江户幕府内部如何运作？幕府将军在日常施政中采用什么机制来控制京都？
靠有血缘关系的家臣吗？还是用其他人，会用大名的后代吗？
先写一部分，之后慢慢更新
这个问题很好。根据我对幕政的观察，简单谈谈幕府的大致构造。
首先是幕府最高决策层，能够左右幕政的大致上有三股势力，分别是外朝（幕阁）、内朝（中官）和殿中（诸侯），三大势力相互制衡，共同作为幕府的支柱存在著。下面介绍这三大势力的主要成员。
决策层
外朝（幕阁、政府、政事堂）
大老（丞相、执政、元老）
位在列相之上，总百揆，唯有德高望重之诸侯方可为之，苟无其人，可以从阙。原则上仅井伊、酒井、土井、堀田四家诸侯可以出任此职。理论上该职位拥有幕阁内最大发言权，然而不常设，即使设置时有时也仅为名誉性质，未必掌握实际权力。如彦根侯井伊直弼拜相时大权独揽，能以己意任免阁老。然而其祖井伊直幸，重贿阁老相良侯田沼意次方得任此职，只知媚事意次，形同傀儡。
老中（列相、阁老、平章事、知政事）
列相负责统领天下政务，为幕府常设的最高官职，非诸侯不得任职，定员四至五名，采取月番制，轮番理政。其中老中首座与胜手方老中居特殊地位。
老中首座（首相）
列相之中居于首席者，负责统领幕阁，若无丞相，即可总百揆，幕阁中通常的最大权力者。通常由列相之中资历长，门第高者出任。
胜手方老中（计相、判度支）
亦称胜手挂，为阁老之中专管财政与农政者，勘定奉行的直属上级，幕阁中权力通常仅次于首相。
若年寄（参政、参知政事、同平章事）
参政位次列相，诸侯方可任职，掌幕府麾下旗本、御家人之事，朝中政务决策皆得参与。此职为列相人选的主要来源。
御后见（太傅）
将军未成年时的监护人，得与闻政事，然不常设。一桥庆喜，即末代将军德川庆喜，曾出任德川家茂的太傅。
内朝（中官、中贵人）
御侧御用人（侍中）
简称侧用人，原为辅佐将军，传达命令之职，由亲信腹心诸侯为之，位阶与阁老等。然而此职常成为幕府实际最高职位，虽幕阁之决议，不经侍中许可，亦无法上奏。著名权臣柳泽吉保、间部诠房、大冈忠光皆以此职执政。德川家继继位时年幼，侍中高崎侯间部诠房秉政，日夜居于宫中，甚至与家继生母公然私通，年幼的家继见高崎侯与其母相拥，不禁发出「高崎侯如王矣」的感慨。
御侧众（给事中、郎中令）
此职又分御侧御用取次与平侧众，两职皆将军亲信为之。御侧御用取次三人，由侧众中特见亲信者出任，可直接参与幕政，传达命令。平侧众作为侧近日夜随侍左右，诸侯与幕臣皆可任此职，可以通过向将军进言影响幕政，任此职者升为侍中，封侯拜相者甚多。
儒者（国子祭酒、侍讲、学士）
儒学者，负责讲授儒学，可以作为将军的政务顾问影响幕政，也常直接参与政策与法令的制定。由于通晓汉学，也常参与外交事务。此职常为林氏一门垄断。
奥诘儒者（直学士）
同上，负责讲授儒学，可以作为将军的政务顾问影响幕政，也常直接参与政策与法令的制定。由于通晓汉学，也常参与外交事务。此职多由将军亲信的学者担任，如德川吉宗的顾问室鸠巢即任此职。
殿中（诸侯）
溜诘（特进）
亦称溜间诘，居诸侯之中最顶层。严格而言并非役职。无职掌。溜间诸侯在江户登城时，可于黑书院溜间面见将军，有权力与幕阁共同参画政事，因此幕阁制定政策时常须顾忌溜间诸侯舆论。列相退职时按惯例也会受封特进以示优宠。溜间诸侯之首为井伊氏，数度拜相。幕末时，井伊直弼作为溜间诸侯之首，就曾联合溜间诸侯逼迫首相阿部正弘下台，成功推举同为溜间诸侯的堀田正睦就任首相。
此外还存在第四大势力，即西城。然而江户府朝西城势力通常对决策的影响力有限，无法和前三大势力相提并论。
西城
西之丸老中（西城相、太子太傅）
西城即江户城西之丸，将军退任后常隐居西城，太子亦居西城。此职由诸侯任职，位亚阁老，负责辅佐太子或退位将军，因此可以通过太子或退位将军影响朝政。任此职者亦多拜相入阁。例如太子太傅前桥侯酒井忠恭辅佐太子家重，家重继位后，时任首相松平乘邑立刻倒台，前桥侯忠恭直接就任首相。
西之丸若年寄（太子少傅）
此职由诸侯任职，位亚太子太傅，负责辅佐太子或退位将军，主要职责为处理西城庶务。任此职者常升任太子太傅或参政。
幕职的两层门槛
大名（列侯）
幕臣封地若满一万石，即拜列侯，建藩国，从此任官升迁皆不与诸幕臣同列，幕府决策层要职以及部分顶级行政职位只对列侯开放。凡为列侯者皆拜朝散大夫。
从五位下（朝散大夫）
凡列侯者即使不任幕职者，一但袭爵，皆为朝散大夫。旗本幕臣身居高位者亦有机会拜朝散大夫。大部分高级行政职位只对朝散大夫以上身份者开放。
关于封侯资格，可参照本人另一篇回答：
日本战国结束，德川家康分封大名靠战功和势力来封，那和平时期德川氏凭借什么来分封大名？?www.zhihu.com
常见的诸侯升迁路径
谒者-太常-大坂留守-京兆大尹/参政/太子太傅-列相-首相-特进（退职后）
需要注意的是，西国诸侯由于承担海防任务，通常无入阁资格。另外部分谱代诸侯负有监视外样诸侯任务，通常也无入阁资格。因此也有某西国诸侯为了能入阁拜相，重贿阁老，不惜减禄移封至东国之事。
在最高决策层之下便是中层行政层，该层官员是幕府一切行政事务的实际执行者，职责不可谓不重大。以下按京官、外官以及执掌分别介绍，只介绍部分有较大政治影响力的重要职位。
行政层
京官
评定所（大理寺）
由大理三司与一名列相四人组成，设于江户城辰之口，为最高司法机关，直属于将军。
三奉行（大理三司）
即寺社奉行、町奉行、勘定奉行。其中寺社奉行由诸侯出任，町奉行、勘定奉行由旗本出任。有寺社奉行四人、町奉行二人、公事方勘定奉行二人。三奉行除拥有司法权力外，另有本职，其执掌详见后文。
礼司
高家（大行人）
主管仪式典礼，负责与天皇朝廷往来，以及作为将军使者参拜寺社。此职务由出自古代名门的固定旗本幕臣家族如织田、武田、今川、畠山等世袭，称高家旗本，虽无实权，然俸禄与位阶皆甚高。然而高家旗本不被允许出任其他职务，此职实际仅为保存古代没落名门之用。
奏者番（谒者、鸿胪）
此职由诸侯担任，负责礼式的管理，接收贡品，以及向诸侯传达命令。 定员数一般为二十至三十名。虽然此职权力不大，然而其中四名谒者可兼任太常，且惯例诸侯欲入阁者必先经此职，故凡诸侯欲参与幕政者无不觊觎。如忍侯阿部正敏，袭爵时已五十一岁，恐年老难以得官，于是重贿阁老相良侯田沼意次得此职。
诘众（奉朝请）
即对雁间诘诸侯的称谓，严格而言并非役职，其责任为随侍将军。所谓雁间诘，即允许于江户城雁间觐见将军者，通常为小诸侯，然而因需要随侍将军而须每日登城，有较大希望获得正式役职。
民司
寺社奉行（太常）
太常定员四人，月番制，原则上由出任谒者的诸侯任职。管辖全国佛寺、神社的各项事务，也管辖连歌、音乐、围棋等艺术事务。由于江户时百姓户籍由寺社管理，因此有权管辖百姓婚姻、移居、旅行的事务。同时亦为大理三司之首，审理全国诉讼 。出任此职者常入阁拜相。一个著名的例外是大冈忠相，忠相就任太常时并未封侯，亦非谒者，作为旗本为众谒者轻视，甚至不被谒者允许进入诘间面见将军。
町奉行（江都尹）
定员二人，分为北町奉行和南町奉行，共同统辖江户地区民政。原另有中町奉行，后废。由于亦为大理三司之一，因此同时掌握行政权和司法权。此职原则上由旗本出任，通常是旗本可以担任的最高官职之一，任职者常拜朝散大夫。
财司
勘定奉行（司农）
定员四人，负责管辖财政与幕府直辖天领。其中两人为胜手方，两人为公事方。胜手方掌管钱谷度支事务，由计相领导。公事方则为大理三司之一，专理诉讼事务。此职由旗本出任，任职者常拜朝散大夫。此职同时管辖天下郡代、代官和藏奉行。德川纲吉时荻原重秀任此职，通过改铸货币降低含金量，造成通货膨胀，解决了幕府的财政危机，并留下「币者，国家所造，虽以瓦砾代之，而且可行」的名言。
勘定吟味役（度支少监）
定员四至六人，主管财政，位次司农，然而不属司农管辖而直属幕阁。与司农同样分胜手方和公事方。胜手方掌管钱谷度支事务，公事方专理诉讼事务。任何关于财政事务的决定皆需度支少监赞成方可执行。此职由旗本出任。
刑司
大目付（侍御史、大监察、御史大夫）
负责监视诸侯、高家、朝廷，防备谋反，监察幕臣不法行为，亦负责传达幕命。此职通常由旗本出任，在旗本可以出任的官职中处于顶级水准，俸禄享受诸侯待遇，高达万石，拜朝散大夫。
御目付（监察御史、御史中丞）
负责监视旗本、御家人，监察幕臣不法行为，为大监察下属。有时也负责情报工作。此职通由旗本出任。此外诸侯与幕臣亡故，新家主继承家业时，也需要由御史进行确认。
工司
作事奉行（将作大匠）
定员二名，与普请奉行、小普请奉行并称下三奉行，负责营造修缮相关事务。此职由旗本出任，任职者拜朝散大夫。通常任职者经此职后可以升迁为大监察、江都尹或司农。
普请奉行（中垒校尉）
定员二名，与作事奉行、小普请奉行并称下三奉行，负责城池修筑与河道疏浚相关事务。此职由旗本出任，任职者拜朝散大夫。
小普请奉行（内大匠）
定员二名，与作事奉行、普请奉行并称下三奉行，负责宽永寺、增上寺修缮相关事务。此职由旗本出任，任职者拜朝散大夫。
此外要注意的是在进行重大工程之时，幕府通常下令由诸侯助工役。
兵司
大番头（大卫将）
幕府常备军大番的统领，由旗本任职，俸禄五千石。幕府大番共十二组，驻扎于江户城中，受幕阁直接指挥。每组军官包含番头一名，组头四名，番士五十名，与力十名，同心二十名，加上普通士卒总兵力约四百。十二组大番总兵力约五千人。
新番头（新卫将）
护卫将军的常备军新番的统领，由旗本任职。将军出行时，由新番负责警卫工作。
御小姓组番头（亲卫将）
将军亲卫部队小姓组的统领，由旗本任职。小姓组负责守护将军人身安全，虽然名为小姓，实际上是作战部队。
御书院番头（宫卫将）
将军亲卫部队书院番的统领，由旗本任职。书院番负责守护将军人身安全，和小姓组性质相当。
留守居（城使、巷伯）
定员四人到八人，负责江户城警备，将军不在江户时负责留守。此职通常由旗本出任，享受诸侯待遇，为旗本能够任职的最高官职之一，任职者拜朝散大夫。
以上官员负责掌管的是常备军，然而在战争时期或者需要进行重要军事行动时，幕府会征召幕臣与诸侯的军队集结成军，通常会另行任命诸侯或者高阶旗本幕臣担任统帅。
外官
平安（洛阳）
京都所司代（京兆尹、京兆大尹）
定员一人，由谱代诸侯担任，镇守平安京，负责监察天皇朝廷，监视西国诸侯，统辖畿内地区民政与司法，也常负责幕府与朝廷的交涉，其办公场所位于京都二条城北。京兆大尹为江户府朝外官之首，近畿幕臣如京兆少尹、奈良尹、伏见尹等受其指挥。担任此职者卸任后常入阁为相。
京都町奉行（京兆少尹）
定员二人，由旗本担任。虽然直属于幕阁，但是因任地的关系，接受京兆大尹指挥，负责京都、畿内天领、寺社领地的民政与司法，也负责征收税赋。如同江都尹分为南町奉行与北町奉行一般，京兆少尹亦分东町奉行和西町奉行。任此职者拜朝散大夫。
二条城代（二条留守、二条镇使）
二条城乃将军位于平安之行宫，二条留守由旗本出任，负责行宫警备，受京兆大尹管辖，此职于元禄十二年废。
二条定番（二条副留守）
二条副留守定员二人，由旗本出任，原称在番，每年轮换，后不再轮换，改称定番。负责行宫警备，受京兆大尹管辖。
伏见奉行（伏见尹、伏阳尹）
定员一人，常由谱代诸侯担任，镇守京都伏见，统辖伏见民政，管辖宇治、伏见、木津川船舶以及京都御所的警备和监视西国诸侯往来。由于西国诸侯前往江都参觐交代之时不可进入平安城内，伏见便成为西国诸侯必经之地，因此此职为远国奉行中唯一常由诸侯担任的职务。
大坂（浪华）
大坂城代（大坂留守、浪华镇使）
定员一人，负责镇守大坂城，由谱代诸侯担任，由于大坂为西国经济中心，因此此职于外官中地位仅次于京兆大尹。此外大坂留守职权也远及整个西国，不但负责监视西国诸侯，并拥有紧急情况下的西国军事指挥权及司法权。
大坂城番（大坂副留守）
定员二人，由旗本幕臣担任，负责辅佐大坂留守，并且担任大坂城门的警备工作。
大坂町奉行（大坂尹）
定员二人，由旗本担任，直属于幕阁。负责大坂及周边天领的民政与司法，也负责征收税赋。如同京兆少尹一般，大坂尹亦分东町奉行和西町奉行。任此职者拜朝散大夫。
骏府（静冈）
骏府城代（骏府留守、骏府镇使）
定员一人，负责镇守骏府城以及监视通过骏府的诸侯，由旗本幕臣担任，为旗本可以担任的最高职务之一。骏府位于东海道要冲，且临近府朝烈祖德川家康陵寝所在地久能山东照宫，因此还需要负责久能山的警备。任此职者拜朝散大夫。
骏府城番（骏府副留守）
定员二人，由旗本幕臣担任，负责辅佐骏府留守，并且担任骏府城门的警备工作。任此职者拜朝散大夫。
骏府町奉行（骏府尹）
定员一到二人，由旗本担任，直属于幕阁。负责骏府及周边天领的民政与司法，也负责征收税赋和久能山的警备，同时与骏府留守共同监视通过骏府的诸侯。
其他远国
长崎奉行（长崎尹）
定员二人，由旗本幕臣担任，直属于幕阁，为远国奉行首座，任此职者拜朝散大夫。由于在锁国体制下，长崎是外国人唯一可以合法登陆贸易的地点，因此长崎尹不但负责长崎天领的民政与司法，还管辖长崎贸易事务、对外交涉、海防警备、情报收集、防范基督教传播和负责滞在的外国人管理，其责任可谓远国奉行中最重大者，自然亦是外官第一肥缺。情报工作主要为收集风说书或称风传书，长崎只允许唐人和荷兰人入港，入港船只必须向长崎尹提交叙述海外新闻的文书。唐船提供的文书称唐风说书，荷兰提供的文书称阿兰陀风说书。从风说书中了解的海外情报内容由长崎尹直接向幕阁汇报，为幕府重要的情报来源。所有在日外国人理论上不可离开长崎，但是因为种种原因居住在长崎外的外国人，只要没有正式归化或者接受幕府与诸侯任职，仍皆由长崎尹管辖，如果在长崎的外国人需要前往长崎以外的地区，也必须得到长崎尹的特许。举例而言，岩国侯吉川广家曾多次延请寓居长崎明国名医僧人独立性易治病，即使有岩国侯担保，独立性易每一次前往岩国问诊仍需要向长崎尹申请，为此还曾经和长崎尹引发过矛盾。此外长崎尹实行特殊的交代制度，两人分驻长崎、江户两地，在江户者称在府奉行，在长崎者称在番奉行，每年轮换一次。长崎尹由于掌管经济、情报等事务，转任司农、御史大夫者甚多。
关于风说书，其情报可信度非常差，可以参见本人的另一个回答：
是否有自其他国家或民族的文献中发现的中国传统史书未记载的历史事件？?www.zhihu.com
奈良奉行（奈良尹）
山田奉行（山田尹）
箱馆奉行（箱馆尹）
郡代、代官（税使）
列国
附家老（国相）
我以前回答过一个类似的问题，不知道为什么找不到了。只好重新写一下。
先说总体架构
江户时期的幕府有那么一点点像澳大利亚这种的联邦型国家，天皇对应英女皇，下面由两百多个大名领国组成。位于国家政治中心（非权力中心）的，是连同将军的直属家臣「旗本」领地在内，占全国粮食1/4以上的德川将军家系。包括御三家和御三卿（两者主要区别是后者居住在江户，不拥有领地，但可推举将军，紧急事件时，御三家能够直面将军，陈述意见），最后剩下的，就是以松平家的福井藩为首的17个德川其余家系。
德川家系大名的外围，大都是关原之前即跟随家康的大名，即谱代大名，也是江户幕府真正的权力核心老中和若年寄所出。等会儿会做详细说明。
外样大名则是其余大名，他们虽然一直受到幕府的提防和遏制，但随著幕府末期控制力的衰落，诸如岛津、山内等也通过各种方式影响著政局。
说回幕府内部，位于顶端的自然是将军。但将军是没有精力事无巨细的，所以实际处理政府的，是将军下面4-5名老中，他们在被称为「御用部屋」的地方每月轮值，主持召开会议。通常按任职时间排座次，但实权一般掌握在负责财政和民政的胜手挂老中上。
老中下面还有若年寄，在另一地方办公，商讨政事，但意见一般不会被采纳。他们主要的任务是通过下属的目付（10人），监督将军的家臣旗本。监督谱代和外样大名的叫大目付，由老中直属。目付和大目付都可以直接向老中甚至将军举报。
在若年寄的目付下面，是大概50人的徒目付，由御目见之下的武士担任，再下面还有100多人的，小人目付，负责审查各地送来的文件。
若年寄下面是大家比较熟悉的三奉行和远国奉行，类似于政府里面各部门的领导。三奉行包括管理宗教团体和设施的寺社奉行（5人），管理江户治安的町奉行（2人）以及负责政务的勘定奉行（4人）。按座次看，在大名中选派的寺社奉行地位最高，而勘定奉行最具实权。町奉行居中，由高级旗本担任。
勘定奉行分为胜手方和公事方，公事方负责诉讼、仲裁，其余的政务由胜手方负责。
勘定奉行下属包括勘定组头（12名），再下面是90名支配奉行和250名勘定，分别掌管各自事务。他们在被称为勘定所的地方上班，江户城和城外各有一处。除此之外，勘定奉行下面还有6名勘定吟味役，负责监督勘定所的工作。他们地位很低，但可以直接向老中陈述意见。3人负责接受诉讼，3人负责监察财务。
远国奉行有点类似幕府领地内的地方长官，包括三个町奉行（京都、大阪、骏府）和十三个地方奉行（神奈川、兵库、长崎、佐渡、伏见、山田、奈良、日光、堺、浦贺、下田、新泻、箱馆）。其中京都町奉行和长崎奉行比较特殊，前者因为是天皇所在，奉行在京都所司带的指挥下也兼任三奉行在江户的职能。后者因为长崎是对外贸易港，所以也负责与中国、荷兰等海外交往国的外交事宜。此外，除位于京都南郊，需要监视各地往来大名的伏见奉行外，其余奉行大都由具备御目见资格的旗本担任。
除开这些官员外，还有一些被称为三番（大番、御小姓组、书院番）的军事官员，属于警戒部队，地位很高，没有实权。
所以从上面可以看出，整个幕府的决策中枢，主要就由胜手挂老中统辖的胜手方勘定奉行负责。
德川幕府秉承享禄者不掌权，掌权者不享禄的原则，所以老中和若年寄，绝大多数都是居于幕府架构中间的谱代大名，而且是石高较少的中小大名担任。
这就是幕府中心大概的权力架构，接下来说说决策流程。
决策流程
当遇到重大问题，官员们通常分几组接受老中的咨询，分组的方式不确定，大致有以下几种情况：
第一，各厅官逐一分别接受咨询。
第二，寺社奉行和町奉行以租，勘定奉行和勘定吟味役为一组。
第三，在芙蓉间拥有办公室的官员（江户城大厅绘有芙蓉的房间，包括胜手方的勘定方，大目付、目付、远国奉行）一组，属于评定所的官员（公事方的勘定方，大目付、目付、寺社奉行、町奉行）为一组。
具体怎么操作呢，比如有外国船只进入长崎港了，希望开展贸易。首先，长崎奉行派官员过去了解情况，确认国籍。
接下来，长崎奉行把了解到的情况报告给江户。江户的长崎奉行接到报告后，交由当月担任主持的胜手挂老中处。再由此胜手挂老中召集其他老中开会商议，这就是评议。
评议结束后，老中会命令秘书官奥佑笔（秘书处负责人笔组头2人，秘书佑笔13人）查阅过去档案寻找类似事件处理办法，与此同时，老中也会通过将军身边的联络官御侧御用向将军报告情况。如果事情特别紧急和严重，老中会立即召集芙蓉间的官员，听取他们的意见，以及奥佑笔的建议，然后老中再进行评议。
评议有结论后，老中会以书面形式向将军报告，遇到重大问题，老中会亲自一同前往面见将军，以获得将军口头同意。除了末代将军德川庆喜外，老中的意见几乎都是原样批准。
得到将军批准后，由老中共同签署命令，奉书。然后把发给大名的命令交给大目付，旗本的命令给目付，其他决策交由奉行去处理。
哪位好心的网友把我以前回答过的这个类似问题翻出来了，谢谢啊。。。。。。。也附在背后，算是一些补充。
日本大将军和天皇哪个有实权？?www.zhihu.com
前面那位老哥已经说得挺明白的了，我就补充一个「京都代官」和「京都守护职」吧。
京都代官
代官最早指君主不在时或干脆没有君主时，代替君主主管领地事务的人。而在江户幕府代官就是和郡代共同治理勘定奉行下的幕府直属地与旗本知行地的官员。
而京都代官是江户幕府在京都所设置的役职，在京任务主要有以下几点：
一、代行管理皇家领地，公家领地的，对领地进行租税征收，还负责领地内土木工程事务。
二、进行二条城的日常管理与维护修缮。
三、对京都内各寺院进行资金支持。
此外还负责管理近畿地区的幕府直属地，河川要地的控制之类的事务，与京都町奉行平级，同属于京都所司代管辖。
京都守护职
幕末时期江户幕府为了维持京都治安以及皇宫、二条城守备而设立的役职，由会津藩主松平容保率领一千人左右的会津藩兵上洛担任。
原本负责京都治安以及二条城警备的是京都所司代、京都町奉行。但由于幕末撙攘运动盛行，过激派藩士在京都肆意横行，幕府控制力衰微，因此为了重振幕府权威，江户幕府设立京都守护职，统领京都所司代、京都町奉行以及京都见回役，治理京都。
京都见回役配下的幕臣后来结成了见回组，之后新选组也归属京都守护职下共同维持治安。
第一个问题如图：
后三个问题统一回答：
京都为幕府直辖城市之一，幕府在京都的代表为京都所司代，负责与朝廷交涉、京都治安与监视关西大名，役高一万石，由三万石以上谱代大名（即关原之战前跟随德川家康的旧臣）担任。
京都町奉行，主管京都政务，由老中（幕府常设高级政务官）统领，由旗本担任（石高不满万石的幕府直属家臣）因任地的关系，在京都所司代指挥下执行职务。京都町政之外，也掌管畿内天领及寺社领之支配，所以形同兼管寺社奉行?勘定奉行?町奉行之三奉行的职务。定员2名，设置东西2奉行所。役高1500石、役料现米600石。配下有与力20骑和同心50人。
其余重要属官有二条城门番之头，二条城御殿预、二条城铁炮奉行、藏奉行、京都大工头等。
幕府内部如何运作的回答很多，
至于京都吗，可以看一下其所在的山城国周边和内部就知道京都的天皇朝庭压根就翻不起来，在灭亡丰臣政权后不久，将军不断在大阪平原以及周边整合大量土地，仅这一块将军直辖地就高达百万石，此外还有御三家的纪伊家、尾张家、支系的越前家和池田的岛取、冈山两家对山城大抵显现包围状，山城国内还有占有总领地四城以上的谱代山城淀藩与大大小小的私庄和飞地。而天皇朝庭表领不超过五万石！
内部如何运作？咱们这些外行怎么能搞懂啊，别说幕府了，就现在的日本政府如何运作，想把细节搞清都不容易
只简单说个大概
在德川幕府时代，京都不再是政治经济中心，而是江户！也就是后来的东京，就是时现在的东京圈。
至于说对天皇的管理，主要靠奉行
和将军有血缘关系的，不是天皇，就是公家，或者大名，怎么可能是家臣？
幕府时代，会用御三家和井伊这样的亲德川家大名来主政。其他四十多名大名要常驻江户，各国事务由家老来处理
实话说控制不了，在中世纪人类的能力有限，以人为主的政治没办法主导整个社会。
宏观上，以前普遍的情况是宗教主导，在这一点上日本是正常的，当然在一堆不正常里面日本这个正常的反而显得特殊。
你这问题问得颠三倒四。令人无语。
幕府内部是如何运作的？哪个幕府？
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