大学个人申请第二阶段于4月10日开跑，却有41校318个系组除了采计学测成绩外仅采书面审查，引发公平性争议，更有书面审查标准不明等争议。大学方则表示皆有订立SOP，更怕招到不符合资格的学生。

今年学测首次采取「五选四」，以至于同分学生增多，导致顶尖大学热门科系第一阶段人数皆暴增，第二阶段因此成为筛选关键，但却有41校318个系组于第二阶段仅采书面审查，更有科系将书审定为50%，标准模糊引发外界争议。

补教业者刘骏豪表示，「问题在于50%的审查资料校方该如何评分。」第一阶段已经分不出高下，50%审查资料究竟该如何评分，包括每个学校皆不一样，光列出参采在校成绩也是问题，大学如何选才将是第二阶段一大难关。

面对家长的质疑，国立交通大学副教务长黄育纶表示，备审资料外观太华丽实在不吸引人，系上还是以看内容为主，也许以家长角度来看看不到老师如何审查，但系上更担心选到的学生不适格、或是对该领域毫无兴趣。对于第一阶段学生爆量，系方已启动机制，将有更多老师投入审查，若老师给予的学生评价差异太大，将启动差分审核讨论会议，希望透过书审挑选真正需要的学生。

中央大学教务处招生组组长周弘伟谈到，全台318个科系于二阶段采用书面审查但多设有尺标，系所会名列参照标准和SOP，以及订立引导式自传，或要求学生提供竞赛成果、特殊表现、相关能力检定证明等资料，强调参照标准并非空穴来风，「我们比大家更怕选到不适合的学生，也没必要找不适合的学生。」

大学招联会综合业务组组长王盛麒表示，各大学不在意学生是否将备审资料「做好做满」、是否又厚又漂亮，各大学都注重个人表现与特质，不是硬塞备审资料就有优势。希望老师能在严谨的程序中找到适合的学生，如果学生没兴趣，对校方也是一大困扰。