现在知道ProTx-I蛋白(protoxin-I)的氨基酸序列,这ncbi中protein检索能看到蛋白的相关信息,但找不到核苷酸序列,求助该蛋白的序列和检索方法,谢谢了。


我说不清楚你还知道多少信息,所以我假设任何相关的氨基酸信息都没有。

但是你至少能知道这个氨基酸序列是哪个物种编码的,然后在ncbi上找这个物种对应的基因组。找到基因组后,用tblastn,或者genewise,或者exonerate,把你的aa当作query,基因组做target,看aa在基因组上对到哪里。如果你的基因组找的对,你会有一个几乎完美的hit,如果有intron,那就是一组连续的完美hit。然后你只要把对应区域的系列提出来就是cds,在这个基础上适当延伸就是gene。

原理就是这样,至于怎么做,自己解决。


两个选择:1:那个蛋白序列对应的基因的核酸序列知道。会直接在NCBI网页右边列出来。2:用tblastn搜索核酸序列,选identity 100%的那些。


我以前用过这个SWISS-MODEL | Home Page可以根据基因序列推出氨基酸序列,并根据预测做出三维结构模型,也包括了可能的剪切和修饰贴一个丁香园的帖子,下面这位介绍的很详细有没有根据序列预测蛋白质结构的软体如有侵权联系我删除。


我在根据氨基酸序列设计DNA引物,然后做原核表达

我太难了,打把游戏,明天等师姐教我吧


每个氨基酸对应的密码子的最后一位不是唯一的,有简并性

我上NCBI看了一下,protein检索只有两条,都是同样的35aa。拿去比对相应的核酸序列(tblastn),如果物种还选Thrixopelma pruriens的话,没有结果。如果不选物种,有很多。你可以用你要做的物种试试,没有的话就参考分类相近的。也可以试试用你要做的物种和protoxin-I检索nucleotide。


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