DNA分子内的氢键影响其稳定性,稳定性是化学性质,那为什么资料上说分子内氢键不会影响化学性质呢?


高中阶段,一般都认为氢键不影响化学性质。这也很好理解:它都不是化学键嘛,也就影响一下熔沸点、溶解度之类的物理性质。嗯,很有道理的样子。

可是确实也存在问题。


就氢键本身而言,它比化学键弱,但比范德华力强。这是因为,共价键的形成是要两个原子的电子云有效重叠;而范德华力完全是分子间的静电作用(物理的),没有键合的效应(化学的),那自然就弱了许多。

可是氢键呢,它可以看成是电子云「部分重叠」,就是电负性强的氟、氧、氮等原子的电子云跟氢原子重叠了一点。这就不是纯粹的静电作用了,肯定比范德华力要强;也不是那种真正的形成了化学键,所以比共价键又要弱。那么,这种介于中间的特殊作用力,对物质的性质的影响也就不那么绝对了。

应该这么说:氢键对物质的化学性质没有普遍而显著的影响。


在高中化学里,能印证这句话的例子太多了(全都是)。

反例的话,可能主要就是通过电子效应影响无机含氧酸的酸性吧。(高中基本上没有涉及。)

在羟基中,那一对键合电子本来是偏离氢原子的(因为氧的电负性比较大嘛),所以氢原子带有一定的正电性(δ+),跟氢离子(质子)比较接近;那么它也就容易把电子全给氧,然后自己真的变成质子掉下来。这就是电离理论中酸性的产生了。

那氢键影响酸性是怎么回事呢?就是电子云「部分重叠」,外来的那个X(F, O, N)的部分孤电子对抵消了氢原子的正电性,所以那个氢原子也就不那么像质子了;或者说,它又被另一种有点强的作用力给结合住。总之,它就不再那么容易变成氢离子离解下来,所以酸性就一定程度地减弱了。


而DNA这种生物大分子的话,情况还要复杂和特殊一些。

先稍微介绍一下构型和构象的概念吧。

分子的构型就是高中讨论的分子结构——分子的组成、形貌(拓扑)等。其实就是两个分子能不能(通过旋转共价单键完全重合(所以其实也区别了手性异构体)。注意这里的化学键是可以旋转的(但是形成π键这种被化学作用「固定」的不能转。),认为旋转前后是同一种物质。这其实很好理解,因为键的转动不涉及化学键的断裂和生成。

构象就更为精细了,它还要求单键都不能转,只有真正能够直接完全重合的两种结构,才叫这种分子的同一种构象。其实简单的分子不存在这种问题,比如水分子、氨气、甲烷,那怎么转都还是那样嘛(「对称」的)。可乙烷就不一样了,两个甲基上氢原子的相对位置关系有无穷多种,中间那根碳碳单键转一点角度就是变了一种构象了(也可以说是另一种分子——构象异构体)。


而核酸一般有三个层次的结构。

一级结构就是构型,二级结构和三级结构是构象。比如DNA的双螺旋就是二级结构,螺旋链还可以去形成三级结构。有的RNA还有四级结构。

所以由氢键维持的双螺旋结构其实是构象的问题。那么构象的稳定性算不算化学性质呢?

请循其本:化学性质由化学变化体现;化学变化一定产生新物质。前面说了,构象改变,这个分子就确实发生了变化,而这种变化产生新物质没有呢?确实也可以说:这是变成另一种构象异构体了,所以产生了新物质,是化学变化。可是……这么说似乎有点钻牛角尖,意义不大。而且氢键毕竟也不是化学键,水发生相变时 氢键的变化也不算做是化学反应嘛。这个DNA的双螺旋解开,既没有旧的化学键断裂,也没有新的化学键生成,很难说是个化学变化。


另一方面,破坏了分子的构象,而保留其构型的话,化学性质看似不会有太大改变,因为各种基团及其形貌关系都没变。

可是我们还知道,生物大分子的结构是不能变的,变了要出大事——这就是特殊性,因为DNA的双螺旋一破坏,生物活性就丧失了;这也是我们引入更加精细的「构象」来研究它的原因之一吧。

但从概念本身来讲呢,「失去生物活性」并不等同于「改变化学性质」

(化学性质是要由化学反应体现的,核酸相关的生化反应都算是化学变化,那么应该也可以说是改变了化学性质吧。)


综上,氢键可能会影响物质的化学性质。

但是高中阶段不涉及。


首先纠正你一个错误,稳定性有很多种,比如「机械稳定性」就跟物质的化学性质没多大关系,所以不能一概而论。

其实严格意义上讲,分子内氢键绝对是会改变物质的稳定性的。比如分子内氢键会改变物质原有的酸性,比如顺丁烯二酸和反丁烯二酸的pKa1就相差甚远,这就是因为顺丁烯二酸的两个羧基可以产生分子内氢键。

从你举的例子来看,我认为你现阶段不需要思考这个问题太深入。你就这么理解:

即使形成分子内氢键,它也不会变成另外一种物质。


以我目前知识水平来说,分子内氢键对分子化学性质没有显著影响。有机而言,官能团不变较少会有极大的化学性质变化。氢键对沸点等物理性质影响更为显著。但是,分子内氢键对其反应性是有一定影响。以下为两个例子作用:

一、增加化合物稳定性

案例一:1,3-二羧基化合物烯醇化(Enolisation of 1,3-dicarbonyl compound)

一般而言,羧基化合物的烯醇(enol)形式并不稳定,其平衡远偏向酮一边。但是1,3-二羧基化合物能通过分子内氢键形成六元环,来稳定其对应烯醇。所以二羧基化合物α位氢酸性更强。(2,4-戊二酮:pKa 10-15;丙酮:pKa &>20)

因此,在烷基化反应中(alkylation),二羧基化合物不需要强碱(如LDA,KH)将其完全烯醇化。醇的离子(alkoxide,pKa ca. 16)即可,之后加入相对应的卤代烷烃(RX)或Michael Acceptor。

二、导向性(selectivity)

案例二:单线态氧与二烯烃的反应

在单线态氧与二烯烃的反应中,反应物中若含羟基或羧基,可以和单线态氧之间氢键连接。单线态氧加成是否是同侧(syn-addition)还是异侧(anti-addition)于羟基或羧基,取决于对应conformer是否有较大电子排斥(electronic repulsion),导致生成物不稳定。

(插入图片,知乎维护中)

综上所述,有机物内氢键可以增加化合物稳定性,从而增加产率,或使平衡偏向稳定化合物一边。与反应物生成的氢键也具有导向性。

注:作者为新加坡留学狗,化学知识体系是建立在全英文之上,因此加入英文注释以免翻译不当,还请各位读者指正。本人化学知识有限,不当之处也劳烦各方大神指正。

参考文献:

  1. Clayden, J., Greeves, N., Warren, S., Wothers, P. (2001). 20, 25. In Organic chemistry (pp. 457-458, 592). Oxford: Oxford University Press.
  2. Jacquot, C. (n.d.). CYCLOADDITIONS WITH SINGLET OXYGEN MECHANISM AND SUBSTITUENT DIRECTING EFFECTS. Retrieved March 18, 2004, from https://chemistry.illinois.edu/system/files/inline-files/Jacquot.pdf


影响。即使以高中化学的角度思考。例如硝基苯酚的酸性问题。酸性显然是化学性质


影响。类似的还有乙醯乙酸乙酯。


氢键是弱相互作用,再弱,也是相互作用。必定会影响物理化学性质。


影响了溶解性,毕竟分子间作用减弱了。


分子内氢键是会影响化学性质的,DNA 体系里的氢键我不太熟悉,所以下面给另外的两个例子

1、α-羟基醛/酮的亲核加成,也就是 Cram 规则二[1]

α-C上的羟基会与羰基氧形成分子内氢键,所以亲核试剂会从小位阻 S 一侧进攻采取重叠式的醛/酮,进而影响产物比例。

如果没有分子内氢键的话,就是按 Cram 规则一来的了(尽管不一定实用)

2、经由环状过渡态的脱羧[2]

参考

  1. ^基础有机化学 第四版 邢其毅等 北京大学出版社 p460
  2. ^基础有机化学 第四版 邢其毅等 北京大学出版社 p538


如果是高中阶段,为了考试请记住,不影响!高中阶段只认为氢键是一种更强的分子间作用力,只影响物理性质。

你下面的补充问题说的是两个学科,不能一概而论。高中化学课本里的稳定性认为不发生化学变化就叫稳定。高中生物氢键维持DNA分子稳定指的是维持它的双螺旋结构,不是指发生化学变化,两个稳定讨论的不是一个范畴。

如果超越高中阶段,是影响的。


氢键属于分子间作用力,不是化学键,不影响化学性质。氢键影响熔沸点,溶解性等物理性质。


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