對恐龍這個類群而言,除了基於樹的定義,還有基於形態學的定義。通過大量的對比解剖工作,研究人員發現了有不少共同衍征存在於恐龍這個大類群中,基於Nesbitt 2011年的工作,也是他博士論文中的一章,以下12個共同衍征是屬於恐龍這個類群的(直接粘貼維基百科dinosaur詞條,主要都是解剖學的概念,感興趣的同學可以自己翻譯或者看原論文):
最後,如果仔細去思考支序系統學的假設和方法論,會發現它不能完全描述所有的情況,有些時候甚至會有循環論證的現象,但是這些現在都不影響翼龍不是恐龍的結論。只能說,在使用了接近半個世紀之後,脊椎動物古生物學不應該走向停滯,反而有很大的改進空間,這也是留給現代的古生物學家的問題。