這兩個青年當年是如何認識、又如何結下深厚友誼的？史書記載不詳，但二人肯定是在京城相識並結成友誼的。很快，蘇軾被朝廷授予鳳翔府節度判官。兩人相距即近，又是同科榜友，更重要的還都是性情中人，豪爽仗義。兩個年輕人時常結伴遊山玩水，詩詞唱和，好的穿一條褲子還嫌肥。

可是，後來兩人因政見不同分道揚鑣了。原因是宰相王安石當政時，搞了個著名的“王安石變法”，堅持改革，是“新黨”的領袖。章惇則緊緊跟隨，所以很得王安石的賞識和器重，逐漸成爲堅定不移的改革派。即使是在王安石心灰意冷時，仍然不動搖，是“新黨”的主將。而蘇軾則初爲舊黨，後爲新黨，結果是先後爲新、舊黨所不容。因此，蘇軾的命運註定多災多難。先是御史舒亶無事生非，爲討好新黨，硬是從蘇軾詩中雞蛋找骨頭似的找出了許多反詩，嚴詞彈劾蘇軾。

宰相王珪見狀奉若至寶，興沖沖的以蘇詩中“世間唯有蟄龍知”，速報宋神宗，說蘇軾有不臣之心，請求神宗從快、從嚴予以重判。正好當時擔任翰林學士的章惇在一旁，章惇從容進言：“龍者，單從說文解字上理解，並非單指人君，臣子也可以把自己比喻爲龍。如果僅照字面上理解，豈非當時諸葛亮自稱臥龍，也犯下了彌天大罪？”神宗聽後，同意章惇見解，認爲不能憑此而加重蘇軾罪責，於是薄其罪，以黃州團練副使安置。當然，蘇軾最終被從輕處理，既有太后之功，還有王安石“盛世豈能殺才子？”的勸告，但章惇做爲政見不同的好朋友，沒有在此時添油加醋，落井下石，也起了至關重要的作用。

章惇在朝堂上駁斥了宰相王珪的謬論後，還餘恨未消。退朝後，章惇追上王珪，質問他“大人爲何要如此是非混淆，是想借此滅掉蘇軾全家嗎？”王珪急赤白臉的狡辯“不是啊，這都是舒亶說的”。章惇聽後，氣不打一出來，早忘了王珪是輔政大臣，不惜以下犯上的怒斥王珪“舒亶的話就那麼重要嗎？他放個屁你也要聞聞，吐得唾沫你也要當做食物吃下去嗎？”

章惇此刻敢於爲朋友出頭，仗義執言，終不負蘇、章之間深厚的情誼。如果蘇軾有知，亦感欣慰了。可惜的是，章惇在“烏臺詩案”中爲蘇軾所做的一切，他並不知曉，此後的交往也不見於史書記載，但章惇沒有落井下石則是值得肯定的。