臺南市政府以違反區域計畫法，強勢限期拆除臺灣人民共產黨天后宮，該黨總理林德旺強烈反彈，怒斥南市府選擇性執法，欺辱平民百姓太甚；承租的鐵皮屋是否違建，責任不在該黨，因鐵皮屋已存在10年多，林德旺質疑，「如是違章，市府之前為何沒有拆除」？

林德旺指出，該黨黨部辦公室原屋主移遭受政治壓力，不敢再續租給該黨，該黨不得已才改到郊區舊部裡棲身；林德旺強調，才整修不到一個月，市府就大軍壓境，效率快得莫名其妙，他要市府摸著良心做事，不要以政治手段打壓信仰。

林德旺抨擊市府過去10年都不調查，行政怠惰，「蔡英文祖墳也是違章，為何一直不處理，是權貴還是惡霸？」林德旺說，全臺有多少鐵皮屋違章，簡直欺平民百姓太甚，只許州官放火，不許百姓點燈，莫此為甚。

9月6日南市府工務局、地政局、民政局、警察局、法制處等單位，前往臺灣人民共產黨天后宮現場會勘，確認該址建築物確實為違章建築無誤，亦同時違反地政、農業、建築等相關法令，決議依法給予７天自行改善，屆期不改善，將依法處理。

工務局表示，該地點為一般農業區養殖用地及農牧用地，現況擅自鋪設水泥地、增建建築物、挖設水池等設施，均無領得農業設施許可，已違反區域計畫法，亦無法取得建築執照，屬實質違建。

經查現況為臺灣人民共產黨部，屬政黨活動及集會場所，會有不特定人聚集，具公共場所性質，此亦違反地政、農業、建築等相關法規或法令，如不立即拆除可能有公共安全之虞，因此，市府將依法執行處分，絕不寬貸。