上期，小编推荐了TCGA整合分析的平台—GDC（对TCGA、GDC不了解？戳上期推送），有许多小伙伴表示：

一直用TCGA，就是不会分析，这个很好用的。要是有更多这样的分析工具就好了！

没错，没有计算机基础不会R，做分析是很麻烦的。虽然有很多分析公司，但有些简单实在是没有必要找公司做，这些时候这些在线分析工具就非常好用了。

因此，小编搜集整合了网路资料和其明信息内部培训资料，给大家总结有哪些TCGA数据在线分析工具！

TCGA数据与下载

TCGA中每个文件都含有很多标识符（ID），这里罗列几个常用的进行简单介绍：

TCGA中的每种癌症类型都包括体细胞突变、拷贝数基因表达、miRNA表达、DNA甲基化、逆转蛋白相位阵列（RPPA）和临床信息。我们只能选择公开以及可用的数据进行下载

在线分析工具推荐

进入TCGA之后，你可以通过GDC Data Transfer Tool进行下载，也可以通过以下介绍的TCGA在线分析工具进行下载：

上表中的工具分类：

全局分析工具：能够检查癌症基因组的整体特征，Ⅰ类仅提供全局分析，Ⅱ类提供除全局分析之外的选定目标分析；

目标分析工具：是研究人员最常使用的基于网路的公共工具，可以深入分析具体的基因或基因集，甚至miRNA等研究对象，方便使用者调查癌症数据中自己感兴趣的目标；

辅助分析工具：可以将TCGA数据转换为易于访问、浏览和下载的在线资源。这些数据可以帮助用户补充实验结果或提供额外的证据和解释，帮助研究人员更全面地分析自己的研究和促进生物学发现。

1突变分析

有10种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer3D 、cbioportal 、CELLX 、IntOGen 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、UCSC Xena 、Vanno ）可以进行突变分析。

一般来说，推荐使用cbioportal，因其包含多种癌症类型和多种可视化分析功能，功能强且易于使用。

2相关性分析

有17种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、MethHC 、MEXPRESS 、OASISPRO 、Regulome Explorer 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA NG-CHM 、TCPA 、Wanderer 、Zodiac ）可以进行相关性分析。

总的来说，推荐使用麻省理工和哈佛大学Broad研究所研发的Broad GDAC Fire-hose，因其有多种分析演算法供用户使用，功能全面，且包含多种分析工具。

3差异分析

有12种在线工具（Broad GDAC Firehose 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GEPIA 、MEXPRESS 、OncoScape 、TANRIC 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、Wanderer）可以进行差异分析。

一般推荐使用分析基因表达谱的工具GEPIA。差异分析是该工具的主要分析功能，其在线分析界面简单易懂，非常易于理解和使用。

4通路分析

有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、MethHC 、OncoScape 、PathwayMapper 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM）可以进行通路分析。

推荐使用Broad GDAC Firehose和OncoScape，前者分析方法丰富，后者简单直观。

5生存分析

有16种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、KMplotter 、OASISPRO 、PROGgeneV2 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、UCSC Xena）可以进行生存分析。

6泛癌分析

有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、cbioportal 、IntOGen 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM 、UCSC Xena 、Zodiac）可以进行泛癌症分析（pan-cancer analysis）。

一般推荐使用cbioportal和Cancer Landscapes，前者收集了来自泛癌研究的大量样本且拥有强大的分析能力；后者的癌症图谱模型中包含了泛癌模型，可以直接用于分析。

本期推荐的工具比较多，各位可以按需取用。

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来源：

1.DOI：10.3969／j.issn.1671-3982.2018.03.002）


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