蛋白质组学研究这样做,靠谱!
蛋白质组与基因组相对应,也是一个整体的概念,随著基因组学研究的不断深入,蛋白质组学已逐渐成为研究热点,对蛋白组学的研究可以使我们更容易接近生命的机理本质,但探究成千上万的蛋白质特性也是一个重大的技术挑战。蛋白组学研究不知该如何下手?定性分析、定量分析傻傻分不清楚?相对定量、绝对定量不知如何选择?不要担心,奥维森帮您打包解决所有困惑。
蛋白质组(Proteome)指的是某一时刻或某一状态基因组表达的所有相应的蛋白,即细胞、组织或机体全部蛋白质的存在及活动形式,其是一个动态概念,它是在组织、细胞的整体蛋白质水平上,探索蛋白质作用模式、功能机理、调节控制以及蛋白质群体内的相互关系、从而获得生命活动调控网路的全面而深入的认识,以揭示生命活动的基本规律。
◆ 技术流程
◆ 技术方法
◆ 应用方向
◆ 案例分析
定量蛋白质组学与翻译后修饰研究共同揭示豆科植物共生固氮机理[1]
研究背景
生物固氮作用在生态圈的氮循环发挥重要作用,豆科植物的固氮机理也是农业与植物科学研究的热点。
研究目的
通过蛋白质测序分析感染根瘤菌苜蓿的七个部位(根、茎、叶、花、种子、顶端分生组织以及不同发育阶段的根瘤),探究苜蓿与根瘤菌共生固氮机理。
研究结果
通过蛋白质组学分析(label-free),共检测到23,013个蛋白质(苜蓿19,679个,根瘤菌3,334个);修饰蛋白组学分析发现20,120个磷酸化位点和734个乙醯化位点(TMT修饰)。进一步整合转录组、蛋白质组和修饰蛋白质组数据进行联合分析,鉴定到了苜蓿核心蛋白质组(多部位共表达蛋白子集)和根瘤蛋白质组(参与根瘤生长及调控的特异蛋白子集);在此基础上建立共生固氮调控网路,发现核心蛋白,对根瘤固氮机理研究起到巨大的推进作用。
图1. 环形蛋白质组学图谱(circular proteome maps,CPM)
图2. M.truncatula 中的宿主因子的时空表达和 S. meliloti 中靶标
总 结
说了这么多,不知道各位对蛋白组学有没有更深入地了解,蛋白组学也是一门很深的学问,接下来小编也会分享更多的蛋白组学干货给大家,若您感兴趣,欢迎留言或者联系我们。
参考文献
[1] Marx H, Minogue C E, Jayaraman D, et al. A proteomic atlas of the legumeMedicago truncatula and its nitrogen-fixing endosymbiont Sinorhizobium meliloti[J]. Nature Biotechnology, 2016, 34(11):1198.
来源:奥维森基因科技
推荐阅读: