一句话介绍:TCGA资料库是一个由国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目。使用对患者样本的高通量基因组测序和分析技术来试图提供括基因表达谱,拷贝数变异分析,SNP基因分型,全基因组DNA甲基化分析,微RNA分析等信息。收录了33种癌症基因组测序数据。TCGA数据处理和整理比Oncoman和GEO困难一些。但是针对肿瘤和癌症所能提供的信息是很完善和可靠的。 TCGA和GEO存在的区别是,GEO存在各种研究领域和研究方向的NGC数据和分析。TCGA是专门针对肿瘤和癌症设立的。TCGA优势是丰富且规范的临床数据,以及针对每种癌型的大样本量。
三阴性乳腺癌的筛选标准是根据pheotype来确定的,表达量是通过RNAseq结果确定的,正常组织和癌症组织是通过病例号确定的。 1. TCGA项目的数据可以通过Genomic Data Commons Data Portal获取,即通过GDC来访问,访问地址:https://portal.gdc.cancer.gov/。 2. TCGA资料库公开免费,所以有许多针对TCGA数据进行整合的网站。还可以通过UCSC Xena进行下载:https://xena.ucsc.edu/public。试验数据的选择和目的息息相关,试验设计: