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酶大多都是蛋白質，小部分酶屬於核酸，稱為核酶。核酶大部分屬於RNA酶，極少部分屬於DNA酶

1982年，Thomas Robert Cech在Cell上發表的論文(https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90414-7)，發現在嗜熱四膜蟲的26S核糖體中存在的413bp內含子序列在一價或二價陽離子以及鳥苷輔因子存在條件下能夠進行自剪切反應(self-splicing reaction)，該工作獲得1989年諾貝爾化學獎

該核酶屬於Group I自剪切內含子(self-splicing introns)，其催化方式如下圖所示：

(圖片來源: https://doi.org/10.1146/annurev.bi.59.070190.002551)

外源的鳥苷輔酶通過3-OH在鎂離子催化下切斷U鹼基3末端磷酸，從而5端外顯子切除，然後被切除的5外顯子的3-OH又與3端外顯子的5端磷酸反應，從而實現兩外顯子的拼接以及內含子的切除

Cech課題組隨後又通過去除該自剪切內含子5端19bp，使其能夠切割特定序列的外源RNA (如下圖)。此時原自剪切內含子的5末端作為內在前導序列(internal guide sequence)與外源RNA序列結合，從而實現特定序列特定位點的切除

(圖片來源：https://doi.org/10.1038/324429a0)

Group II自剪切內含子具有類似的功能，區別在於其是用內含子自身核苷上2羥基或外源水分子對其自身進行剪切，從而形成含2支鏈的環狀RNA內含子序列，在生物體內，某些蛋白酶會參與促進該過程

(圖片來源：https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-062215-011149)

除此以外，RNA的2-OH可以對同一核酸的3磷酸進行分子內親核取代從而產生自身單鏈斷裂

(圖片來源：doi:10.1101/cshperspect.a003574)

自然存在的某些RNA會通過形成高級結構，從而使空間上鄰近的鳥苷催化上述反應

同樣，一些DNA片段通過與RNA結合，也能形成高級結構，從而實現上述效果。1997年，Gerald F. Joyce在PNAS發表了首篇通過DNA酶實現RNA片段切割的報道(https://doi.org/10.1073/pnas.94.9.4262)，而其所用的DNA酶並不是自然界中存在的DNA片段，其所使用的DNA片段是經過in vitro selection定向誘導產生的人工DNA片段

目前，在自然界中發現的DNA酶的例子極少，所謂的DNA酶，一般都是人造的DNA分子

不是的。

（高中僅認為酶的本質大多數為Pr少部分為RNA）

實際上，大部分酶為蛋白質但是有少數酶本質是RNA，如核酶（ribozyme）。有極少數DNA也有類似RNA酶的催化作用，如：20世紀90年代，Cuenoud等發現DNA也有酶催化活性，他們根據共有序列設計併合成了由47個核苷酸組成的單鏈DNA——E47，它可以催化兩個底物DNA片段之間的連接。 以及酶性DNA，我找了一下酶性DNA的相關研究。

如有錯誤，歡迎指正。

大部分是蛋白質，有的本質是RNA。嗯，有人指出了我之前答案的錯誤，感謝感謝。更新一下，希望我沒有誤導大家 。對之前我錯誤的回答表示歉意！

按照酶的化學組成，可把酶分為單純酶和結合酶兩大類。單純酶分子中只有氨基酸組成的肽鏈；結合酶分子中，除了多肽鏈組成的蛋白質還有非蛋白質成分。所以不能說，所有的酶都是蛋白質。

不是，有些是RNA

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