有了这些基础,2019年会开始尝试应用到医院的临床蛋白组学。为什么要提出应用到医院的临床蛋白组学这样的一个概念?因为现在绘制肿瘤蛋白组地形图的目的和方法和应用到医院的临床蛋白组学的目的和方法还是有极大的差别的。我们绘制肿瘤蛋白组地形图用的是手术切下来的冷冻样品,科研的目的更多的是在蛋白的层面理解肿瘤,更偏向基础研究;而应用到医院的临床蛋白组学,科研的第一目的是为临床医生提供为病人诊断治疗的工具和方法,让病人获益。应用到医院的临床蛋白组学必须有一个原则:不能再给临床医生添任何麻烦。医院常用的是石蜡切片(FFPE),这就要求我们必须用FFPE 的大病理样品或者活检的样品作为分析的材料;同时,蛋白组学方法也必须改进。现在的方法效率还不高、还不稳定,用来建立单个肿瘤(比如,胃癌)预测模型的样品数还不够多。最终应用到医院的临床蛋白组学可能需要质谱检测在15-30分钟之内完成,需要利用来自多中心的样品来建模,可能需要500-1000例的样品以便尽可能地覆盖胃癌的各种类型、包容各中心制作FFPE的不同特点。生物信息学的分析也必须稳定,快速。总之,从拿到样品到出实验/检测报告,应该在2-3天内完成。稳定、快速、全面、准确可能是应用到医院的临床蛋白组学的特点,这和蛋白组学的基础研究的特点还是不一样的。
很明显依赖一个实验室是无法完成的。这个项目需要多中心的肿瘤科和病理科医生的参与,需要单中心或者多中心的蛋白组学研究者,以及大数据分析人员的紧密合作。 样本的采集和处理,质谱数据的采集和分析,在大数据框架下的生物信息学分析和临床资料的采集和整理都必须利用同样的流程。这基本要求上述工作人员在一个实体或虚拟的临床蛋白组学中心中按照统一的SOP完成这个任务。
那对参与这个项目的人员会有什么样的要求呢?参与这个项目的人员,基本上需要有临床、组学、生物信息学和生物研究的多重训练。对项目的领导者和组织者则有著更高的要求,除了科研、管理、沟通、协调和获取资源的能力以外,领导者的情怀和人品在项目的执行中将会起到决定性的作用。这个项目的带头人,如果没有一颗「悬壶济世」的善心是不可能把这个项目做到极致的。极致的标准,就是病人能够获益。在项目的执行中,一定会遇到各种困难,不但有科研上的问题,也会有伦理的问题,监管部门如何监管的问题。这些都需要项目负责人去沟通、协调和克服。做项目的方法,有些能「摸著石头过河「,有些会是「改革深水区」的问题,必须得用创新的方法,来解决这些困难。
应用到医院的临床蛋白组学是一个特殊的项目,和PI 驱动的其他项目有很多不同。从科研绩效的角度讲,对个人会是产出投入比非常小的,对参加项目的每一个人产生的个人效益将会是微乎其微的,但其社会效益将会是巨大的。对每一个人的最大奖励,可能会是妙不可言的心理满足,那种」我用自己的发现让病人得益「的美妙心情将会陪伴每个人的一生。罗嗦了这么多,其实就是想告诉大家,应用到医院的临床蛋白组学是一个非常难的项目,除了科研上的难度和创新,还会有很多心灵上的撞击。我感觉这是一个「白求恩「式的项目,需要参与这个项目的人有一颗做一位高尚的人,成为一位有利于人民的人的红心。