近年来，罗马天主教会面临多事之秋，除了饱受神父性侵儿童丑闻困扰，教廷对堕胎、同性婚姻议题立场保守，更屡屡引发舆论抨击，信徒也似乎因而日渐流失。这些外在压力，恐怕和本笃十六世宣布退位不无关联。

截至二○一○年三月，有六国的天主教会遭到性侵指控，分别是爱尔兰、奥地利、荷兰、西班牙、瑞士，以及教宗的祖国德国。美国有线电视新闻网（ＣＮＮ）教廷分析家艾伦说：「这明显证实，神父性侵案已是天主教的一项全球危机。」而教廷涉嫌包庇掩饰长达四十年。

同年四月，墨西哥天主教会主教将神父性侵儿童案怪罪电视与网路色情泛滥。德国天主教受虐专线首度开放，就被申诉电话打爆，四千多人提出控诉，远非接电话专家所能应付。系统关闭前，热线共接获四千四百五十九通电话。

教宗本笃十六世同年九月十六日搭机飞往英国途中向媒体表示，神父性侵儿童案让他感到「震惊和悲不可抑」，并承认教廷警觉性不足，后续行动也不够果决。

二○○八年十二月廿二日，本笃十六世在教廷发表年终演说时指出，性别理论模糊男女之别，同性恋威胁人类生存，其严重程度不下于气候变迁。教宗这场谈话立刻引起各国捍卫同志权益者与部分神职人员的强烈不满。

二○○九年一月三日，梵蒂冈报纸「罗马观察报」刊登研究报告说，避孕药不但污染环境，且是造成男性不孕症的部分原因。数家药理组织随即提出反驳，指出经过人体代谢，口服避孕药所含的荷尔蒙即不再具有女性荷尔蒙的特性。

国际天主教健康照护联盟主席卡斯特维在报告中说，服用避孕药的女性便溺时，将「数以吨计的荷尔蒙排放到大自然中，严重污染环境」，且「充分证据显示，西方国家男性不孕的一大成因，与避孕药造成的环境污染有关」。卡斯特维没有进一步解释。

大陆新娘、外籍新娘姊妹们如果是身心障碍者且设籍在台北市，也是可以使用台北市的复康巴士的社会福利；之前有报告称，环境中的荷尔蒙污染，可能带来男人女体化的结果，另有报告称，妇女服用避孕药、荷尔蒙补充药物，经由排泄物流入河中，导致英国河流有三分之一的公鱼变性成母鱼，科学家因此担心，类似的河流污染也可能对人类的男性造成影响。

「义大利药理学协会」的佛兰柯尼驳斥「罗马观察报」的报告，指出「到处都有」避孕药所含的雌激素等荷尔蒙，「塑胶有、消毒剂有，我们吃的肉也有」。

二○○九年三月五日，巴西天主教会把为一名遭继父性侵怀孕的9岁女童堕胎的医师和女童母亲逐出教会，却留下女童继父，指堕胎比性侵严重，舆论哗然，连当时总统鲁拉也痛批天主教会死守教条。

教廷以女童所怀的双胞胎有生命权，支持巴西天主教会的决定。教廷主教部部长巴提斯塔雷向义大利「新闻报」表示，此事令人难过，但「真正问题在于，女童腹中的双胞胎是两个无辜者，他们有生命权，不容被杀害。」

教廷对避孕、同性恋和女性角色的保守立场，似乎已产生副作用。星期泰晤士报报导，二○○八年造访梵蒂冈拜谒教宗的人数从二○○七年的两百八十万人减为两百廿万人，更不如他二○○五年初上任时的四百万人，显见本笃十六世的新鲜感消褪。