新型冠状病毒来源于哪里？ 购买该盐选专栏查看完整 33 节内容
魅纬r间
评论中有许多关于病毒泄露或者阴谋论的质疑，或者其他物种可能传播的询问，我在评论中置顶了，如果觉得回答内容不够，可以看看评论的回复能否帮到你。也欢迎用你知道的信息和我们一起讨论。
2020.3.1更新
首先关于穿山甲，继管轶教授之后，华南农业大学也通过预印本发布了他们之前发布会的结果，不过类似的，也是结合位点相似性极高，但是整体的基因组仍然相似性较低。
也就是说穿山甲仍然只能是潜在的中间宿主，是不是中间宿主还不能有定论。SARS时期的果子狸的病毒相似度有99.8%，才被认为是有极高可能是中间宿主。
近期又有一些新的利用生物信息学与群体遗传学，从群体进化的角度分析了新冠病毒的起源的文章。这里做个简单概述也算是一个补充。
2月16日，有一篇发表在中国科学院科技论文预发布平台(http://www.chinaxiv.org)的一篇还没有经过专家审核(peer review) 的文章，来自中国科学院西双版纳热带植物园。ChinaXiv也明确注明了：不应被视为结论性的、指导临床实践/健康相关行为的信息，也不应作为既定事实在新闻媒体报道。
文章主要通过单倍型进行溯祖的研究。所谓单倍型，举个例子就很好理解，我们高中生物学过的豌豆有AABBCC这样的基因型，那么单倍型就是指ABC这样的连锁的基因；那么其实就类似与我们和欧洲人、非洲人可能有不一样的地方，其实我们和欧洲人、非洲人都可以理解为独立的单倍型，但都属于人类。首先理清这个概念，并不是说病毒变多了，其实都是一种病毒，他们内部有一些差异很正常。
之后文章提到选取了网上已递交的96个数据，其中美国有13个，中国有54个，湖北有22个。再通过不同的单倍型的比较，推断哪些类型是比较早的「祖先」，哪些类型是比较晚的「后辈」。发现的单倍型关系简单列一下（从前往后是从早到晚）：
mv1→H13→H3→H1
mv1→H38→H3→H1
其中在湖北发现的都是H3或者H1，而H13在广东深圳的病例发现，H38在美国的首例患者发现。这时的媒体报道就炸了：病毒起源于美国的意思吗！
然而事实并不是那么简单就能下定论的。
首先这是篇预印本文章，其结果、数据、结论都不应该被媒体报道，也不能被随意报道。这种不真实不准确的报道是对科学共同体探寻出的合理评判科学论文这一体系的一种践踏：科学论文经过的同行评议审核非常严格，你报道说是就是了，那科学家岂不是随便都能当？
其次文章使用的数据样本比例也不对，湖北感染者占全世界全部的80%，取样却只有22个，而美国、广东的取样出现H13和H38的都是早期的病人，其中美国的首例患者有明确的武汉旅居史（1月5日回武汉探亲，15日回美国，19日入院），在武汉感染到了比较早的H38型病毒，这也不奇怪。
文章作者也提到，下一步就是要找到武汉本地的「祖先型」病毒，这样对病毒的溯源会有很大的帮助。
简单来说，目前最可能的结果是：在湖北产生了H38、H13的「祖先型」病毒，并被传播到了广东、美国等等地方，而湖北内部的病毒发生了变化（文章提到了病毒经历过两次「转型」，加强了传播能力），更广泛的H1、H3型病毒出现了，也覆盖住了武汉原来的「祖先型」病毒。
而从华南海鲜市场检测到的单倍型，显示病毒的起始可能并不只是华南海鲜市场，这一点我们回答里面本身也有提及，大家可以看看，这里就不再多言。
2020.2.20更新
最近管轶教授发表了新的预印本文章，从收捕得马来穿山甲中分离出了相似度较高的冠状病毒，虽然整体相似度不如BaTG13-CoV的高，但是spike蛋白结合的RBD位点相似性非常高。
这证明了穿山甲作为潜在中间宿主的可能性，但还不能说明这是确认的中间宿主，还需要进一步验证。
相关具体的研究过程，可以查看我们新发的专栏文章：
穿山甲会是新冠病毒的中间寄主吗？ - biokiwi的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/108075018
2020.2.7更新
华南农业大学今日新闻发布会发布了穿山甲可能是中间宿主。
但是目前仅有新闻发布会和新闻媒体的报道，还没看到描述具体实验方法和结果的论文，虽然提及病毒相似性有99%，但这里我们先作为中间宿主最有可能的选项，进一步观望。
新闻报道：
2020.2.2更新
更新一点关于阴谋论可能性的研究：
在中国人们还在为双黄连的事弄得一头雾水的时候，另一边国外的生物预印本网站bioRxiv也炸开了锅：印度学者指出新型冠状病毒的插入片段和HIV相似。
这么一听，有点阴谋论的味道了？病毒来自实验室泄露？人为设计？
但是当我打开文献看的时候，却看到的是重重疑点。
先讲讲研究的思路，我们举过找茬的例子：研究者先是利用新病毒的基因组和SARS比对找茬，发现和人结合的S蛋白这个区，新病毒有四个多出来的东西，之后把这四个不同和其他病毒比较找茬，发现这四个不同和HIV的一模一样！
但是，文章并没有告诉我们他比对的其他结果，这四个不同的地方也很小（6-12个氨基酸）。文章后面的评论也指出，他们用同样的方法，但是却能找到和蝙蝠的冠状病毒相似；
再者，和冠状病毒有20%的差别呢，那其他地方比了也是HIV嘛？
另外我自己也试著找了一下茬，比较了一下其他动物的，发现第一个不同至少有三十多个长得完全一样的，说不定这个片段是从中间宿主那插进去的呢？
顺带一提，bioRxiv虽然有很多论文，但都是未经过同行评议的，换句话说就是不一定靠谱，你只要留个联系方式写篇英文文章你可能也能发。所以这上面的文章不少结论不一定对的。
另外，据说这篇文章的印度作者已经撤回文章修改。
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作为一个志在生物科普的自媒体，我们既希望能尽快把和新型冠状病毒相关的信息尽快告诉大家，但也希望能把一些我们本来就很关注的，生物科研相关的内容告诉大家。
因此这里整理了病毒爆发以来的一些报道文献和报告，来告诉大家：除了医疗工作者，科研工作者也在努力奋战，并取得了一定的成果。也希望能安抚大家心中对新型冠状病毒的紧张感。
限于篇幅关系，我们会将内容分为几个部分来讲述，并尽可能地跟进相关的研究。今天我们先来看看，新型冠状病毒传染的源头到底是哪里？这个源头这么难找吗？
蝙蝠是幕后大boss吗？
如果问传染源的动物是什么，好几个答案可能会在你脑海里冒出来：蝙蝠，尤其是中华菊头蝠，好像还有说是中华马蹄蝠？还有说法是蛇吃了蝙蝠，人又吃了蛇等等……
感觉答案非常混乱呢，不过似乎和蝙蝠脱离不了关系。
最开始是通过基因测序获得了病毒的全基因组，之后再和已知的冠状病毒比对，发现最相似的冠状病毒来自于可以寄生于蝙蝠的一种，相似度在88%左右[1]。而SARS的相似度比80%还要低。
这就好像一个找茬游戏，新型冠状病毒这幅画，和这个病毒有几十个不同，和那个有十几个不同，而和最像的可能只有八九个不同。
那么他们长得既然很像，也就有很相似的表型，因此也可能都是来自蝙蝠的。
但88%的相似其实仍然隔著很远的距离，举个例子，人和黑猩猩基因组的相似性是98%-99%，那么新型冠状病毒和这个病毒还是差得有点远的。（不过这只是一个非常粗浅的比较，人的基因组相比于病毒非常庞大，所以这个比较其实不太准确）
而病毒研究所的石正丽老师却给这个找茬游戏提供了更好的选择[2]。
他们团队提供了和新型冠状病毒只有一两个不同的找茬结果，这个结果指向了一种中华菊头蝠里的冠状病毒，相似度高达96%。除了基因组上的找茬，他们还通过血清学、电子显微镜观察、受体结合情况等等检验，确定了这是目前最接近正确答案的一个结果。
同时他们还利用了细胞以及转入ACE2蛋白的小鼠作为疾病模型来感染病毒，进一步确认了这种新型病毒的感染方式——极大可能是通过结合人的ACE2蛋白实现的感染。
而之前在丁香医生的疫情公告里出现过的中华马蹄蝠，则是名字的混淆导致的：中华菊头蝠的英文名是Chinese horseshoe bat，直译就成了中华马蹄蝠[3]。
但是中国分类学上的命名是中华菊头蝠，为了避免混淆，现在疫情公告上的名称也改过来了。
难道是直接吃蝙蝠传染的吗？
再说回刚刚讨论的传染源。
蝙蝠本身因为奇特的免疫系统，能携带多种病毒但仍能正常存活，而蝙蝠携带的病毒往往较难直接传播到人身上，而且之前爆发的SARS和MERS病毒则是来源于中间宿主，果子狸和骆驼。
所谓中间宿主，可以理解为，蝙蝠身上带著的病毒先是传染给了果子狸或骆驼，之后人吃了未煮熟的果子狸骆驼，或者可能饲养过程中接触、划伤，亦或者其他比如空气传播的方式，导致了最终人的感染。
那新型冠状病毒的中间宿主是什么呢？
最早的说法是，可能来自蛇[4]。但是这个却不是相对靠谱的找茬比较的方法，有点像是一种推理：病毒自身不能存活，是要寄生在生物体内的。那么什么样的生物最适合病毒生存呢？研究者运用密码子偏好性来研究。
为了方便我们还是举个例子吧。我们知道蛋白的翻译过程需要「搬运工」（tRNA）识别三个碱基，而我们有ATCG四种碱基，这就有4x4x4总共64种搬运工。
这些搬运工在每个动物里面都差不多，也基本都是64种，这64种搬运工则需要分工搬运20种氨基酸，这时不同动物体内就出现不同意见了。
有的动物对于这个氨基酸比较喜欢搬运工小李，但别的动物比较喜欢搬运工小张，这里就有了差异。
而病毒在宿主体内翻译蛋白也需要搬运工，那么就开始找什么动物的搬运工和病毒比较像呢？
最后研究者找到了蛇。
方法乍看起来很靠谱，但很快引起了人们的质疑[5]：
一是对于不同动物有的只研究了几万个搬运工，有的研究了几千万个，这显然「不公平」，得出来的结果缺乏准确。
另一个则是，当你用SARS、MERS或者其他蝙蝠宿主的病毒去进行这个推理的话，最后的结果也是蛇。
显然我们不能只关注于「搬运工」，可能还需要考虑很多的因素再来推理。这个方法看样子不太可靠。
另一个研究方法则把目标指向了另一种可能的动物——水貂[6]。
这个则是根据已有的资料库信息作为训练集，利用深度学习的方法，模拟出了病毒可能的感染方式和感染能力，之后再对比发现，水貂可能是中间宿主。
深度学习的预测方法考虑的可能更全面，但是中间的过程都被忽略了，可能只能模拟出感染的可能性。
而这个预测结果是否准确，我认为还需要有实地考察的检验才能知道。
虽然曾经溯源找到果子狸的管轶老师去了武汉说相关的检验无法展开[7]，但是从目前中国疾控中心的消息看，研究者已经在华南海鲜城市场检测到了阳性样本[8]，找到起来应该是中间宿主应该是指日可待。
但事情好像没有那么简单
1月24日发布在医学期刊《柳叶刀》上的关于最早的41个病人的描述[9]，出现了一些变化：之前一直说的患病者都来自于华南海鲜城，但是最早有三个病人，都没有接触过海鲜城。
而这41个人中，有13个人和海鲜城没有关系。
这可能说明，华南海鲜城并不是新型冠状病毒的真正来源[10]。
而另外有一项时间预测的分析[11]，研究者结合了目前发布的27个基因组，运用分子进化软体BEAST预测了这些病毒的最初祖先（the most recent common ancestor，简称 TMRCA）可能在什么时候出现。
如果还是以找茬游戏作为一个比喻，我们通过找茬可以找到这27个图里面都各自有些什么不同的地方，那么通过构建它们之间的关系，再结合上预测的改变速度，我们可以推测这些不同是经过了多长时间变出来的。（实际的演算法可以看参考资料[12]）
直接看结果的话，预测的时间在10.1-12.22范围内，参考值是12.2左右。
这也进一步说明了预测的感染时间可能和第一例病人吻合，也可能还要再往前推前不少。
其实这个结果也不是很出意料：
2003年的SARS病毒最早是在11月中出现，直到12月15日才报告了第一例病例；
而中东呼吸系统综合征MERS，最早的病例在2012年6月的一位沙特患者出现，而追溯分析却将传染源追溯到了4月份约旦的一次医院肺炎爆发。
这样来看，新型冠状病毒出现的时间可能比现在知道的还要早：要么可能是本身就已经在动物中存在了，在转运过程中进入了华南海鲜城；也可能是那位12.1报道的病人那样，有人感染了再进入到海鲜城进一步地传染。
这显然给科学家提出了更大更复杂的难题。
现在做个总结来回答题目的问题：
这个病毒可能从中华菊头蝠中的某个冠状病毒开始出现，并逐渐开始进化可以跨物种感染；
之后这个病毒被传播到某类中间宿主，较大可能是哺乳动物，而不是蛇，说不定可能是水貂；
在之后这个动物可能被带到了华南海鲜城，或者在这之前先感染了某个或几个人，而这些人又去了华南海鲜城；
最后导致了后面大家看到的逐步爆发。
这个问题的逐步解答能帮助疫情的进一步控制以及认识到如何才能避免相关事件再次发生。
虽然看起来还有些模糊，不过值得高兴的是，相较于17年前，科学家们的速度更快了。
目前一个月内，我们已经进行了至少35个病例病毒的全基因组测序，并开发出准确高效的核酸试剂盒；
同时也观察并分离出了新型冠状病毒，进一步确定了病原体，并为后续的治疗方法、疫苗研发提供了基础。
而这些在17年前，从02年12月发现到03年4月发现，这经历将近5个月的时间。
相信科学家们，会努力朝著问题的真相不断努力！
另外在查找资料的过程中，Kristian Andersen在http://virological.org上突然的更新，让我真切地感受到在这种时候的科学家不应该迫切地追求文章的发表，在一个类似这样能快速提供科研结果的论坛式平台上，提供最新的研究成果并与各行各业专业人士讨论，可能才能更好地促进研究的推进。这也是目前中国科学家做的还不够好的地方之一。参考资料：
[1] 2019新型冠状病毒信息库, 国家基因组科学数据中心, https://bigd.big.ac.cn/ncov
[2] Peng Z, Xing-Lou Yang, et.al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv 2020.01.22.914952 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1
[3] 国家动物博物馆员工, 微博
[4] Wei Ji, Wei Wang, et al. Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human. Journal of medical virology. https://doi.org/10.1002/jmv.2568
[5] 商周，质疑：蛇是武汉新型病毒的中间宿主吗？| 商周专栏，知识分子，2020.1.23
[6] Qian Guo, Mo Li, et.al. Host and infectivity prediction of Wuhan 2019 novel coronavirus using deep learning algorithm. bioRxiv 2020.01.21.914044 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.21.914044v2
[7] 财新网，媒体采访SARS专家管轶：这次我害怕了
[8] 新华网，中国疾控中心在武汉华南海鲜市场检出大量新型冠状病毒
[9] Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 2020.
[10] Jon Cohen. Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally. Science, Jan. 26, 2020 , 11:25 PM.
[11] Kristian Andersen. Clock and TMRCA based on 27 genomes. http://virological.org/t/clock-and-tmrca-based-on-27-genomes/347
[12] Suchard MA, Lemey P, et.al. (2018) Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 Virus Evolution 4, vey016. DOI:10.1093/ve/vey016
个人推断啊，从我这个生物工程毕业但从小接触动物的人的角度看，武汉海鲜市场卖野味，脏乱差，潮湿，这样的建筑蝙蝠这样的小玩意很喜欢住里面。而海鲜市场滋生的蚊蝇，灯光引来的昆虫就是它们的食物。
网上盛传的海鲜市场野味价目表中并没有蝙蝠，很多武汉朋友也在事发后辟谣表示武汉根本不吃蝙蝠，目前我们能看到的蝙蝠汤图片则来源于国外。
这次病毒的来源中菊头蝠体重仅18克，没什么肉，且并非药用品种。基本不具有在野味馆出售的价值。
虽然中菊头蝠一般认为分布在2000米海拔以上的地方，但鉴于国内分类学匮乏，且低于2000米海拔的区域也有中菊头蝠的采集记录，因此不排除中菊头蝠也可以在低海拔活动的可能。
武汉地处亚热带，在中菊头蝠分布范围内。
另外中菊头蝠经常和其他种类蝙蝠同居在一个洞穴，不排除中菊头蝠借助这个渠道将病毒传播给可在城市内活动蝙蝠的可能。
目前公认病毒来自中菊头蝠但还有个中间宿主。
而这个中间宿主多半来自野味馆。
野味馆里有大量生存环境极差的野生动物，它们的免疫系统严重削弱，同时来自各地的野生动物也输入了各地的病原体，蝙蝠住在这样的地方自然也会贡献一些。
笼子里的野味存活时间必然短，不管是卖了还是死了，都活不了太久。
这就要求病原体必须繁殖速度够快。
如果说笼子里的动物是病原体增殖的活体培养基。
来来往往的人就是病原体的活体选择培养基。
只有感染了人类，病原体才能离开这个修罗场。
这么说来整个海鲜市场一直在筛菌，出事是早晚的……
而至于最早病人有的根本没去过海鲜市场，有理由怀疑是早期其他带毒者人传人导致。
新冠病毒的来源可能为中华菊头蝠。
病毒这种东西是符合基因选择规律的，也就是以最大限度传播自己的基因为目标。当然病毒没有主观的意愿。只是自然选择的的游戏规则造成了这么一个结果。病毒进入人体以后，就会不断的繁殖，把人弄死对于病毒的传播不利，人死了病毒也很难存续。
因此尽可能的传播出去才是利益最大化的途径。所以那种不把宿主搞死，保证宿主有足够的体力到处溜达，一边走一边打喷嚏咳嗽的病毒就赚了便宜，获得了竞争的优势。时间长了，那些和病毒处的不错，彼此相安无事，甚至共存共荣的宿主就成了所谓的天然宿主。它们带著病毒照样活得舒舒服服的，它们才是传染病之源。
当年追踪 SARS 病毒的来源，最开始怀疑是果子狸，因为最开始得病的人和果子狸有过亲密接触。在果子狸的体内的确找到了 SARS 病毒的核酸。但是进一步研究，发现果子狸不是天然宿主。果子狸的养殖场统统没有查出感染 SARS 病毒，野生的果子狸体内也没有。但是市场里的那些却是有的，哪来的？当然是运到市场的途中传染上的嘛，甚至可能是人传给了果子狸。
2005 年，中科院动物所张树义研究员与武汉病毒所研究员石正丽以及澳大利亚的王林发教授合作在《科学》杂志发表的论文，他们在蝙蝠体内检测到一种类似于 SARS 病毒的冠状病毒的核酸，但是并没有分离到病毒。随后的几年里，石正丽团队在这个领域不断突破，2013 年，她带领的团队在《自然》杂志发表一项研究，在云南的一个蝙蝠洞里，他们在菊头蝠的粪便里分离出一株类似于 SARS 病毒的活病毒，这种新分离的病毒与已知的 SARS 病毒具有高度同源性，这项研究清晰地揭示了 SARS 病毒的来源。
石正丽教授的团队在这个地区的蝙蝠种群中检测到了组装 SARS 病毒所需要的所有基因。他们推断，SARS 病毒很可能是由各种「类 SARS 病毒」重组而来，在偶然的情况下，果子狸感染了这种病毒，病毒在果子狸体内进行了复制与进化，最终把病毒传给了人类。再仔细研究一下。中东呼吸综合征的病毒来源可能是单峰骆驼。骆驼只是个二传手。
2014 年，受到中国团队的启发，科学家们在南非的一种蝙蝠粪便中检测到一种与人感染的 MERS 病毒高度同源的冠状病毒，线索又一次指向了蝙蝠。这次武汉的新型冠状病毒，传播的源头被认为是海鲜市场里的野生动物，可能这些所谓的野味就是个「二传手」，基因线索还是指向蝙蝠。我们不得不佩服自然选择规律的神奇。没错，人家如意算盘打得啪啪响啊，如果宿主会飞呢，即便是高山和河流都无法阻挡冠状病毒的传播了。但是鸟类和我们人类相差很远，鸟类是下蛋的，我们是哺乳动物，病毒玩儿跨界实在是太麻烦，不合算。有没有会飞的哺乳动物呢？有啊，除了蝙蝠还有谁？蝙蝠数量庞大，种类繁多，大概有 1200 多种，占到了哺乳动物物种总数的 20%，仅次于啮齿类动物。而且喜欢群居，山洞的洞顶上能黑压压挂上一大片。没有比这家伙更合适的了。
蝙蝠这东西也是个开了挂的大类。一般来讲，小动物的心跳都很快。因为动物体积小，热量散失就快，心跳就必须加快，体温也必须高一些，否则对抗不了热量的快速散失。可是心跳越快，往往寿命就不长。偏偏蝙蝠是个另类，人家体温能飚到 40 度，但是人家能活 30 年，老鼠跟人家差远了，别看长得有点像。在飞行期间，蝙蝠的新陈代谢水平会增长 15-16 倍，相比之下，奔跑得精疲力竭的啮齿类动物新陈代谢水平只会增长 7 倍，而大多数鸟类在飞行期间新陈代谢水平只会增长 2 倍，蝙蝠体温会更高的。
这简直就是在不断的发烧，在高温下，什么病毒都不灵。
人也经常用发烧的方式来对付病毒。只是人没办法长时间发高烧。人家蝙蝠不在乎，这是基本技能。但是等蝙蝠倒挂著休息了，新陈代谢下来了，病毒就可以开始繁殖了。等到蝙蝠飞行的时候，体温上升，再被抑制。就这么循环往复，病毒想发作，没机会，但是也死不绝。于是蝙蝠身上携带了大量的病毒。再加上吸血蝙蝠之类的到处叮咬动物，简直就是个会飞的「培育器」，一个会飞的「病毒集散中心」。还有一个重要的原因，蝙蝠基因组里面有更多有关基因修复的基因，并且表达量远远高于其他哺乳动物。这些基因可以抑制病毒的复制，它自己没事。魔高一尺，道高一丈。自然选择机制一直在发挥作用。蝙蝠身上的一些病毒可是逐渐适应了高温的哦。这些病毒要是传播给了人，人体靠发烧来对付这些病毒，人家还不怕了，你这点温度比蝙蝠身上差远了，毛毛雨啦。
所以，人即便是发高烧，不但对付不了这些病毒，反倒把自己烧坏了。浙大和华南农大分别在 2017 和 2018 年独立发现了一种对猪造成严重威胁的冠状病毒，源头也是蝙蝠。原来「二师兄」也深受其害啊。本来啊，大家井水不犯河水，但是，随著人口的不断增加，人为的自然环境破坏日趋严重，蝙蝠的栖息地遭到破坏，这些都可能是蝙蝠向其他物种传播病毒的原因。接触机会多了嘛，常在河边走哪有不湿鞋。这是一个原因。
第二个原因可能是我国的特色，那就是就是所谓的喜欢吃「野味」。这些「野味」不管是野生的还是养殖的，很多都没有经历过严格的动物检疫。这东西你也敢吃啊？有些人的胆子是真大，您不差这一口吧？能不能别再吃野生动物了？把命搭上不值当的。这倒好，这传染病闹得全国人民都没法好好吃顿年夜饭了。这种陋习，还是淘汰吧。总之，人类与自然之间的关系，复杂著呢。我们不可能彻查世界上的每一只野生动物，病毒就潜伏在它们的体内。不管是鼠疫还是狂犬病，还是各种冠状病毒。与它们的接触是有风险的，躲远点，不接触是最优的选择。我在这儿还是要劝大家，管住嘴。
这次引发这场疫情的还是冠状病毒，只不过是一种新版的冠状病毒，这种玩意儿以前谁都没碰到过。
说起来，冠状病毒以前一直没有被大家重视，因为这东西比较弱
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通俗医学史：关于生老病死的解释
吴京平 科普作家、职业自媒体科普人
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2019年9月5日果壳网报道：从6月28日-8月27日的两个月时间里，美国疾控中心（CDC）收到了来自25个州、共计215例「尚不能断定病因」的肺炎。「这些病人最开始只是咳嗽、疲劳、呼吸困难、呼吸短促，有些还有肠胃不适，一步步发展到住院治疗、使用呼吸机，其中有一位患者已经死亡」。有怀疑是电子烟导致，但并非每一例病情都与吸食电子烟有关。
2019年9月29日，美国流感爆发。美国CDC：美国当季一万四千多人因流感而死，「部分人感染的流感病毒类型不确定」。
2月17日，Youtube上，保罗·科特雷尔博士（Dr. Paul Cottrell）发布视频称据CDC内部消息，美国目前确诊感染新冠病毒人数已经超过1000例，数量比公开数据多几十倍，为了维持社会稳定，CDC在故意隐瞒实情。尽管美国并未发布令民众恐慌的消息，但FBI悄悄紧急订购口罩、手套、消毒液的事情却被媒体曝光。此UP主被部分媒体称为美国疫情「吹哨人」。
2月19日，伊朗爆发疫情，甚至输出到部分周边国家和加拿大，但所有病例却都没有明确的中国接触史。最早确诊的两例病人未曾出国旅行，甚至没有出过库姆省。据美国CNBC报道，伊朗的病毒毒株与中国的不同。致死率相当高，和武汉第一代差不多。
2月21日，中国科学院、华南农大、中国脑科学研究所等机构通过全基因组数据解析发现，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2、H8-H12，而一份武汉样品单倍型是H3。显然，类型都不一致，华南海鲜市场并不是病毒发源地。58种单倍型分五组，广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源，澳大利亚、法国、日本、美国的样本相对较多，这些患者感染源至少有两个。美国甚至包括了五个来源，比中国还多。
2月26日，美国现首例无法确定病源新冠肺炎患者，美国疾控中心（CDC）称，当地时间2月26日确诊的一名新冠肺炎患者近期并未离开美国，也未与任何确诊病例有过接触。
2月27日，钟南山表示：疫情首先出现在中国，疫情不一定是发源中国。
2019年9月5日果壳网报道：从6月28日-8月27日的两个月时间里，美国疾控中心（CDC）收到了来自25个州、共计215例「尚不能断定病因」的肺炎。「这些病人最开始只是咳嗽、疲劳、呼吸困难、呼吸短促，有些还有肠胃不适，一步步发展到住院治疗、使用呼吸机，其中有一位患者已经死亡」。有怀疑是电子烟导致，但并非每一例病情都与吸食电子烟有关。
2019年9月29日，美国流感爆发。美国CDC：美国当季一万四千多人因流感而死，「部分人感染的流感病毒类型不确定」。
2月17日，Youtube上，保罗·科特雷尔博士（Dr. Paul Cottrell）发布视频称据CDC内部消息，美国目前确诊感染新冠病毒人数已经超过1000例，数量比公开数据多几十倍，为了维持社会稳定，CDC在故意隐瞒实情。尽管美国并未发布令民众恐慌的消息，但FBI悄悄紧急订购口罩、手套、消毒液的事情却被媒体曝光。此UP主被部分媒体称为美国疫情「吹哨人」。
2月19日，伊朗爆发疫情，甚至输出到部分周边国家和加拿大，但所有病例却都没有明确的中国接触史。最早确诊的两例病人未曾出国旅行，甚至没有出过库姆省。据美国CNBC报道，伊朗的病毒毒株与中国的不同。致死率相当高，和武汉第一代差不多。
2月21日，中国科学院、华南农大、中国脑科学研究所等机构通过全基因组数据解析发现，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2、H8-H12，而一份武汉样品单倍型是H3。显然，类型都不一致，华南海鲜市场并不是病毒发源地。58种单倍型分五组，广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源，澳大利亚、法国、日本、美国的样本相对较多，这些患者感染源至少有两个。美国甚至包括了五个来源，比中国还多。
2月26日，美国现首例无法确定病源新冠肺炎患者，美国疾控中心（CDC）称，当地时间2月26日确诊的一名新冠肺炎患者近期并未离开美国，也未与任何确诊病例有过接触。
2月27日，钟南山表示：疫情首先出现在中国，疫情不一定是发源中国。
武汉冠状病毒S蛋白同源比对结果
将武汉冠状病毒S蛋白与之前文章发表的突变列表进行对比
上图来自石正丽2015年发表的nature附件Supplementary Table 1: Spike amino acid identity of residues thatinteract directly with human ACE2 from SARS-CoV Urbani, SARS-CoV MA15, WIV1-CoV, and SHC014-CoV.
将武汉新型冠状病毒S蛋白序列与MA15以及其他SARS病毒S蛋白进行MAGA对比。图五SARS-Cov和2019-Cov的受体结合区域对照,关键氨基酸与上图中C位置与种类完全相符。
对比上图的武汉新型冠状病毒受体结合区关键氨基酸：
439 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 —— SHC014 426一致
486 Phenylalanine/Phe/F?苯丙氨酸?—— WIV1 472一致
501 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 —— WIV1 487一致
493 Glutamine/Gln/Q?谷氨醯胺?—— WIV1 479 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 虽然不一致，但是结构只差1个碳。
可以看出武汉冠状病毒（2019-Cov）的S蛋白受体结合区域关键的氨基酸，类似于石正丽2015年发表文章中SHC014与WIV1的混合体。但是由于SHC014的病毒全序列在文献中并没有完全公开，所以无法验证全部。
值得注意的是，石15年发表的这篇文章，石团队并不是主导
S-MA15 翻译自全序列NCBI编号FJ882957（SARScoronavirus MA15）；S-Wuhan 翻译来自全序列NCBI编号MN988668 （2019-nCoVWHU01）大家可以自行查证。
参考文献：
- Single-cell RNA expressionprofiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov（DOI: 10.1101/2020.01.26.919985.）
- A SARS-like cluster ofcirculating bat coronaviruses shows potential for human emergence (DOI: 10.1038/nm.3985)
- Genomic characterisation andepidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins andreceptor binding (DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8)
- Reverse genetics with afull-length infectious cDNA of severe acute respiratory syndrome coronavirus(DOI: 10.1073/pnas.1735582100)
- A pneumonia outbreak associatedwith a new coronavirus of probable bat origin (DOI: 10.1038/s41586-020-2012-7)
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