毛文龍沒有大局觀，他以自我為中心，打仗的指揮能力不高，皮島地方不大，沒有大的防禦城牆，沒有防禦縱深，沒有戰略要點可據守，皮島的防禦要靠皮島旁邊的城鎮防禦，如果皮島周邊的城鎮被攻陷，皮島也很快會被攻陷，皮島能起的作用相對小一點。當時毛文龍領兵進駐皮島，他當時在和努爾哈赤對戰，但是很快他的士兵敗退，他只帶了十幾名士兵逃跑到皮島，其他士兵有的逃到袁崇煥那說毛文龍亂指揮，毛文龍的士兵屬於散兵游勇之流，碰到強悍的敵軍，他們就做鳥獸散，很少有正規強力的抵抗，後來毛文龍又對不聽他指揮的士兵隨便殺害，邊關抗敵的士兵也很少從心裡服從他，他們服從的是袁崇煥派遣他們來幫明朝、幫毛文龍抵抗後金，毛文龍帶十幾名士兵逃到皮島以後，袁崇煥派了幾千士兵到皮島去布防，抵抗後金的侵略，後來毛文龍又私自招募士兵，他私自招募的士兵又很少組織訓練，報了名額，卻不訓練，抗敵能力太弱，他們打不贏就跑的人，沒有抗敵的意志，毛文龍也不監督，虛報士兵數量，貪污軍餉，抗敵時不參戰，參戰時逃跑的多，還亂殺投訴他的士兵、領兵，並殺過總兵，袁崇煥對他這樣的指揮官，視察過，勸說過，後來毛文龍又殺了幾個袁崇煥非常信任的領兵，對於亂殺領兵又不詢問戰場總指揮指揮的毛文龍，擁有明思宗（明順帝），崇禎帝兩朝皇帝御賜的尚方寶劍的袁崇煥將軍，戰場總指揮袁崇煥將軍只有用尚方寶劍將毛文龍陣法。

明朝未年任命誰去當薊遼督師都沒用，明朝的主要問題是內部腐朽透頂，而要解決這個問題，就是崇楨皇帝都無能為力，作為一個薊遼督師的職權根本無力改變明朝政治、軍事格局。

明未整個國家腐朽爛了，軍隊也一樣，存在嚴重的貪腐，畏戰和士氣低落等情緒，導致戰鬥力低下，且內鬥內耗嚴重。面對這種複雜局面，以毛文龍的政治軍事才能出任薊遼督師，肩負平遼重任只能使局勢惡化。首先毛文龍貪婪，且以我為中心，政治上很弱智，不懂得權謀機變，而關寧軍屬遼東地方祖大壽等家族遼人組成的，已有割據傾向，連崇楨之命尚且不聽，他們和毛文龍是搞不到一起的。這樣內鬥會更嚴重，所以毛文龍出任薊遼督師只會把局勢弄得更糟糕。至於皮島在皇太極時代的牽制將會越來越小了，起不了多大作用。