1933年5月27日海德格爾的校長就職演說《德國大學的自我主張》中有大量擁護納粹的和與納粹宣傳合拍的提法。他講到德國大學的目的是「教育和訓練德國人民命運的領袖和衛士」。他預告「大肆鼓吹的『學院自由』將被趕出德國大學,因它由於消極而不真。這種所謂『自由』的意思無非是沒有牽掛、個人任意逗留於其目的與意圖、隨便行動或不行動」,他把初入納粹執掌的局勢頌為「偉大壯嚴的破曉」。他列數德國大學的三根支柱為「勞動服務、軍役服務和知識服務」,他提出要在納粹運動提供的新可能性中「徹底改造德國大學」。海德格爾後來的自辯大致是說:改造德國大學的設想早已有之,那是與他對當代科學技術的畸形發展的基本判斷連在一起的。他在《形而上學是什麼》中已經指出,科學如今紛然雜陳,只還靠大學從形式上維繫到一處,而「各門科學在其本質深處的根卻枯萎了」[9]。他後來仍堅持認為德國大學需要徹底改造。至於對納粹執政的前途,他承認當時確抱有相當的希望。「我當時看不出其它出路。在22個政黨的各種意見和政治傾向攪得十分混亂的情況下,必須找到一種民族的、尤其是社會的態度,」[10]不過,這篇演說的基本調子卻不是讓納粹政治來確定科學的意義和價值,相反,是要主張讓學術領導政治,讓大學教導政治家。
1933年末地方大學生報曾引海德格爾的話說:「任何原理和理想都不是你們存在的準則。元首本人而且只有元首本人才是今天的與未來的德國現實及其法規」。海德格爾自辯說這是一種妥協,不這樣說就無法繼續他當校長的使命。但他也承認這不僅是裝點門面,他確實把納粹運動看作一種新事物,一種新的可能性。
傳說海德格爾參與了納粹學生的焚書運動,去除圖書館內猶太籍作家寫的書,禁止胡塞爾使用大學圖書館。這些講法查無實據。海德格爾事實上禁止焚書,在他的研究班上不僅始終引用和討論猶太作家,而且有猶太籍學生參加。
1938年海德格爾沒有參加他的老師猶太人胡塞爾的葬禮。1941年《存在與時間》的第五版抽掉了給胡塞爾的獻辭。海德格爾與胡塞爾的關係很微妙,前面已講到了。海德格爾承認他來去參加葬禮無論如何在人情上是說不過去的,井為此後來給胡塞爾夫人寫信請求寬恕。至於抽掉獻辭,則是出版部門考慮到禁書危險而要求的。作為條件,海德格爾堅持保留該書一條對胡塞爾深表敬意的註解。
海德格爾曾向納粹首長進言討論改造德國教育。他當時確曾指望上級能納言施行。結果卻未見任何行動。他不無氣憤地自辯說:「我不明白為什麼和當時納粹黨的教育部長談一席話就該受到指責,而所有外國政府卻正忙著承認希特勒並給他以國際通行的禮遇呢。」[11]除這些自辯以外,海德格爾還強調了其它一些事實。他就任弗萊堡大學校長以前是從不過問政治的。他出任校長是由同事們慫恿而成。他就任校長只有十個月光景。1933年底,他已看清,他要改革大學的設想由於大學同事的抵制和納粹黨的幹預而不可能貫徹。他那時建議由幾個年輕有為的教授出任幾個學院的院長,未獲通過。教育部長則要求他批准兩位由黨指派的院長。他拒絕了這一無理要求並聲明如果部長堅持指派他就辭職。1934年2月,他果然辭去校長職務,並拒絕參加與納粹黨人新校長交接的典禮。1936年開講的尼采課已標明與納粹運動的分手。從此他受到納粹的排擠、監視和迫害。1944年夏被送到萊茵河對岸去挖戰壕,他是被徵召的教師團體中年紀最老的一個。而免除500個最著名的學者、科學家和藝術家戰時勞役的名單上卻不包括他。