我們最早在距今2.9億年前的南非二疊紀地層中發現了一種名為正南龜的化石。它被反覆論證最終被認為不屬於龜鱉類，屬於恐龍的一種（杯龍）。目前普遍認同：最早的龜類化石是距今2億年前晚三疊紀的原顎龜。原顎龜就是從正南龜（杯龍）進化來的。如圖正南龜由二疊紀時期的米勒古蜥進化而來，脊柱衍生到肋骨的部分體現出明顯的進化痕跡，經過半甲齒龜的骨骼化石能看出已基本形成背甲和腹甲的連接整體，而原鱷龜從復原的活體上看出已經演化到成型的背甲，到了侏羅紀的原顎龜徹底將軀幹的骨骼一體化：背甲高聳厚實，腹甲扁平與背甲四周相連，並演化出兩個分：側頸龜類和曲頸龜類，側頸龜頭部只能向兩邊彎於殼下，曲頸龜頸骨可以部分摺疊入體腔。最終形成龜鱉目。這兩個分支演化到現在形成目前所有龜種，其中由原顎龜衍生的大鱷龜和擬鱷龜屬於曲頸龜類，擬鱷龜擁有最大的族羣，有4個亞種分別是中美擬鱷龜、北美擬鱷龜、南美擬鱷龜和佛州擬鱷龜。佛州擬鱷龜因其獨特的形態特徵經過業界反覆定論最後決定從北美擬鱷龜中分化出來成為獨立的亞種。鱷龜類是目前現有最古老的龜種，主要分佈在美洲。