本文來自“科普中國”,首發於“企鵝科學”公衆號,‘’科學松鼠會‘’經授權轉載。



你發現了沒有,在科幻電影中,平民出身的“超級英雄”都有一個共同點:他們的超能力往往不是靠勤學苦練練出來的,而都是靠修改基因改出來的!



雖然超能力在現實中並不存在,但是修改人類的基因早已成爲了現實。今天咱們就來說說,新聞裏常說的基因編輯是怎麼回事?編輯基因會有啥好處?


(一)


先說說基因是啥。基因說白了,就是製造生物體的圖紙。生物體的大部分細胞裏都有這樣一整套的基因圖紙。蜘蛛俠之所以能吐絲,能飛檐走壁,靠的就是基因圖紙的指導。



只不過,基因這種圖紙,不是直接把生物特徵畫成了圖,而是將它加密成了一串密碼。這串密碼也不是用普通人能看得懂的符號寫的,而是由四種特殊的化學分子排列成的。這四種化學分子分別記作A、T、C、G [注:1]



在細胞中,這串由化學分子排列形成的密碼長鏈就是我們平常說的



所以,基因編輯,就是像我們編輯手機中的文字一樣,編輯 DNA 分子中某幾個特定的化學分子!


那麼,基因編輯跟我們普通人又有什麼關係呢?


(二)


人會有缺陷,計算機程序會有缺陷。



同樣的道理,生物細胞裏存放的基因圖紙也會有缺陷。



有時候,基因缺陷的後果很嚴重。因爲圖紙出了問題,造出的零件就可能出問題。零件出了問題,使用零件的機器就可能出問題。最嚴重的時候,整個“生命工廠”都會因此產生重大事故。



實際上,許多打針吃藥做手術都治不好的病,都是跟基因缺陷有關。比如,有一種病叫作聯合免疫缺陷。得了這種病的小孩,免疫系統幾乎完全失靈,通常只能住在與世隔絕的氣泡艙裏。這種病的一種較常見的原因是 ADA 基因存在缺陷。



除此之外,癌症、血友病、白化病等等,甚至某些高血壓和糖尿病,都跟基因缺陷有關。所以,就算我們不想製造超級英雄,爲了身體健康,我們也得了解一點兒基因編輯的知識。


(三)


要想搞清楚基因該怎麼編輯,就得先分清楚基因存在哪類缺陷。粗略地說,基因缺陷可以分爲兩類。一類叫作“該有的沒有”,另一類叫作“不該有的亂有”。


該有的沒有


假如基因缺陷導致某個基因造出的零件不好用,或者乾脆啥也造不出來,就屬於該有的沒有。此時,科學家就會往細胞裏添一個好用的基因,也就是“缺啥補啥”[1]。這種任務通常由某種改造過的病毒來完成。說白了,就是讓病毒把好用的基因塞到細胞裏。



比如,1990 年,美國國立衛生院臨牀中心就是用添基因的辦法(即添加正常的 ADA 基因),治好了一個患有聯合免疫缺陷的小女孩。於是,這個小女孩再也不用在氣泡艙裏生活了。



話說回來,往細胞裏添基因雖然也屬於基因編輯,但這種方法有點兒不夠精準。因爲用這種方法添加的基因,會在 DNA 密碼鏈中隨便找地方落腳,有點兒不受控制。相比之下,下面這種情況纔是手術刀級別的“基因編輯”。


不該有的亂有


假如基因缺陷的後果不是零件不好用,而是零件功能錯亂,導致不該有的亂有,那麼,添基因的辦法就不管用了。



這個時候,科學家必須把基因的缺陷修改掉,也就是像編輯圖紙中的錯別字/錯線段一樣,直接在 DNA 密碼鏈特定的位置上插入、刪除、替換其中的某幾個密碼字符(即化學分子),才能徹底解決這個問題。這就是手術刀級別的基因編輯



比如,有一種叫作 HTT 的基因包含 9000 多個密碼字符,其中的字符難免會出錯(注:多出來好幾處內容爲“ CAG ”的密碼序列)。如果“錯別字”數量超過一定閾值,人類和小鼠就會得一種奇怪的遺傳病,叫作亨廷頓舞蹈症



科學家發現,利用基因編輯技術,把 DNA 密碼鏈中的“錯別字”編輯掉,小鼠的亨廷頓舞蹈症就能治好[2]


(四)


在人類的 DNA 中,密碼字符的數量高達幾十億個,



怎樣才能改正其中的“錯別字”呢?


我們可以設想,不管用什麼辦法,這個過程一定會分成三個步驟:



所以,科學家要想實現基因編輯,就需要有一套好用的工具,配合細胞修復機制,共同完成這幾個步驟。那麼,世界上真的存在這麼好用的工具嗎?


(五)


這樣的工具真的存在,而且,它們往往存在於自然界的生物細胞中。例如,最近格外出名的基因編輯工具 CRISPR/Cas 系統,就是在細菌體內發現的。


CRISPR/Cas 原本是細菌的免疫系統,最擅長剪斷特定的 DNA 。經過科學家改造後,它就可以幫助我們編輯指定基因了。



比方說,在這套工具中,專門有一串化學分子(gRNA)可以在 DNA 密碼鏈中識別“目標錯別字”。一旦它找到了“目標錯別字”,就會像拉鍊一樣,跟一條 DNA 密碼鏈緊緊地扣在一起。這就是第一步。



此時,有一種和它連在一起的蛋白質(Cas9)就會對準DNA密碼鏈的這個位置,“咔嚓”剪一刀。這就是第二步。



最後,細胞的修復機制會發揮作用,按照科學家指定的“內容模板”,把“錯別字”改對,再把 DNA 密碼鏈接好。這就是第三步。



咱們在上文說的編輯小鼠 HTT 基因,治療小鼠亨廷頓舞蹈症的實驗,用的就是這套工具(CRISPR/Cas 系統),是不是很厲害?



可惜,目前這種工具還不夠成熟,暫時還沒有用在人體的基因編輯中。


(六)


雖然 CRISPR/Cas 系統現在風頭正勁,但它目前還存在兩個不足:一是脫靶效應,二是缺乏默契。


第一個不足是脫靶效應。也就是說,在它識別錯別字的時候,可能會誤傷某段正常的密碼鏈(比如,一段密碼鏈的內容跟“目標錯別字”很像,但不完全一樣時)



這個道理很簡單。CRISPR/Cas 系統本來就是細菌的“鋤奸隊”,它的任務是剷除病毒植入的病毒基因。由於病毒的基因會不斷變異,所以它得有一定的靈活度,不能總是要求100%的匹配。



而且,由於人的某些基因是成對地出現在一對染色體上的。當一對基因都存在缺陷時,編輯基因的任務量就會翻倍,難度也會隨之增加。


第二個不足是缺乏默契。CRISPR/Cas 系統再怎麼經過改造,它也是從細菌來的。細菌沒有細胞核,跟人這樣的有細胞核的生物非常不同。CRISPR/Cas 系統跟人體細胞修復機制打配合的時候,就好比讓C羅跟籃球隊員打配合,肯定會缺乏默契。



所以,某些 CRISPR/Cas 編輯工具把 DNA 剪斷以後,細胞會胡亂補一通,結果導致“錯別字”不但沒改對,反而成了“錯上加錯”。


(七)


當然,正是因爲技術還不夠成熟,科學家纔要繼續研究它。


截至 2017 年底,科學家正在進行或已完成的基因治療臨牀試驗高達 2400 多項。這些試驗有的想要治療癌症(64.6%),有的想要治療單個基因引起的遺傳病(10.5%),有的想要治療傳染病和心血管疾病等跟多個基因有關的疾病(7.4%)。其中一些試驗,就需要用到基因編輯技術。



雖然現在基因編輯技術在科學、法律和倫理等層面仍然面臨着許多挑戰,但種種結果顯示,用它治療疾病的潛力非常大。要想改善人們的健康,將基因編輯真正地用在實處,我們不僅需要科學家的努力,還需要全社會一起努力。



註釋:

  1. 在生物學中,A、T、G、C又可以分別稱爲腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)。生物學家常常把它們統稱爲鹼基。在DNA分子中,鹼基是成對出現的。其中,A和T組成一對,G和C組成一對。所以,一個DNA分子,就是由配對鹼基組成的兩行密碼序列。並且,這兩行密碼序列保存的信息內容是完全等價的。當一個細胞分裂成兩個細胞的時候,DNA分子就會以這兩行密碼序列爲藍本,進行自我複製,複製出兩個一模一樣的DNA分子,然後把它們分配給兩個細胞。

  2. 一個DNA分子上包含大量的鹼基序列,也就是包含大量的密碼序列。其中一些密碼序列讀取以後,什麼零件也造不出來,並不直接影響生物體的形成和發育,叫作非編碼DNA。另一些密碼序列會被細胞當作零件的圖紙來讀取,這些序列就叫作基因。細胞讀取了基因圖紙以後,就會參照圖紙的說明,製造出相應的零件。其中每一種零件,就對應一種擁有特定功能的蛋白質。這些蛋白質有的變成了生物體的一部分,有的負責調控生物體的生長和發育。一個生物體的全部遺傳信息,就叫作這種生物體的基因組。

  3. 3月1日,中科院神經所的楊輝團隊在《科學》雜誌上發表了一篇論文,用一種新技術(Genome-wide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection)檢測了幾種基因編輯工具存在的缺陷。他們發現,CRISPR/Cas系統本身產生“錯上加錯”的情況並沒有想象中的嚴重,但科學家改造它時給它額外添加的“剪輯編輯器”(BE3.0)會產生非常多的“錯上加錯”的結果。

  4. 本漫畫已對基因編輯的過程做了大幅簡化。實際過程跟科學家對“CRISPR/Cas系統”的改造手段有關,也跟編輯基因時具體的需求有關。

原文:MarvinP

漫畫改編:Sheldon

繪製:Mirror、黃呆

參考文獻:

王立銘,《上帝的手術刀》,浙江人民出版社。

M. Eisenstein, CRISPR takes on Huntington’s disease, Nature 557, S42-S43 (2018).

https://ghr.nlm.nih.gov/condition/adenosine-deaminase-deficiency

https://ghr.nlm.nih.gov/condition/huntington-disease

https://history.nih.gov/exhibits/genetics/sect4.htm

Dunbar CE et al., Gene therapy comes of age, Science, Vol. 359, Issue 6372, eaan4672.

何東明, 中國學者在Science發表兩篇論文,同時揭示鹼基編輯器脫靶奧祕. http://www.zhishifenzi.com/news/biology/5322.html

E. Zuo et al., Cytosine base editor generates substantial off-target single nucleotide variants in mouse embryos, Science 10.1126/science.aav9973 (2019).

S. Jin et al., Cytosine, but not adenine, base editors induce genome-wide off-target mutations in rice, Science 10.1126/science.aaw7166 (2019).




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