新型冠狀病毒來源於哪裡？ 購買該鹽選專欄查看完整 33 節內容
魅緯r間
評論中有許多關於病毒泄露或者陰謀論的質疑，或者其他物種可能傳播的詢問，我在評論中置頂了，如果覺得回答內容不夠，可以看看評論的回復能否幫到你。也歡迎用你知道的信息和我們一起討論。
2020.3.1更新
首先關於穿山甲，繼管軼教授之後，華南農業大學也通過預印本發布了他們之前發布會的結果，不過類似的，也是結合位點相似性極高，但是整體的基因組仍然相似性較低。
也就是說穿山甲仍然只能是潛在的中間宿主，是不是中間宿主還不能有定論。SARS時期的果子狸的病毒相似度有99.8%，才被認為是有極高可能是中間宿主。
近期又有一些新的利用生物信息學與羣體遺傳學，從羣體進化的角度分析了新冠病毒的起源的文章。這裡做個簡單概述也算是一個補充。
2月16日，有一篇發表在中國科學院科技論文預發布平臺(http://www.chinaxiv.org)的一篇還沒有經過專家審核(peer review) 的文章，來自中國科學院西雙版納熱帶植物園。ChinaXiv也明確註明瞭：不應被視為結論性的、指導臨牀實踐/健康相關行為的信息，也不應作為既定事實在新聞媒體報道。
文章主要通過單倍型進行溯祖的研究。所謂單倍型，舉個例子就很好理解，我們高中生物學過的豌豆有AABBCC這樣的基因型，那麼單倍型就是指ABC這樣的連鎖的基因；那麼其實就類似與我們和歐洲人、非洲人可能有不一樣的地方，其實我們和歐洲人、非洲人都可以理解為獨立的單倍型，但都屬於人類。首先理清這個概念，並不是說病毒變多了，其實都是一種病毒，他們內部有一些差異很正常。
之後文章提到選取了網上已遞交的96個數據，其中美國有13個，中國有54個，湖北有22個。再通過不同的單倍型的比較，推斷哪些類型是比較早的「祖先」，哪些類型是比較晚的「後輩」。發現的單倍型關係簡單列一下（從前往後是從早到晚）：
mv1→H13→H3→H1
mv1→H38→H3→H1
其中在湖北發現的都是H3或者H1，而H13在廣東深圳的病例發現，H38在美國的首例患者發現。這時的媒體報道就炸了：病毒起源於美國的意思嗎！
然而事實並不是那麼簡單就能下定論的。
首先這是篇預印本文章，其結果、數據、結論都不應該被媒體報道，也不能被隨意報道。這種不真實不準確的報道是對科學共同體探尋出的合理評判科學論文這一體系的一種踐踏：科學論文經過的同行評議審核非常嚴格，你報道說是就是了，那科學家豈不是隨便都能當？
其次文章使用的數據樣本比例也不對，湖北感染者佔全世界全部的80%，取樣卻只有22個，而美國、廣東的取樣出現H13和H38的都是早期的病人，其中美國的首例患者有明確的武漢旅居史（1月5日回武漢探親，15日回美國，19日入院），在武漢感染到了比較早的H38型病毒，這也不奇怪。
文章作者也提到，下一步就是要找到武漢本地的「祖先型」病毒，這樣對病毒的溯源會有很大的幫助。
簡單來說，目前最可能的結果是：在湖北產生了H38、H13的「祖先型」病毒，並被傳播到了廣東、美國等等地方，而湖北內部的病毒發生了變化（文章提到了病毒經歷過兩次「轉型」，加強了傳播能力），更廣泛的H1、H3型病毒出現了，也覆蓋住了武漢原來的「祖先型」病毒。
而從華南海鮮市場檢測到的單倍型，顯示病毒的起始可能並不只是華南海鮮市場，這一點我們回答裡面本身也有提及，大家可以看看，這裡就不再多言。
2020.2.20更新
最近管軼教授發表了新的預印本文章，從收捕得馬來穿山甲中分離出了相似度較高的冠狀病毒，雖然整體相似度不如BaTG13-CoV的高，但是spike蛋白結合的RBD位點相似性非常高。
這證明瞭穿山甲作為潛在中間宿主的可能性，但還不能說明這是確認的中間宿主，還需要進一步驗證。
相關具體的研究過程，可以查看我們新發的專欄文章：
穿山甲會是新冠病毒的中間寄主嗎？ - biokiwi的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/108075018
2020.2.7更新
華南農業大學今日新聞發布會發布了穿山甲可能是中間宿主。
但是目前僅有新聞發布會和新聞媒體的報道，還沒看到描述具體實驗方法和結果的論文，雖然提及病毒相似性有99%，但這裡我們先作為中間宿主最有可能的選項，進一步觀望。
新聞報道：
2020.2.2更新
更新一點關於陰謀論可能性的研究：
在中國人們還在為雙黃連的事弄得一頭霧水的時候，另一邊國外的生物預印本網站bioRxiv也炸開了鍋：印度學者指出新型冠狀病毒的插入片段和HIV相似。
這麼一聽，有點陰謀論的味道了？病毒來自實驗室泄露？人為設計？
但是當我打開文獻看的時候，卻看到的是重重疑點。
先講講研究的思路，我們舉過找茬的例子：研究者先是利用新病毒的基因組和SARS比對找茬，發現和人結合的S蛋白這個區，新病毒有四個多出來的東西，之後把這四個不同和其他病毒比較找茬，發現這四個不同和HIV的一模一樣！
但是，文章並沒有告訴我們他比對的其他結果，這四個不同的地方也很小（6-12個氨基酸）。文章後面的評論也指出，他們用同樣的方法，但是卻能找到和蝙蝠的冠狀病毒相似；
再者，和冠狀病毒有20%的差別呢，那其他地方比了也是HIV嘛？
另外我自己也試著找了一下茬，比較了一下其他動物的，發現第一個不同至少有三十多個長得完全一樣的，說不定這個片段是從中間宿主那插進去的呢？
順帶一提，bioRxiv雖然有很多論文，但都是未經過同行評議的，換句話說就是不一定靠譜，你只要留個聯繫方式寫篇英文文章你可能也能發。所以這上面的文章不少結論不一定對的。
另外，據說這篇文章的印度作者已經撤迴文章修改。
-----------文章原文分割線-----------
作為一個志在生物科普的自媒體，我們既希望能儘快把和新型冠狀病毒相關的信息儘快告訴大家，但也希望能把一些我們本來就很關注的，生物科研相關的內容告訴大家。
因此這裡整理了病毒爆發以來的一些報道文獻和報告，來告訴大家：除了醫療工作者，科研工作者也在努力奮戰，並取得了一定的成果。也希望能安撫大家心中對新型冠狀病毒的緊張感。
限於篇幅關係，我們會將內容分為幾個部分來講述，並儘可能地跟進相關的研究。今天我們先來看看，新型冠狀病毒傳染的源頭到底是哪裡？這個源頭這麼難找嗎？
蝙蝠是幕後大boss嗎？
如果問傳染源的動物是什麼，好幾個答案可能會在你腦海里冒出來：蝙蝠，尤其是中華菊頭蝠，好像還有說是中華馬蹄蝠？還有說法是蛇喫了蝙蝠，人又喫了蛇等等……
感覺答案非常混亂呢，不過似乎和蝙蝠脫離不了關係。
最開始是通過基因測序獲得了病毒的全基因組，之後再和已知的冠狀病毒比對，發現最相似的冠狀病毒來自於可以寄生於蝙蝠的一種，相似度在88%左右[1]。而SARS的相似度比80%還要低。
這就好像一個找茬遊戲，新型冠狀病毒這幅畫，和這個病毒有幾十個不同，和那個有十幾個不同，而和最像的可能只有八九個不同。
那麼他們長得既然很像，也就有很相似的表型，因此也可能都是來自蝙蝠的。
但88%的相似其實仍然隔著很遠的距離，舉個例子，人和黑猩猩基因組的相似性是98%-99%，那麼新型冠狀病毒和這個病毒還是差得有點遠的。（不過這只是一個非常粗淺的比較，人的基因組相比於病毒非常龐大，所以這個比較其實不太準確）
而病毒研究所的石正麗老師卻給這個找茬遊戲提供了更好的選擇[2]。
他們團隊提供了和新型冠狀病毒只有一兩個不同的找茬結果，這個結果指向了一種中華菊頭蝠裏的冠狀病毒，相似度高達96%。除了基因組上的找茬，他們還通過血清學、電子顯微鏡觀察、受體結合情況等等檢驗，確定了這是目前最接近正確答案的一個結果。
同時他們還利用了細胞以及轉入ACE2蛋白的小鼠作為疾病模型來感染病毒，進一步確認了這種新型病毒的感染方式——極大可能是通過結合人的ACE2蛋白實現的感染。
而之前在丁香醫生的疫情公告裏出現過的中華馬蹄蝠，則是名字的混淆導致的：中華菊頭蝠的英文名是Chinese horseshoe bat，直譯就成了中華馬蹄蝠[3]。
但是中國分類學上的命名是中華菊頭蝠，為了避免混淆，現在疫情公告上的名稱也改過來了。
難道是直接喫蝙蝠傳染的嗎？
再說回剛剛討論的傳染源。
蝙蝠本身因為奇特的免疫系統，能攜帶多種病毒但仍能正常存活，而蝙蝠攜帶的病毒往往較難直接傳播到人身上，而且之前爆發的SARS和MERS病毒則是來源於中間宿主，果子狸和駱駝。
所謂中間宿主，可以理解為，蝙蝠身上帶著的病毒先是傳染給了果子狸或駱駝，之後人喫了未煮熟的果子狸駱駝，或者可能飼養過程中接觸、劃傷，亦或者其他比如空氣傳播的方式，導致了最終人的感染。
那新型冠狀病毒的中間宿主是什麼呢？
最早的說法是，可能來自蛇[4]。但是這個卻不是相對靠譜的找茬比較的方法，有點像是一種推理：病毒自身不能存活，是要寄生在生物體內的。那麼什麼樣的生物最適合病毒生存呢？研究者運用密碼子偏好性來研究。
為了方便我們還是舉個例子吧。我們知道蛋白的翻譯過程需要「搬運工」（tRNA）識別三個鹼基，而我們有ATCG四種鹼基，這就有4x4x4總共64種搬運工。
這些搬運工在每個動物裡面都差不多，也基本都是64種，這64種搬運工則需要分工搬運20種氨基酸，這時不同動物體內就出現不同意見了。
有的動物對於這個氨基酸比較喜歡搬運工小李，但別的動物比較喜歡搬運工小張，這裡就有了差異。
而病毒在宿主體內翻譯蛋白也需要搬運工，那麼就開始找什麼動物的搬運工和病毒比較像呢？
最後研究者找到了蛇。
方法乍看起來很靠譜，但很快引起了人們的質疑[5]：
一是對於不同動物有的只研究了幾萬個搬運工，有的研究了幾千萬個，這顯然「不公平」，得出來的結果缺乏準確。
另一個則是，當你用SARS、MERS或者其他蝙蝠宿主的病毒去進行這個推理的話，最後的結果也是蛇。
顯然我們不能只關注於「搬運工」，可能還需要考慮很多的因素再來推理。這個方法看樣子不太可靠。
另一個研究方法則把目標指向了另一種可能的動物——水貂[6]。
這個則是根據已有的資料庫信息作為訓練集，利用深度學習的方法，模擬出了病毒可能的感染方式和感染能力，之後再對比發現，水貂可能是中間宿主。
深度學習的預測方法考慮的可能更全面，但是中間的過程都被忽略了，可能只能模擬出感染的可能性。
而這個預測結果是否準確，我認為還需要有實地考察的檢驗才能知道。
雖然曾經溯源找到果子狸的管軼老師去了武漢說相關的檢驗無法展開[7]，但是從目前中國疾控中心的消息看，研究者已經在華南海鮮城市場檢測到了陽性樣本[8]，找到起來應該是中間宿主應該是指日可待。
但事情好像沒有那麼簡單
1月24日發布在醫學期刊《柳葉刀》上的關於最早的41個病人的描述[9]，出現了一些變化：之前一直說的患病者都來自於華南海鮮城，但是最早有三個病人，都沒有接觸過海鮮城。
而這41個人中，有13個人和海鮮城沒有關係。
這可能說明，華南海鮮城並不是新型冠狀病毒的真正來源[10]。
而另外有一項時間預測的分析[11]，研究者結合了目前發布的27個基因組，運用分子進化軟體BEAST預測了這些病毒的最初祖先（the most recent common ancestor，簡稱 TMRCA）可能在什麼時候出現。
如果還是以找茬遊戲作為一個比喻，我們通過找茬可以找到這27個圖裡面都各自有些什麼不同的地方，那麼通過構建它們之間的關係，再結合上預測的改變速度，我們可以推測這些不同是經過了多長時間變出來的。（實際的演算法可以看參考資料[12]）
直接看結果的話，預測的時間在10.1-12.22範圍內，參考值是12.2左右。
這也進一步說明瞭預測的感染時間可能和第一例病人吻合，也可能還要再往前推前不少。
其實這個結果也不是很出意料：
2003年的SARS病毒最早是在11月中出現，直到12月15日才報告了第一例病例；
而中東呼吸系統綜合徵MERS，最早的病例在2012年6月的一位沙特患者出現，而追溯分析卻將傳染源追溯到了4月份約旦的一次醫院肺炎爆發。
這樣來看，新型冠狀病毒出現的時間可能比現在知道的還要早：要麼可能是本身就已經在動物中存在了，在轉運過程中進入了華南海鮮城；也可能是那位12.1報道的病人那樣，有人感染了再進入到海鮮城進一步地傳染。
這顯然給科學家提出了更大更複雜的難題。
現在做個總結來回答題目的問題：
這個病毒可能從中華菊頭蝠中的某個冠狀病毒開始出現，並逐漸開始進化可以跨物種感染；
之後這個病毒被傳播到某類中間宿主，較大可能是哺乳動物，而不是蛇，說不定可能是水貂；
在之後這個動物可能被帶到了華南海鮮城，或者在這之前先感染了某個或幾個人，而這些人又去了華南海鮮城；
最後導致了後面大家看到的逐步爆發。
這個問題的逐步解答能幫助疫情的進一步控制以及認識到如何才能避免相關事件再次發生。
雖然看起來還有些模糊，不過值得高興的是，相較於17年前，科學家們的速度更快了。
目前一個月內，我們已經進行了至少35個病例病毒的全基因組測序，並開發出準確高效的核酸試劑盒；
同時也觀察並分離出了新型冠狀病毒，進一步確定了病原體，並為後續的治療方法、疫苗研發提供了基礎。
而這些在17年前，從02年12月發現到03年4月發現，這經歷將近5個月的時間。
相信科學家們，會努力朝著問題的真相不斷努力！
另外在查找資料的過程中，Kristian Andersen在http://virological.org上突然的更新，讓我真切地感受到在這種時候的科學家不應該迫切地追求文章的發表，在一個類似這樣能快速提供科研結果的論壇式平臺上，提供最新的研究成果並與各行各業專業人士討論，可能才能更好地促進研究的推進。這也是目前中國科學家做的還不夠好的地方之一。參考資料：
[1] 2019新型冠狀病毒信息庫, 國家基因組科學數據中心, https://bigd.big.ac.cn/ncov
[2] Peng Z, Xing-Lou Yang, et.al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv 2020.01.22.914952 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1
[3] 國家動物博物館員工, 微博
[4] Wei Ji, Wei Wang, et al. Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human. Journal of medical virology. https://doi.org/10.1002/jmv.2568
[5] 商周，質疑：蛇是武漢新型病毒的中間宿主嗎？| 商周專欄，知識分子，2020.1.23
[6] Qian Guo, Mo Li, et.al. Host and infectivity prediction of Wuhan 2019 novel coronavirus using deep learning algorithm. bioRxiv 2020.01.21.914044 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.21.914044v2
[7] 財新網，媒體採訪SARS專家管軼：這次我害怕了
[8] 新華網，中國疾控中心在武漢華南海鮮市場檢出大量新型冠狀病毒
[9] Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 2020.
[10] Jon Cohen. Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally. Science, Jan. 26, 2020 , 11:25 PM.
[11] Kristian Andersen. Clock and TMRCA based on 27 genomes. http://virological.org/t/clock-and-tmrca-based-on-27-genomes/347
[12] Suchard MA, Lemey P, et.al. (2018) Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 Virus Evolution 4, vey016. DOI:10.1093/ve/vey016
個人推斷啊，從我這個生物工程畢業但從小接觸動物的人的角度看，武漢海鮮市場賣野味，髒亂差，潮濕，這樣的建築蝙蝠這樣的小玩意很喜歡住裡面。而海鮮市場滋生的蚊蠅，燈光引來的昆蟲就是它們的食物。
網上盛傳的海鮮市場野味價目表中並沒有蝙蝠，很多武漢朋友也在事發後闢謠表示武漢根本不喫蝙蝠，目前我們能看到的蝙蝠湯圖片則來源於國外。
這次病毒的來源中菊頭蝠體重僅18克，沒什麼肉，且並非藥用品種。基本不具有在野味館出售的價值。
雖然中菊頭蝠一般認為分佈在2000米海拔以上的地方，但鑒於國內分類學匱乏，且低於2000米海拔的區域也有中菊頭蝠的採集記錄，因此不排除中菊頭蝠也可以在低海拔活動的可能。
武漢地處亞熱帶，在中菊頭蝠分佈範圍內。
另外中菊頭蝠經常和其他種類蝙蝠同居在一個洞穴，不排除中菊頭蝠藉助這個渠道將病毒傳播給可在城市內活動蝙蝠的可能。
目前公認病毒來自中菊頭蝠但還有個中間宿主。
而這個中間宿主多半來自野味館。
野味館裡有大量生存環境極差的野生動物，它們的免疫系統嚴重削弱，同時來自各地的野生動物也輸入了各地的病原體，蝙蝠住在這樣的地方自然也會貢獻一些。
籠子裏的野味存活時間必然短，不管是賣了還是死了，都活不了太久。
這就要求病原體必須繁殖速度夠快。
如果說籠子裏的動物是病原體增殖的活體培養基。
來來往往的人就是病原體的活體選擇培養基。
只有感染了人類，病原體才能離開這個修羅場。
這麼說來整個海鮮市場一直在篩菌，出事是早晚的……
而至於最早病人有的根本沒去過海鮮市場，有理由懷疑是早期其他帶毒者人傳人導致。
新冠病毒的來源可能為中華菊頭蝠。
病毒這種東西是符合基因選擇規律的，也就是以最大限度傳播自己的基因為目標。當然病毒沒有主觀的意願。只是自然選擇的的遊戲規則造成了這麼一個結果。病毒進入人體以後，就會不斷的繁殖，把人弄死對於病毒的傳播不利，人死了病毒也很難存續。
因此儘可能的傳播出去纔是利益最大化的途徑。所以那種不把宿主搞死，保證宿主有足夠的體力到處溜達，一邊走一邊打噴嚏咳嗽的病毒就賺了便宜，獲得了競爭的優勢。時間長了，那些和病毒處的不錯，彼此相安無事，甚至共存共榮的宿主就成了所謂的天然宿主。它們帶著病毒照樣活得舒舒服服的，它們纔是傳染病之源。
當年追蹤 SARS 病毒的來源，最開始懷疑是果子狸，因為最開始得病的人和果子狸有過親密接觸。在果子狸的體內的確找到了 SARS 病毒的核酸。但是進一步研究，發現果子狸不是天然宿主。果子狸的養殖場統統沒有查出感染 SARS 病毒，野生的果子狸體內也沒有。但是市場裏的那些卻是有的，哪來的？當然是運到市場的途中傳染上的嘛，甚至可能是人傳給了果子狸。
2005 年，中科院動物所張樹義研究員與武漢病毒所研究員石正麗以及澳大利亞的王林發教授合作在《科學》雜誌發表的論文，他們在蝙蝠體內檢測到一種類似於 SARS 病毒的冠狀病毒的核酸，但是並沒有分離到病毒。隨後的幾年裡，石正麗團隊在這個領域不斷突破，2013 年，她帶領的團隊在《自然》雜誌發表一項研究，在雲南的一個蝙蝠洞裏，他們在菊頭蝠的糞便裏分離出一株類似於 SARS 病毒的活病毒，這種新分離的病毒與已知的 SARS 病毒具有高度同源性，這項研究清晰地揭示了 SARS 病毒的來源。
石正麗教授的團隊在這個地區的蝙蝠種羣中檢測到了組裝 SARS 病毒所需要的所有基因。他們推斷，SARS 病毒很可能是由各種「類 SARS 病毒」重組而來，在偶然的情況下，果子狸感染了這種病毒，病毒在果子狸體內進行了複製與進化，最終把病毒傳給了人類。再仔細研究一下。中東呼吸綜合徵的病毒來源可能是單峯駱駝。駱駝只是個二傳手。
2014 年，受到中國團隊的啟發，科學家們在南非的一種蝙蝠糞便中檢測到一種與人感染的 MERS 病毒高度同源的冠狀病毒，線索又一次指向了蝙蝠。這次武漢的新型冠狀病毒，傳播的源頭被認為是海鮮市場裏的野生動物，可能這些所謂的野味就是個「二傳手」，基因線索還是指向蝙蝠。我們不得不佩服自然選擇規律的神奇。沒錯，人家如意算盤打得啪啪響啊，如果宿主會飛呢，即便是高山和河流都無法阻擋冠狀病毒的傳播了。但是鳥類和我們人類相差很遠，鳥類是下蛋的，我們是哺乳動物，病毒玩兒跨界實在是太麻煩，不合算。有沒有會飛的哺乳動物呢？有啊，除了蝙蝠還有誰？蝙蝠數量龐大，種類繁多，大概有 1200 多種，佔到了哺乳動物物種總數的 20%，僅次於嚙齒類動物。而且喜歡羣居，山洞的洞頂上能黑壓壓掛上一大片。沒有比這傢伙更合適的了。
蝙蝠這東西也是個開了掛的大類。一般來講，小動物的心跳都很快。因為動物體積小，熱量散失就快，心跳就必須加快，體溫也必須高一些，否則對抗不了熱量的快速散失。可是心跳越快，往往壽命就不長。偏偏蝙蝠是個另類，人家體溫能飈到 40 度，但是人家能活 30 年，老鼠跟人家差遠了，別看長得有點像。在飛行期間，蝙蝠的新陳代謝水平會增長 15-16 倍，相比之下，奔跑得精疲力竭的嚙齒類動物新陳代謝水平只會增長 7 倍，而大多數鳥類在飛行期間新陳代謝水平只會增長 2 倍，蝙蝠體溫會更高的。
這簡直就是在不斷的發燒，在高溫下，什麼病毒都不靈。
人也經常用發燒的方式來對付病毒。只是人沒辦法長時間發高燒。人家蝙蝠不在乎，這是基本技能。但是等蝙蝠倒掛著休息了，新陳代謝下來了，病毒就可以開始繁殖了。等到蝙蝠飛行的時候，體溫上升，再被抑制。就這麼循環往複，病毒想發作，沒機會，但是也死不絕。於是蝙蝠身上攜帶了大量的病毒。再加上吸血蝙蝠之類的到處叮咬動物，簡直就是個會飛的「培育器」，一個會飛的「病毒集散中心」。還有一個重要的原因，蝙蝠基因組裡面有更多有關基因修復的基因，並且表達量遠遠高於其他哺乳動物。這些基因可以抑制病毒的複製，它自己沒事。魔高一尺，道高一丈。自然選擇機制一直在發揮作用。蝙蝠身上的一些病毒可是逐漸適應了高溫的哦。這些病毒要是傳播給了人，人體靠發燒來對付這些病毒，人家還不怕了，你這點溫度比蝙蝠身上差遠了，毛毛雨啦。
所以，人即便是發高燒，不但對付不了這些病毒，反倒把自己燒壞了。浙大和華南農大分別在 2017 和 2018 年獨立發現了一種對豬造成嚴重威脅的冠狀病毒，源頭也是蝙蝠。原來「二師兄」也深受其害啊。本來啊，大家井水不犯河水，但是，隨著人口的不斷增加，人為的自然環境破壞日趨嚴重，蝙蝠的棲息地遭到破壞，這些都可能是蝙蝠向其他物種傳播病毒的原因。接觸機會多了嘛，常在河邊走哪有不濕鞋。這是一個原因。
第二個原因可能是我國的特色，那就是就是所謂的喜歡喫「野味」。這些「野味」不管是野生的還是養殖的，很多都沒有經歷過嚴格的動物檢疫。這東西你也敢喫啊？有些人的膽子是真大，您不差這一口吧？能不能別再喫野生動物了？把命搭上不值當的。這倒好，這傳染病鬧得全國人民都沒法好好喫頓年夜飯了。這種陋習，還是淘汰吧。總之，人類與自然之間的關係，複雜著呢。我們不可能徹查世界上的每一隻野生動物，病毒就潛伏在它們的體內。不管是鼠疫還是狂犬病，還是各種冠狀病毒。與它們的接觸是有風險的，躲遠點，不接觸是最優的選擇。我在這兒還是要勸大家，管住嘴。
這次引發這場疫情的還是冠狀病毒，只不過是一種新版的冠狀病毒，這種玩意兒以前誰都沒碰到過。
說起來，冠狀病毒以前一直沒有被大家重視，因為這東西比較弱
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通俗醫學史：關於生老病死的解釋
吳京平 科普作家、職業自媒體科普人
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2019年9月5日果殼網報道：從6月28日-8月27日的兩個月時間裡，美國疾控中心（CDC）收到了來自25個州、共計215例「尚不能斷定病因」的肺炎。「這些病人最開始只是咳嗽、疲勞、呼吸困難、呼吸短促，有些還有腸胃不適，一步步發展到住院治療、使用呼吸機，其中有一位患者已經死亡」。有懷疑是電子煙導致，但並非每一例病情都與吸食電子煙有關。
2019年9月29日，美國流感爆發。美國CDC：美國當季一萬四千多人因流感而死，「部分人感染的流感病毒類型不確定」。
2月17日，Youtube上，保羅·科特雷爾博士（Dr. Paul Cottrell）發布視頻稱據CDC內部消息，美國目前確診感染新冠病毒人數已經超過1000例，數量比公開數據多幾十倍，為了維持社會穩定，CDC在故意隱瞞實情。儘管美國並未發布令民眾恐慌的消息，但FBI悄悄緊急訂購口罩、手套、消毒液的事情卻被媒體曝光。此UP主被部分媒體稱為美國疫情「吹哨人」。
2月19日，伊朗爆發疫情，甚至輸出到部分周邊國家和加拿大，但所有病例卻都沒有明確的中國接觸史。最早確診的兩例病人未曾出國旅行，甚至沒有出過庫姆省。據美國CNBC報道，伊朗的病毒毒株與中國的不同。致死率相當高，和武漢第一代差不多。
2月21日，中國科學院、華南農大、中國腦科學研究所等機構通過全基因組數據解析發現，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是H1及其衍生的單倍型H2、H8-H12，而一份武漢樣品單倍型是H3。顯然，類型都不一致，華南海鮮市場並不是病毒發源地。58種單倍型分五組，廣東的病毒可能有三個來源，重慶和臺灣的病毒有兩個來源，澳大利亞、法國、日本、美國的樣本相對較多，這些患者感染源至少有兩個。美國甚至包括了五個來源，比中國還多。
2月26日，美國現首例無法確定病源新冠肺炎患者，美國疾控中心（CDC）稱，當地時間2月26日確診的一名新冠肺炎患者近期並未離開美國，也未與任何確診病例有過接觸。
2月27日，鍾南山表示：疫情首先出現在中國，疫情不一定是發源中國。
2019年9月5日果殼網報道：從6月28日-8月27日的兩個月時間裡，美國疾控中心（CDC）收到了來自25個州、共計215例「尚不能斷定病因」的肺炎。「這些病人最開始只是咳嗽、疲勞、呼吸困難、呼吸短促，有些還有腸胃不適，一步步發展到住院治療、使用呼吸機，其中有一位患者已經死亡」。有懷疑是電子煙導致，但並非每一例病情都與吸食電子煙有關。
2019年9月29日，美國流感爆發。美國CDC：美國當季一萬四千多人因流感而死，「部分人感染的流感病毒類型不確定」。
2月17日，Youtube上，保羅·科特雷爾博士（Dr. Paul Cottrell）發布視頻稱據CDC內部消息，美國目前確診感染新冠病毒人數已經超過1000例，數量比公開數據多幾十倍，為了維持社會穩定，CDC在故意隱瞞實情。儘管美國並未發布令民眾恐慌的消息，但FBI悄悄緊急訂購口罩、手套、消毒液的事情卻被媒體曝光。此UP主被部分媒體稱為美國疫情「吹哨人」。
2月19日，伊朗爆發疫情，甚至輸出到部分周邊國家和加拿大，但所有病例卻都沒有明確的中國接觸史。最早確診的兩例病人未曾出國旅行，甚至沒有出過庫姆省。據美國CNBC報道，伊朗的病毒毒株與中國的不同。致死率相當高，和武漢第一代差不多。
2月21日，中國科學院、華南農大、中國腦科學研究所等機構通過全基因組數據解析發現，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是H1及其衍生的單倍型H2、H8-H12，而一份武漢樣品單倍型是H3。顯然，類型都不一致，華南海鮮市場並不是病毒發源地。58種單倍型分五組，廣東的病毒可能有三個來源，重慶和臺灣的病毒有兩個來源，澳大利亞、法國、日本、美國的樣本相對較多，這些患者感染源至少有兩個。美國甚至包括了五個來源，比中國還多。
2月26日，美國現首例無法確定病源新冠肺炎患者，美國疾控中心（CDC）稱，當地時間2月26日確診的一名新冠肺炎患者近期並未離開美國，也未與任何確診病例有過接觸。
2月27日，鍾南山表示：疫情首先出現在中國，疫情不一定是發源中國。
武漢冠狀病毒S蛋白同源比對結果
將武漢冠狀病毒S蛋白與之前文章發表的突變列表進行對比
上圖來自石正麗2015年發表的nature附件Supplementary Table 1: Spike amino acid identity of residues thatinteract directly with human ACE2 from SARS-CoV Urbani, SARS-CoV MA15, WIV1-CoV, and SHC014-CoV.
將武漢新型冠狀病毒S蛋白序列與MA15以及其他SARS病毒S蛋白進行MAGA對比。圖五SARS-Cov和2019-Cov的受體結合區域對照,關鍵氨基酸與上圖中C位置與種類完全相符。
對比上圖的武漢新型冠狀病毒受體結合區關鍵氨基酸：
439 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 —— SHC014 426一致
486 Phenylalanine/Phe/F?苯丙氨酸?—— WIV1 472一致
501 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 —— WIV1 487一致
493 Glutamine/Gln/Q?谷氨醯胺?—— WIV1 479 Asparagine/Asn/N?天冬醯胺 雖然不一致，但是結構只差1個碳。
可以看出武漢冠狀病毒（2019-Cov）的S蛋白受體結合區域關鍵的氨基酸，類似於石正麗2015年發表文章中SHC014與WIV1的混合體。但是由於SHC014的病毒全序列在文獻中並沒有完全公開，所以無法驗證全部。
值得注意的是，石15年發表的這篇文章，石團隊並不是主導
S-MA15 翻譯自全序列NCBI編號FJ882957（SARScoronavirus MA15）；S-Wuhan 翻譯來自全序列NCBI編號MN988668 （2019-nCoVWHU01）大家可以自行查證。
參考文獻：
- Single-cell RNA expressionprofiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov（DOI: 10.1101/2020.01.26.919985.）
- A SARS-like cluster ofcirculating bat coronaviruses shows potential for human emergence (DOI: 10.1038/nm.3985)
- Genomic characterisation andepidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins andreceptor binding (DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8)
- Reverse genetics with afull-length infectious cDNA of severe acute respiratory syndrome coronavirus(DOI: 10.1073/pnas.1735582100)
- A pneumonia outbreak associatedwith a new coronavirus of probable bat origin (DOI: 10.1038/s41586-020-2012-7)
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