第一篇文章,先做个简单的综述介绍吧。

从本科开始接触生物信息,双修了生物和计算机,在生信实验室努力了两年并完成了自己的优秀毕业论文。毕业时看生信职位招聘要求,自我感觉满足了70%,感觉自己已经开始走在生物信息的康庄大道上。

研究生的课程一开始繁琐而细致,细细学了才发现自己本科的基础并不稳固,知道用法却不知道为什么要这么用,埋头苦学查漏补缺,毕业时看生信职位招聘要求,自我感觉「哇这要求找的不就是我么??」,感觉自己已经打开了生物信息的大门。

等到工作之后,才发现研究生学的课程都是浮云,原有的知识完全跟不上快速发展的学术科技发展,源源不断的新软体和各有说法的研究方法,都需要靠自己结合实际情况进行选择和调整。生物信息需要以不变的基础知识拓展来应万变,需要扎实的基本功,对数据的深层理解和对程序/代码的熟练运用,总而言之,就是很!苦!逼!也终于发现,学校里学的研究都有人带,从前只是在窗台窥探,现在终于鼓起勇气开始敲门了。

不过既然已经开始敲门了,如果发现门内的环境还不赖,那就请加油坚持下去吧,一起做严谨的科学家,而不仅是产品的工程师。

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news:

「2018年,生物信息分析作为全新模块加入到人社部全国计算机高新技术考试体系中,该模块由华大担任技术支持单位,致力于培养生物领域科研和产业需要的创新拔尖人才。」

生信技术人员已经可以考证了,全国计算机信息高新技术认证—生物信息分析员(四级/三级),暂且不论证件的普及和认可程度,但是他的考题大纲还是可以参考一下的,生信入门或者学习了一段时间的可以对一下这个提纲,设定一下学习方案或查漏补缺一下。

当然,这个提纲的知识点就算全掌握了也只是刚「敲门」了而已,实际工作操作中是依靠这些技能整合处理实际数据,进行深一步拓展研究(借助软体或自编程或结合更多学科知识)。这些知识可能不会全部用到,但是,她们总能帮助你在未来的工作中事半功倍,走得更稳。

01《新一代测序技术原理》

1、 DNA遗传物质

2、 第一代测序技术—sanger测序技术

3、 第二代测序技术—454、Solid、Illumina、Ion Torrent、CG测序

4、 第一二代测序技术的区别

5、 第三代单分子测序技术原理

6、 三代测序技术的比较

02《Linux实用操作基础》

1、 Linux操作系统简介

2、 个人电脑如何安装Linux系统、windows 下Linux虚拟机安装流程与方法3、 Linux操作系统登录

4、 常用目录操作命令

5、 常用文件操作命令

6、 VI编辑器的使用

7、 Shell脚本

8、 Linux环境下软体安装及运行示例

03《Perl语言在生物信息中的应用》

1、 Perl编程简介

2、 Perl基本操作

3、 BioPerl模块

4、 Perl的使用技巧

04《统计学在信息分析中的应用》

1、 爱上统计学 ——数据科学时代

2、 一图胜千言——数据的统计描述

3、 玩转序列拼接——基因组参数估计

4、 序列海洋上的罗盘——序列比对中的统计学

5、 我很重要?——从差异分析到显著富集

6、 数据勘探术----相关性分析

7、 炮制科学的证据——试验设计

8、 清新数据范儿——数据约减&分类技术

9、 无知者预言——隐马模型预测基因

10、 进化难重演——模拟法重构系统发育

05《R语言在生物信息分析中的应用》

1、 R语言简介

2、 R语言语法以及主要数据结构

3、 数据的读取与存储

4、 基础绘图工具

5、 图形案例实操演练

06《序列比对原理、流程及常用软体使用方法》

1、 序列比对原理与演算法

2、 常用全局比对软体使用方法

3、 常用局部比对软体

4、 Blast在线软体

5、 常用短序列比对软体 SOAP2

07《组装原理、流程及常用软体使用方法》

1、 组装的概念及意义

2、 组装相关背景知识

3、 组装前所需做的准备工作

4、 组装的具体流程和演算法

5、 组装结果影响因素

6、 辅助组装的技术

7、 组装结果评估

8、 常用组装软体使用方法介绍

08《重测序数据分析流程及常用软体使用方法》

1、重测序基本概念

2、研究全基因组重测序的意义——为什么要重测序

3、如何进行重测序数据分析

4、群体分析

5、测序分析面临的挑战

6、延伸学习

09《基因组注释与基因注释原理及常用软体使用方法》

1、基因组注释背景知识介绍

2、重复序列注释

3、基因结构注释

4、基因功能注释

5、ncRNA注释

6、其他常见调控元件的注释及数据展示

7、基本数据格式

8、重复序列注释

9、基因结构预测

10、基因功能注释

11、ncRNA预测

10《生物信息常用资料库使用方法》

1、 NCBI资料库

2、 GO功能资料库

3、 KEGG资料库

4、 DAVID资料库使用方法

5、 UCSC资料库使用方法

接下来文章将介绍测序技术原理和常见的基因组数据分析流程,

下回见~


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