了都城商铺，并攻入宫城之内，刘玄携着妃子等人躲进了赵萌的家里，才得以保命。虽然这次谋反很快镇压了下去，但是刘玄对这次事情心有余悸，对其他拥立自己的将领也起了疑心。陈牧和成丹都是因为刘玄的疑心被杀的，刘玄的这种行为让更始政权的实力大不如前，王匡联合张卬等人也造了反。正在更始政权陷入内乱之际，赤眉大军到达了长安，于是手下大将王匡和张卬投降敌军。这二人的加入让赤眉大军对长安的攻打，更加的容易，刘玄最后只得派丞相李松迎战。李松不敌赤眉军，兵败被俘，赤眉军挟持李松。

要挟身为城门校尉的李松弟弟李泛，若李泛不将城门打开便杀了李松，李泛随即开门。赤眉军攻入了长安，刘玄仓皇逃走，更始政权仅存在2年便覆灭。刘玄并没有将自己和这江山社稷联系在一起，对长安也并无感情。若不是姬妾在身后大喊，皇上应该下马谢城，或许刘玄为了尽快逃命会毫不停留的策马飞奔而去。刘玄对着都城匆匆拜了三拜，又上马飞奔逃走。留在长安里的百官除了时任丞相的曹竟，其余皆降。刘玄并不是一个明君，在乱世当中能坐上皇位，其实是因为百姓对刘姓江山的怀念。他上位后的所为，将这个并不牢固的政权经营的千疮百孔，被灭亡也是必然的。