舊鈔本的《燕王令旨》中記載說：“顧予匪才，乃父皇太祖高皇帝親子，後孝慈高皇后親生，皇太子親弟，忝居衆王之長。”《明太祖實錄》說：“高皇后生長子，長懿文皇后標，次秦愍王，次晉王，次周定王。”《明史·成祖本紀》也說：“文皇帝諱棣，太祖第四子也，母孝慈高皇后。”與前說如出一轍。從這些官方材料看，可以肯定朱棣是朱元璋的第四個兒子，爲馬皇后所生。但是後世學者認爲這其中有竄改之詞，不能信以爲真，一生致力於明史研究的學者吳晗就這樣認爲。

另外有一些史籍說馬皇后並非生了5個兒子，只承認四子朱棣與五子周王爲馬皇后所生，而懿文、秦王、晉王則爲妃子所生。《魯府王牒》也說：“今魯府所刻玉牒，又以高後止生成祖與周王。”《皇朝世親》、《魯府王牒》皆已早佚，這個說法難辨真僞。但是這些材料雖然說皇太子等人不是馬皇后所生，卻也都承認朱棣是馬皇后親生的兒子。也有人說朱棣的生母是達妃。

明代黃佐的《革除遺事》中說，懿文、秦、晉、周王都是高皇后所生，而太祖朱棣爲達妃所生。王世貞《二史考》也曾引用這一說法。但是後人分析，黃佐把明成祖說成是達妃所生是別有用心的，不足爲信。例如清代史學家朱彝尊在著作中指出，“黃佐《革除遺事》與當時記建文事諸書，皆不免惑於從亡致身二錄。蓋於虛傳妄語，就未能盡加芟削”。也就是說，黃佐的書對建文帝下臺表示深深的同情，而對明成祖奪權大加貶斥，明顯有個人感情色彩，所以記載的事情難免“虛傳妄語”，故不可信。

三是生母爲碽妃。

明朝末年何喬遠的《閩書》、談遷的《國榷》、李清的《三垣筆記》等人根據《南京太常寺志》認爲明成祖的生母是碽妃。這種說法也得到了近人傅斯年、朱希祖、吳晗等人的贊同。此志以明孝陵奉先殿的陳設爲旁證，奉先殿中間南向列太祖、馬後兩神座，東邊排列的是諸妃神座，而兩邊則獨列碽妃神座。爲什麼碽妃會得到如此尊重？無疑因爲碽妃是明成祖的母親。清初的學者潘檉章、朱彝尊等也肯定這個說法。朱彝尊還考證了碽妃是高麗人。然而碽妃的來歷歷史上並沒有任何記載，要知道這種說法是否可靠，就要考察《南京太常寺志》的可靠性。此記述是否來自第一手資料？是否真實？實在是難以說清楚。根據考證，《南京太常寺志》被收入《四庫全書總目》，是明代人汪宗元所撰寫。汪宗元是明嘉靖己丑進士，曾經任總理河道右副都御史，此書是他任南京太常寺卿時所撰，與明成祖生年元至正二十年（1360）相距了170多年。這樣看來，他在記述朱棣生母時很可能是道聽途說，而不是第一手資料。尤其可疑的是，《南京太常寺志》的說法在其它的史籍都沒有記載，因此其真實可靠尚難以說清。

還有一種說法認爲朱棣的生母是元妃。

王世懋《窺天外乘》記載：“成祖皇帝爲高皇后第四子甚明。而《野史》尚謂是元主妃所生。”王世懋所指的“野史”，是指《蒙古源流》。《蒙古源流》說，明成祖是元順帝之妃甕氏所生，是元順帝的遺腹子。“先是蒙古託袞特穆爾烏哈噶圖汗（元順帝）歲次戊申，漢人朱葛諾延年二十五歲，襲取大都城，即汗位，稱爲大明朱洪武汗。其烏哈噶呼圖汗第三福晉系甕吉喇特托克托之女，名格呼勒德哈屯，懷孕七月，洪武汗納之，越三月，是歲戊申生一男……”劉獻廷在《廣陽雜記》中則說：“明成祖非馬後子也。其母甕氏，蒙古人，以其爲元順帝之妃，故隱其事，宮中別有廟，藏神主，世世祀之，不關宗伯。有司禮太監爲彭恭庵言之，餘少每聞燕主故老爲此說，今始信焉。”近人傅斯年所見的明人筆記則以爲明成祖是元順帝高麗妃所遺之子（《明成祖生母記疑》）。

這些野史、雜記都說得煞有其事，但是它們畢竟只是野史、雜記，說得再神乎其神也難以令人相信。近年更有人說，明成祖朱棣生母確實是馬皇后。“碽”是甕吉喇氏略語的不同譯音，碽妃或甕吉喇氏生明成祖的傳聞，實屬於無稽之談。這其實是一則蒙古人編造出來的離奇的事，爲的是以此證明元代國運不衰，後繼有人。

說來說去，明成祖朱棣的生母之謎，到今天仍然沒有確切的說法。

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