在抗倭作戰早期，倭寇的戰鬥力明顯高於明朝官軍，倭寇通常沒有披甲，但會組成比較靈活的小型戰陣，配以鋒利的倭刀和長槍，只需幾十人就能殺得數千明軍望風而逃。

冷兵器時代的戰爭，個人的武術功夫毫無意義，戰陣是士兵士氣的源泉，只有保持陣型，依靠羣體密集步兵方陣實現衝擊的戰術，陣戰殲敵，以陣取勝，才能發揮出集團作戰的威力。

明代《倭寇圖卷》中的倭寇形象。

爲了肅清倭寇，戚繼光根據江南地形特徵和與倭寇近距作戰的特點，發明了一套軍事史上著名的“鴛鴦陣”。鴛鴦陣一開始即爲剋制倭寇的長刀和長槍而出現的。這個鴛鴦陣不同於完全由長槍組成的歐洲步兵戰陣，戰術部署、排兵佈陣機動靈活，別具一格。是由十二名士兵組成混合兵陣，分別持有狼筅、 鏜鈀、長刀、鳥銃、標槍、腰刀、圓盾等不同武器，構成一個完美的殺陣。這個陣法可以互相照應，遠的用標槍，近的用長矛，大刀，後面還有掃尾的狼筅和 鏜鈀，讓敵人無處遁形。

鴛鴦陣可以根據現場敵軍情況變換靈活的組合，能夠發揮出巨大的殺傷力。戚家軍在十餘年時間裏縱橫東南沿海，其軍隊的戰兵規模最多時也就六千餘人，但卻能打的數十萬海寇和倭寇抱頭鼠竄，由此可見鴛鴦陣的威力。不過，實際上鴛鴦陣只是在抗倭戰爭中使用，倭寇的正規作戰並不太強，其實這對於戚家軍來說，只是小打小鬧。

真正顯現出戚家軍戰鬥力的是在北方的作戰。隆慶二年（1568年），戚繼光被調往北方邊境，負責河北一帶的防務工作，防備“北虜”。北虜的實力，遠超倭寇。據《練兵紀實》記載，戚繼光接手北方防務後，按照新的戰爭需要，改變了訓練和編制，從浙江帶來的3000戚家軍本隊全部由純步兵轉換爲騎兵，另外改組了當地駐防的3萬多邊軍，組建了一支當時全世界範圍內最強大的一支“多兵種合成”部隊。要知道，在當時的歐洲，橫掃歐洲的瑞典古斯塔夫二世的部隊也只有4萬人。

在北方，戚家軍鴛鴦陣的十二人隊，改變了編制，全都騎馬，有隊總一人，伍長兩人，裝備鳥銃和長刀。快槍手兩人，裝備腰刀和老式火門槍。鏜鈀手兩人，裝備鏜鈀和一幅便攜式火箭。刀棍手兩人，大棒手兩人，均裝備弓箭，刀棍和長棍。此外還有伙伕一人。此外，戚家軍還有單純裝備熱兵器的火器局，全部配備鳥銃，步營和馬營還下轄有一個炮兵司，裝備虎蹲炮數十門。

以往明軍作戰時，因爲軍紀不嚴，火槍兵通常在最大射程就開火，導致命中率極低，倭寇突擊時通常不懼火槍，往往造成明軍發射一輪排槍以後就直接崩潰。而戚家軍則命令士兵要看清楚倭寇臉上的痣的時候才能開火，這距離也就10到20米，可以取得一擊斃命的戰果。

這是一支武裝到牙齒的近代化、標準化的軍隊，戚家軍北上打擊蒙古的作戰，僅用了三年時間，就打的蒙古諸部主動提出和議納貢。戚繼光從在浙江組建戚家軍抗倭，到隆慶五年北虜平定，戚家軍歷經數百次作戰，共斬首十五萬多，並且無一敗績，自身傷亡極小。