在机构改革中，水资源办公室承担的主要职能是行政类职能，按照事业单位分类改革，行政类职能划转到水利局机关承担，原事业单位机构撤销。

按照2018年9月通过的水利部的「三定方案」规定，水利部的职能划分中，水利部水资源管理方面的职能，主要是负责保障水资源的合理开发利用；组织实施最严格水资源管理制度，实施水资源的统一监督管理和水资源调度，指导开展水资源有偿使用工作；指导水资源保护工作，组织编制并实施水资源保护。

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水利部成立了水资源管理司，承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布国家水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。

在省级设立水资源管理处，市级设立水资源管理科，县级设立水资源管理股，都是水利机关的内设机构，承担的水资源管理的行政类职能。

县级将不再单设事业编制的水资源管理办公室。由于水资源管理是行政职能，事业单位分类改革要求，今后不再成立行政类事业单位，将原来的行政类事业单位的行政职能，划转到相应的行政机关承担。因此，县级事业编制的水资源办公室将被撤销，职能由水利局承担，人员分流到其他事业单位。

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