所有酶都是蛋白质吗？

谢邀
酶大多都是蛋白质，小部分酶属于核酸，称为核酶。核酶大部分属于RNA酶，极少部分属于DNA酶

1982年，Thomas Robert Cech在Cell上发表的论文(https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90414-7)，发现在嗜热四膜虫的26S核糖体中存在的413bp内含子序列在一价或二价阳离子以及鸟苷辅因子存在条件下能够进行自剪切反应(self-splicing reaction)，该工作获得1989年诺贝尔化学奖
该核酶属于Group I自剪切内含子(self-splicing introns)，其催化方式如下图所示：

(图片来源: https://doi.org/10.1146/annurev.bi.59.070190.002551)
外源的鸟苷辅酶通过3-OH在镁离子催化下切断U碱基3末端磷酸，从而5端外显子切除，然后被切除的5外显子的3-OH又与3端外显子的5端磷酸反应，从而实现两外显子的拼接以及内含子的切除
Cech课题组随后又通过去除该自剪切内含子5端19bp，使其能够切割特定序列的外源RNA (如下图)。此时原自剪切内含子的5末端作为内在前导序列(internal guide sequence)与外源RNA序列结合，从而实现特定序列特定位点的切除

(图片来源：https://doi.org/10.1038/324429a0)
Group II自剪切内含子具有类似的功能，区别在于其是用内含子自身核苷上2羟基或外源水分子对其自身进行剪切，从而形成含2支链的环状RNA内含子序列，在生物体内，某些蛋白酶会参与促进该过程

(图片来源：https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-062215-011149)

除此以外，RNA的2-OH可以对同一核酸的3磷酸进行分子内亲核取代从而产生自身单链断裂

(图片来源：doi:10.1101/cshperspect.a003574)

自然存在的某些RNA会通过形成高级结构，从而使空间上邻近的鸟苷催化上述反应
同样，一些DNA片段通过与RNA结合，也能形成高级结构，从而实现上述效果。1997年，Gerald F. Joyce在PNAS发表了首篇通过DNA酶实现RNA片段切割的报道(https://doi.org/10.1073/pnas.94.9.4262)，而其所用的DNA酶并不是自然界中存在的DNA片段，其所使用的DNA片段是经过in vitro selection定向诱导产生的人工DNA片段
目前，在自然界中发现的DNA酶的例子极少，所谓的DNA酶，一般都是人造的DNA分子

不是的。
（高中仅认为酶的本质大多数为Pr少部分为RNA）
实际上，大部分酶为蛋白质但是有少数酶本质是RNA，如核酶（ribozyme）。有极少数DNA也有类似RNA酶的催化作用，如：20世纪90年代，Cuenoud等发现DNA也有酶催化活性，他们根据共有序列设计并合成了由47个核苷酸组成的单链DNA——E47，它可以催化两个底物DNA片段之间的连接。以及酶性DNA，我找了一下酶性DNA的相关研究。
如有错误，欢迎指正。

大部分是蛋白质，有的本质是RNA。嗯，有人指出了我之前答案的错误，感谢感谢。更新一下，希望我没有误导大家。对之前我错误的回答表示歉意！

按照酶的化学组成，可把酶分为单纯酶和结合酶两大类。单纯酶分子中只有氨基酸组成的肽链；结合酶分子中，除了多肽链组成的蛋白质还有非蛋白质成分。所以不能说，所有的酶都是蛋白质。

不是，有些是RNA

推荐阅读：