崇禎登基後若令毛文龍歸田由袁崇煥替代，再讓孫承宗督師薊遼，清朝還能取得天下嗎？
這麼換沒用，不如把崇禎換成慈禧太后。那樣，明朝可能還能再撐五十年！
首先，毛文龍能力比不上袁崇煥。雖然，我認為袁崇煥殺毛文龍不對。但是，也不否認袁崇煥能力遠高於毛文龍。毛文龍能在皮島立足，最主要是佔了地利的優勢。他的作用最多就是「遊擊隊」，起到騷擾滿清後方的作用。滿清每次出兵，都要想想怎麼應付毛文龍騷擾後方的難題。
其次，崇禎上臺以後，就重新啟用孫承宗。可惜，明朝黨政太嚴重了。崇禎四年，孫承宗就被鬥會老家了。以孫承宗的能力和威望，都會因戰敗，被鬥回老家。毛文龍和袁崇煥綁一塊放到這個位置，都沒用。
其次，明亡與於內亂。這個內亂，不僅是農民起義，還有朝廷內部黨政。
最後，崇禎應該為明朝如此快速滅亡擔責任。我們看看清末慈禧掌權時，同樣是內憂外患。外有洋人入侵，清朝每次都戰敗，每次都是清朝割地求和。內部還有太平天國運動，比李自成等人的農民起義影響大。而且，朝廷內部也存在洋務派和頑固派的鬥爭。但是，慈禧敢於用人，敢於放權。重用漢族大臣曾國藩，李鴻章等人。對內平定太平天國，對外支持搞洋務運動。大清硬是撐到她死都沒亡。
慈禧的權屬水平，比崇禎高很多。慈禧掌權幾十年，看看戲，修修園子，大清都沒有亡國。北京都丟了，大清也沒亡國。再看看崇禎，他要是在慈禧這個位子上，大清國也早完了。
舉個例子，要是崇禎在位時，八國聯軍進北京。這時候，南方大臣們和洋人搞「東南互保」，不救援京師。換成崇禎的話，肯定要殺人！但是，慈禧沒有這麼做。
崇禎不能支持孫承宗，遏制文官集團的黨爭。而且，他找大臣籌錢，竟然每一個人給錢。這就說明，崇禎這個皇帝很失敗。再看看慈禧，西逃的時候，還有官員給送銀子。這就是差距。
（文|勇戰王聊歷史）
首先要明確的是，明亡於人禍。
解決了毛文龍、袁崇煥這些問題，依舊沒有解決明亡的根本原因。
大明政權因何而亡？
明亡於李自成的農民暴動。而歸根結底是亡於明政權的財政政策。
當時，後金叛亂多年，國家財政本來就喫緊，江南工商業主的代理人，東林黨竟然廢黜了工商稅，明太祖定下的2%的工商稅都不願意繳納，茶葉、絲綢、瓷器、鹽商們個個賺的腦滿場肥，這麼點小錢都不願意繳納。結果，國家財政缺口全部被轉移到了農民的頭上。江南成都這些地方還能接受，陝西山西這些農民怎麼繳納「畝加十文」？
又正值旱災，老百姓不暴動纔是怪事。
面對李自成軍的威脅，崇禎想調吳三桂防守北京，又怕擔上放棄東北的罪名，向大臣們問計，幾乎要說白了，你們旦有多出，朕無不準。其實就是想讓大臣先來提議。結果誰願意提？
大臣現在提議了，後面不追究放棄國土的責任？
結果，崇禎到死都沒有得到大臣們的這個建議，自己也不敢提。
李自成軍包圍北京，皇帝連慰問守備軍隊的錢都沒有，大臣們沒誰願意交錢。結果李自成進城就收繳到這些大臣7000萬兩白銀。皇帝老丈人周奎在皇帝女婿向大家徵集錢財的時候答應給1000兩，皇帝要他捐10萬，訓斥後實繳1萬兩。皇后女兒悄悄變賣珠寶送來5000兩還抽出2000兩隻再繳3000兩，等於補損2000兩，實際只出了8000兩。但李自成進城後他第一個跑去慰問，宣佈捐款40萬兩，最後經過拷打被清查出現金300萬兩。
這就是所謂明朝皇帝、大臣，東林黨，勛貴們的表現。
人禍啊。
明亡是歷史週期律決定的大概率事件，至於個別歷史人物的努力實際起的作用不大。就像一個病入膏肓的人，用再好的湯藥也只不過最多再撐個一段時間。
崇禎手中的明王朝，實際已經是到了崩潰的邊緣，外力只是加速了崩潰的過程，其內在的原因纔是覆滅的根本。像文官言官實際把持朝政。東林黨人除了會道貌岸然，動輒道德綁架，攪亂朝政，其實真實目的是維護自身政治利益商業利益，於國於民是一無是處，再比如農民稅賦過重，一遇天災，想不反都難。所以說內政弊病已經積重難返，無力迴天。
軍事是政治的延續。即使明王朝有能力打贏對後金的戰爭，也會遲早被內亂和外敵拖垮。在明末期三方角逐的權力遊戲中，孫承宗也好，袁崇煥也罷，毛文龍就更不用提了，他們確實是英雄人物，很有能力，但實際很容易被拖垮，擊破和收買。比如孫承宗，年紀大了，他的保守防禦，步步為營的策略很高明，但肯定執行不到位。其結局也不會比袁崇煥好到哪兒去，因為朝中文官言官這種豬隊友在老闆崇禎的跟前絕對不會有好話，崇禎疑心也重。況且國內戰事也喫緊，李自成步步緊逼。雙線作戰本身就是兵家大忌。所以失敗是必然的。
我們再按題主的假設進行分析。假設皮島毛文龍歸田，袁崇煥率領皮島幾萬部眾。再假設部眾也肯放棄既得利益，甘心聽袁崇煥指揮。袁崇煥也沒有能力滅了後金，很可能是與後金僵持。孫承宗督師薊遼，採取步步為營的防禦策略，亦會壓縮後金的防線，如果沒有內亂，孫袁一旦形成合力夾擊後金的態勢，那滅了後金也不是沒有可能。但是李自成不會給孫袁時間，崇禎也等不了。最後的結局還是一樣，明滅亡，李自成在和明朝軍隊消耗中起義失敗。後金坐收漁翁之利最終入主中原，得了天下。所以明末的悲劇不是個人的悲劇，而且整個明王朝上到天子和大臣，下到基層官吏和黎民的整體悲劇。
歷史雖然不能重來，但合理的想像還是可以的。
之前我還正好回答了一個袁崇煥殺毛文龍造成惡劣後果的問題，感興趣的朋友可以翻翻我的回答記錄。
首先，歷史的推進是由諸多因素造成的，每一個人每一件事都在推動歷史前進，所以改變其中幾個人或者多個人的命運也很難改變歷史的整體走向。
按照題主的設想，我們只能站在後人、旁觀者的角度去看這個人事佈局的改變，至於這個變化能不能改變明朝滅亡、清朝入關的歷史現實，恐怖很難說。
先說孫承宗督師薊遼，孫承宗的確是一位不錯的軍事家，但很明顯是被當年明月吹捧的有點過了，翻遍明史，他並沒有多麼了不起的戰績，唯一能查到的，也就是在己巳之變中奪回了被為數不多的清兵佔領的縣城。
至於戰略構想，其實只要腦袋不發昏，能認清當時軍事形勢的人，都知道遼東應該處於守勢，應該盡量步步為營，構築堡壘，形成防線。孫承宗如是想，熊廷弼、袁崇煥等人都是這麼想的。
孫承宗
再說袁崇煥代替毛文龍。先不說毛文龍在皮島混的風生水起，過著土皇帝的生活願不願意歸田，就是毛歸田了，袁崇煥能不能駕馭得了皮島的幾萬部眾。相對於毛文龍在皮島白手起家發展壯大，袁崇煥一個外來人即使真的也能駕馭得了皮島的部眾，乾的真的能有毛文龍好嗎，他還會執行毛的固有戰術嗎？還是會直接把毛的幾萬部眾帶往寧遠、錦州一帶？要知道，毛文龍雖然私下裡也有些不清不白的行為，比如和後金做交易，但毛的存在確實是後金的一塊心病，因為毛動不動就上岸襲擾，乘其不備搶劫殺人的戰術的確讓後金很頭疼。後金往往在進攻關寧錦時對自己的後方顧慮重重。
所以，題主的這個想法，我認為並沒有多少期待性，換了也是無法預料的。
很明顯能。孫承宗是早晚會死的。而清朝在當時軍力強大，雖說沒有什麼靠譜的經濟來源。但是短時間明朝內拿清朝沒什麼1辦法。而且明朝的敵人不僅僅是清朝，還有國內的李自成，張獻忠一干人等。即使孫承宗長命百歲，他也雙拳難敵四手。明朝本就氣數已盡，就像一袋奶塊快到保質期了。過了期就會拉肚子。明朝取天下是早晚的事。
大明一廂情願地認為毛文龍在為自己所用，其實他也就是借籌軍餉之名訛詐天子，朝廷無非充當了他的後勤供應處。充其量毛文龍也就是無賴軍閥，靠著自己的力量，一面接受朝廷的俸銀，一面還要打家劫舍，不分敵我，用以滿足他的揮霍享受。但從後金與大明軍事對峙的角度，對後金的後方牽制無意中幫助了大明。
讓毛文龍歸田交出權力，大明根本就做不到，內心來說，他就是在利用朝廷對他信任在做文章。即使袁崇煥頂替了毛文龍的位置，同樣也能牽制後金力量，但明朝的老牌軍隊，也很難做到與袁崇煥的配合。這裡就不說原來軍隊的戰鬥力了，無能腐化作風就使他們達不到袁崇煥領導的效果。
這樣一來，等於還是袁崇煥一線對敵，只不過後金直接威脅京師的可能性降低了。
但清朝取得天下是必然的結果，因為朱由檢的統治力確實不敢恭維，多疑善變的行事作風本身就是為君者的大忌。大臣被弄得戰戰兢兢只圖自保，朝廷成了朱由檢一人的課堂，還怎麼同舟共濟，同心協力，眾志成城？
但終究，以上一切的過程分析都是假設，結局終難改變。既然袁崇煥因為人慾膨脹犯錯殺了還算有用的毛文龍，試圖掩蓋歷史的悠悠之口，也是不可能了，也把自己的功勞變了虛空，徒然使人傷悲嗟嘆而已。
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