看了下几位答主的回答，感觉都不太全面。笔者是环境工程分析方向的在读博士，下面就根据我自己的理解回答下这个问题。

我个人理解，微生物在环境分析中主要起三方面的作用，首先是通过它去间接测量环境污染的严重程度（毒性等指标）；其次是直接表征环境中有害微生物的含量，来衡量环境微生物污染；最后是分析微生物群落的结构与功能。最后一点比较接近环境生态研究，可能距离现实中的环境分析比较遥远。这里就不详加叙述了。以下介绍的方法都来自国家标准以及《水和废水监测分析方法》一书，笔者只是总结了下，并夹带了一些私货。

1、环境污染分析

这部分比较常见的有生化需氧量的测定(BOD5)。BOD是污水的一个重要指标，直接反映其有机底物浓度与可生化性。对于污水处理工艺的选择以及处理结果的判断具有重要意义。因为表征的是污水中可以被微生物代谢的有机物含量，不可避免要用到微生物。

另外一部分就是环境毒性的生物分析方法。传统的化学毒物分析方法是单一指标的分析，并且物质的毒性与物质的存在形态、可生物利用性都有关系。而通常有毒废水中的毒性还不止有限几种，这种条件下对每一种污染物、每一种形态都进行系统地分析是很困难的。生物毒性测试就可以很好的解决这个问题。当微生物加入到污水之中，就可以观察其是否产生毒性效应，从而判断细菌所处的废水的毒性强弱。因为微生物世代周期短，培养容易，所以废水的毒性测试一般也都选用微生物。实验中常用的方法有生物危害性的Ames方法，测量急性毒性的藻类生长抑制实验、 溞类运动抑制实验、发光细菌急性毒性实验等等。

2、水的生物污染分析

这部分就是著眼于微生物对于水质的影响，主要看的是病原微生物含量等等。别的答主提出的大肠杆菌检测就是属于这个范畴。但是微生物检测真的不仅限于此。已经写入标准的就有细菌总数、总大肠菌群、粪大肠菌群、沙门氏菌属、粪链球菌等等指标。

当然啦，上面的介绍都是实际应用中采用的成熟方法。如果说到科学研究中，方法可能更多些，但是其具体实用性就差了一些。对于第一类的环境污染的微生物分析，近年来依托于生物电化学系统这个平台，也有不少好的工作。南开大学的王鑫老师、清华大学的梁鹏老师课题组都有不少好文章发表。而第二类中近些年来结合分子生物学技术在分析化学领域也是成果不少。我个人目前从事的研究工作也是开发新的污水急性毒性检测方法，也欢迎大家和我交流哈~

除了大肠杆菌常用于评估水的洁净度外，特定类群的微生物往往间接反应水质。如好氧菌和厌氧菌与水中含氧量有关，硫化细菌、硫酸盐还原菌等与硫化物含量有关。硝化细菌，硝酸盐还原菌与氮含量相关。

水体中微生物指标的高低代表了水体污染程度的高低，根据综合情况，可间接分析出污染源。

最常见的就是监测大肠杆菌（E-coli）的数量来评判水是否能饮用。在100ml水中总大肠杆菌的数量应该为不得检出。这种方法还用来测试消毒过程是否做得有效。

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