针对媒体报导国发基金转投资事业亏损情形，国发基金今 (3) 日提出说明反驳，强调在配合政府产业政策之下，多数投资于新创的高风险企业，部分投资事业虽有亏损，但历年来基金规模成长至今超过 7000 亿元，整体投资绩效良好。

国发基金指出，除每年在预决算中叙明转投资事业相关资讯、编撰营运与资金运用计划送立法院外，为达资讯公开透明化，每季也将投资情形公开在基金网站，并配合立法院预算中心要求，提供转投资事业资料及人员薪资情形，但因涉及非公开发行的人员薪资，以密件方式提供遭拒收，并无黑箱作业作业情形。

国发基金强调，近来配合经济部及交通部产业政策参与投资台船 (2208-TW) 及阳明海运 (2609-TW)，但两家公司董事长与总经理均非国发基金指派，相关人员退休转任与国发基金无关。

媒体报导指出，立法院预算中心完成调查，发现去年国发基金投资 46 家公私合营事业，其中有 19 家亏损，显示出有 4 成以上经营不善，甚至有 14 家已连亏 3 年。

国发会副主委、国发基金执行秘书郑贞茂强调，国发基金不以帐面盈亏作为主要操作目标，而是配合国家政策及发展需要来进行投资，扶植产业，例如注资阳明海运，协助度过全球航运景气低迷的危机，且产生绩效；投资生技类股，虽帐面未获利，但业者价值已反映在股价上。

另外，投资台积电 (2330-TW) 可说是最赚钱的投资，现在的投资报酬惊人，郑贞茂表示，国发基金自 1975 年以来，从 309 亿元成长到 8134.62 亿元，每年都有盈余缴库，以基金规模成长的情况来看，从原始基金金额计算，绩效放大逾 26 倍，完全没有拿纳税人的钱。

有关台船董事长薪水引发批评一事，经济部长沈荣津今日指出，台船受全球造船业景气的影响，管理阶层都有减薪，已经都有处理了，至于减薪幅度，他则未正面回答，仅表示，应该跟公会各方面都有讨论过，大家共体时艰。