可可西里无人区里有 藏羚羊、藏原羚、藏野驴、野牦牛、白唇鹿、雪豹、盘羊、岩羊、棕熊、猞猁、兔狲、石貂、豺，藏狐

鸟类有金雕、红隼、大𫛭、藏雪鸡、大天鹅、西藏毛腿沙鸡；

爬行动物有青海沙蜴

鱼类有裸腹叶须鱼、小头裸裂尻鱼，均为高原特有种。还有一些昆虫和水生低等生物，这些动物有些是在青藏高原能看见的，可可西里保护区内都有，但也不是平时在内地能看见的