時勢造英雄，一點不假。康熙九年（1670），巴圖爾琿臺吉之子、準噶爾汗僧格被其同父異母兄車臣和卓特巴巴圖爾暗殺。次年，僧格胞弟、年僅二十七歲的噶爾丹自西藏返回準噶爾。他也是王族，卻還有一個頭銜——活佛。

宗教頭銜在草原上很受羨慕和崇拜，同時，那也是一種地位的象徵。他回到準噶爾時，由於政變者未能控制準噶爾屬衆，“僧格的部衆，遊牧的和兀魯思的卡爾梅克人向各牧區和兀魯思奔逃得一個不剩”。尤其是僧格的舊屬，“僧格遇害，部落有逃，而結聚者百十騎，屯大磧東，未知所附”。 這時噶爾丹出現了。在一些貴族的支持下，他奪得了準噶爾部統治權。

爲了顯示衆人選他“沒有選錯人”，康熙十五年（1676），葛爾丹攻打併俘獲其叔父楚琥布烏巴什及其第五子羅卜藏額琳沁，殺其長子巴噶班第。次年擊敗和碩特部首領鄂齊爾圖汗。三年後，達賴五世賜予他“博碩克圖汗”封號。噶爾丹要求清廷承認他的博碩克圖汗封號。之後又侵入吐魯番、哈密、肅州。康熙十九年（1680），噶爾丹佔領喀什噶爾、葉爾羌，執伊思瑪伊爾汗，以白山派首領阿帕克和卓爲南疆統治者。隨後兵鋒直指青海邊界，但因清軍把守嚴密，噶爾丹逗留幾日後撤兵。

從以上史實可以看出，噶爾丹返回準噶爾後，最關注的是準噶爾內訌和近邊的同族同宗部落的情況。他在短時期內就順利解決了內訌，並贏得了部衆的擁護，十年間擴張建立起了一個佔據天山南北廣大地域的準噶爾汗國。

歷史給予了他一個“顯擺”的機會。爲在政治上尋求中原王朝的支持，噶爾丹上臺的第二年（1672），就遣使向清朝政府上疏，請求朝廷批准他繼承其兄僧格之位。康熙皇帝批准了噶爾丹的請求，還特派大臣持敕書前往慰勉。康熙二十三年（1684）九月，噶爾丹派古爾班珠率領三千人的使團人員，仍然聲稱“我並無自外於中華皇帝”,從而騙取朝廷的信任。但隨着剪除政敵、兼併擴張的接連得手，噶爾丹的野心與日俱增。同年（1684），喀爾喀蒙古內部發生紛爭，出現動亂，中部的土謝圖部和西部的札薩克圖部爆發武裝衝突，給噶爾丹以可乘之機。

康熙二十七年（1688），噶爾丹以土謝圖部殺其使者爲藉口，親自率軍三萬，兵分三路從伊犁出發，越過阿爾泰山和愛杭山（今蒙古國境內），襲擊喀爾喀蒙古部落。喀爾喀腹背受敵，損失慘重，被迫撤向內蒙古，到達長城附近。清政府一面向喀爾喀蒙古提供生活用品，劃定內蒙古科爾沁地區暫時做他們的牧場；一面責令噶爾丹停止進攻喀爾喀，並歸還侵佔的牧地、虜獲的人口和牲畜。噶爾丹卻置之不理，與清政府公然對抗，使康熙皇帝極爲震怒。

康熙二十九年（1690）六月，噶爾丹藉口追擊喀爾喀蒙古，率軍兩萬深入漠南，對清朝產生直接威脅。八月，噶爾丹進佔烏蘭布通（今內蒙古昭烏達盟的克什克騰南旗），距離北京只有三百多公里。噶爾丹遣使清朝，提出要求與康熙平分中國，南北分治。康熙大怒，決定親征噶爾丹。清軍在烏蘭布通攻破噶爾丹的“駝城”，噶爾丹敗逃往科布多（今蒙古國境內）。康熙三十四年（1695）八月，噶爾丹又組織人馬捲土重來，以三萬大軍沿克魯倫河東下，進逼北京。康熙再次親征，在昭莫多（今蒙古烏蘭巴托東南）大敗噶爾丹軍，噶爾丹再次兵敗出逃。但噶爾丹依舊盤踞在蒙古高原北部，繼續收羅人馬，伺機反撲。

康熙三十六年（1697）二月，康熙第三次親征，追剿噶爾丹殘部，並令僧格之子策妄阿拉布坦派軍防阿爾泰山，以截斷噶爾丹的退路。噶爾丹敗逃俄國，但沙俄見他已無利用價值，拒不接納。噶爾丹衆叛親離，氣急交加，遂暴病而亡。對於這個傢伙的死因，歷史衆說紛紜，有記載是服毒自盡，也有記載是死於性交過渡引發的猝死（既腹上死，俗稱馬上風），也有記載說是死於重性病毒性性病。有記載說當康熙皇帝得知葛爾丹的死訊之時，正在黃河大堤上視察的康熙當即就跪到在黃河大堤上，拜天謝地，無比慶幸。

噶爾丹失敗了，徹底地失敗了。這固然與噶爾丹在政治上樹敵過多，軍事上孤軍深入等一系列決策上的失誤，以及他與之爭鬥的對手康熙皇帝和清王朝過於強大有關。最可悲的是噶爾丹與俄國交往的政治、外交實踐的失敗。噶爾丹本想借俄國力量達到自己與清王朝抗爭的目的，但卻被俄國利用，反成了俄國與清朝政府討價還價的籌碼。最終被俄國拋棄時，噶爾丹已與清軍正面相撞，勢不可收，成爲過河卒子，無路可退。當然，噶爾丹的失敗，從根本上說，他的行動違背了我國多民族國家走向統一與鞏固的歷史潮流，到頭來不免走上覆滅的道路。從這一意義上說，噶爾丹又是一個悲劇性的歷史人物。

噶爾丹敗亡之後，策妄阿拉布坦在伊犁稱準噶爾汗，並派使到北京請安納貢。爲增強自己的經濟實力，策妄阿拉布坦除重視傳統的畜牧業之外，還提倡發展農業和手工業，拜城等南疆各地從中獲益。康熙五十四年（1715），由於歸屬清朝的哈密地區統治者阻截準噶爾商隊到內地貿易，策妄阿拉布坦派兵2 000攻掠哈密。爲避免戰爭升級，殃及周圍百姓，清政府從中調解糾紛。但策妄阿拉布坦卻一意孤行，拒絕了清朝的調解，從此與清朝的關係僵持下來。

康熙五十六年（1717）冬，策妄阿拉布坦不顧清朝的告誡，派軍六千餘人侵襲西藏，殺死西藏汗（達賴喇嘛），禍及青藏高原。次年（1718）清軍入藏，準噶爾軍戰敗後退出西藏。雍正五年（1727），策妄阿拉布坦死，之後由其子噶爾丹策零繼位。他執政後一如其父，繼續執行對外擴張政策。乾隆十年（1745），噶爾丹策零死後，汗國逐漸混亂，危及西域地區的安定。乾隆二十年（1755）二月，清軍分多路進攻準噶爾，準噶爾各部紛紛向清軍投降。五月，清軍佔領伊犁，準噶爾汗達瓦齊勢單力薄，無力抵抗，只得落荒而逃。

爲紀念此役勝利，清政府在昭蘇縣格登山上樹立了“平定準噶爾勒銘格登山碑”，乾隆皇帝還親自撰寫了碑文。達瓦齊翻越天山逃到烏什，被烏什伯克霍集斯擒獲，押解北京。達瓦齊表示歸順清朝，乾隆皇帝不僅赦免了他的罪行，還封他爲親王，賜其居住在北京城內。自此，準噶爾汗國滅亡。