現在知道ProTx-I蛋白(protoxin-I)的氨基酸序列,這ncbi中protein檢索能看到蛋白的相關信息,但找不到核苷酸序列,求助該蛋白的序列和檢索方法,謝謝了。


我說不清楚你還知道多少信息,所以我假設任何相關的氨基酸信息都沒有。

但是你至少能知道這個氨基酸序列是哪個物種編碼的,然後在ncbi上找這個物種對應的基因組。找到基因組後,用tblastn,或者genewise,或者exonerate,把你的aa當作query,基因組做target,看aa在基因組上對到哪裡。如果你的基因組找的對,你會有一個幾乎完美的hit,如果有intron,那就是一組連續的完美hit。然後你只要把對應區域的系列提出來就是cds,在這個基礎上適當延伸就是gene。

原理就是這樣,至於怎麼做,自己解決。


兩個選擇:1:那個蛋白序列對應的基因的核酸序列知道。會直接在NCBI網頁右邊列出來。2:用tblastn搜索核酸序列,選identity 100%的那些。


我以前用過這個SWISS-MODEL | Home Page可以根據基因序列推出氨基酸序列,並根據預測做出三維結構模型,也包括了可能的剪切和修飾貼一個丁香園的帖子,下面這位介紹的很詳細有沒有根據序列預測蛋白質結構的軟體如有侵權聯繫我刪除。


我在根據氨基酸序列設計DNA引物,然後做原核表達

我太難了,打把遊戲,明天等師姐教我吧


每個氨基酸對應的密碼子的最後一位不是唯一的,有簡併性

我上NCBI看了一下,protein檢索只有兩條,都是同樣的35aa。拿去比對相應的核酸序列(tblastn),如果物種還選Thrixopelma pruriens的話,沒有結果。如果不選物種,有很多。你可以用你要做的物種試試,沒有的話就參考分類相近的。也可以試試用你要做的物種和protoxin-I檢索nucleotide。


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