大學個人申請第二階段於4月10日開跑，卻有41校318個系組除了採計學測成績外僅採書面審查，引發公平性爭議，更有書面審查標準不明等爭議。大學方則表示皆有訂立SOP，更怕招到不符合資格的學生。

今年學測首次採取「五選四」，以至於同分學生增多，導致頂尖大學熱門科系第一階段人數皆暴增，第二階段因此成為篩選關鍵，但卻有41校318個系組於第二階段僅採書面審查，更有科系將書審定為50%，標準模糊引發外界爭議。

補教業者劉駿豪表示，「問題在於50%的審查資料校方該如何評分。」第一階段已經分不出高下，50%審查資料究竟該如何評分，包括每個學校皆不一樣，光列出參採在校成績也是問題，大學如何選才將是第二階段一大難關。

面對家長的質疑，國立交通大學副教務長黃育綸表示，備審資料外觀太華麗實在不吸引人，繫上還是以看內容為主，也許以家長角度來看看不到老師如何審查，但繫上更擔心選到的學生不適格、或是對該領域毫無興趣。對於第一階段學生爆量，系方已啟動機制，將有更多老師投入審查，若老師給予的學生評價差異太大，將啟動差分審核討論會議，希望透過書審挑選真正需要的學生。

中央大學教務處招生組組長周弘偉談到，全臺318個科系於二階段採用書面審查但多設有尺標，系所會名列參照標準和SOP，以及訂立引導式自傳，或要求學生提供競賽成果、特殊表現、相關能力檢定證明等資料，強調參照標準並非空穴來風，「我們比大家更怕選到不適合的學生，也沒必要找不適合的學生。」

大學招聯會綜合業務組組長王盛麒表示，各大學不在意學生是否將備審資料「做好做滿」、是否又厚又漂亮，各大學都注重個人表現與特質，不是硬塞備審資料就有優勢。希望老師能在嚴謹的程序中找到適合的學生，如果學生沒興趣，對校方也是一大困擾。