1933年5月27日海德格尔的校长就职演说《德国大学的自我主张》中有大量拥护纳粹的和与纳粹宣传合拍的提法。他讲到德国大学的目的是「教育和训练德国人民命运的领袖和卫士」。他预告「大肆鼓吹的『学院自由』将被赶出德国大学,因它由于消极而不真。这种所谓『自由』的意思无非是没有牵挂、个人任意逗留于其目的与意图、随便行动或不行动」,他把初入纳粹执掌的局势颂为「伟大壮严的破晓」。他列数德国大学的三根支柱为「劳动服务、军役服务和知识服务」,他提出要在纳粹运动提供的新可能性中「彻底改造德国大学」。海德格尔后来的自辩大致是说:改造德国大学的设想早已有之,那是与他对当代科学技术的畸形发展的基本判断连在一起的。他在《形而上学是什么》中已经指出,科学如今纷然杂陈,只还靠大学从形式上维系到一处,而「各门科学在其本质深处的根却枯萎了」[9]。他后来仍坚持认为德国大学需要彻底改造。至于对纳粹执政的前途,他承认当时确抱有相当的希望。「我当时看不出其它出路。在22个政党的各种意见和政治倾向搅得十分混乱的情况下,必须找到一种民族的、尤其是社会的态度,」[10]不过,这篇演说的基本调子却不是让纳粹政治来确定科学的意义和价值,相反,是要主张让学术领导政治,让大学教导政治家。
1933年末地方大学生报曾引海德格尔的话说:「任何原理和理想都不是你们存在的准则。元首本人而且只有元首本人才是今天的与未来的德国现实及其法规」。海德格尔自辩说这是一种妥协,不这样说就无法继续他当校长的使命。但他也承认这不仅是装点门面,他确实把纳粹运动看作一种新事物,一种新的可能性。
传说海德格尔参与了纳粹学生的焚书运动,去除图书馆内犹太籍作家写的书,禁止胡塞尔使用大学图书馆。这些讲法查无实据。海德格尔事实上禁止焚书,在他的研究班上不仅始终引用和讨论犹太作家,而且有犹太籍学生参加。
1938年海德格尔没有参加他的老师犹太人胡塞尔的葬礼。1941年《存在与时间》的第五版抽掉了给胡塞尔的献辞。海德格尔与胡塞尔的关系很微妙,前面已讲到了。海德格尔承认他来去参加葬礼无论如何在人情上是说不过去的,井为此后来给胡塞尔夫人写信请求宽恕。至于抽掉献辞,则是出版部门考虑到禁书危险而要求的。作为条件,海德格尔坚持保留该书一条对胡塞尔深表敬意的注解。
海德格尔曾向纳粹首长进言讨论改造德国教育。他当时确曾指望上级能纳言施行。结果却未见任何行动。他不无气愤地自辩说:「我不明白为什么和当时纳粹党的教育部长谈一席话就该受到指责,而所有外国政府却正忙著承认希特勒并给他以国际通行的礼遇呢。」[11]除这些自辩以外,海德格尔还强调了其它一些事实。他就任弗莱堡大学校长以前是从不过问政治的。他出任校长是由同事们怂恿而成。他就任校长只有十个月光景。1933年底,他已看清,他要改革大学的设想由于大学同事的抵制和纳粹党的干预而不可能贯彻。他那时建议由几个年轻有为的教授出任几个学院的院长,未获通过。教育部长则要求他批准两位由党指派的院长。他拒绝了这一无理要求并声明如果部长坚持指派他就辞职。1934年2月,他果然辞去校长职务,并拒绝参加与纳粹党人新校长交接的典礼。1936年开讲的尼采课已标明与纳粹运动的分手。从此他受到纳粹的排挤、监视和迫害。1944年夏被送到莱茵河对岸去挖战壕,他是被征召的教师团体中年纪最老的一个。而免除500个最著名的学者、科学家和艺术家战时劳役的名单上却不包括他。