益生菌是定植於人體腸道其中有99%就坐落於腸道之中甚至在生殖系統內，是能產生對健康有功效物質的微生物，是生命健康的根源，體內的益生菌平衡，可以有效阻擋外來對人體有害的各種致病菌。人們不正常的生活習慣，如熬夜、挑食、愛喫肉或炸物、喝酒、濫用藥物如抗生素等，都會導致人體腔腸內的菌叢的不平衡甚至死亡（藥物是不會分好壞菌的），腸道益菌所產生的保護屏障破損，因而容易致病，或者讓腸道無法攝取養分，導致人體容易發病，營養不良，也有可能相反，容易發胖，因為你養出來的菌跟著你愛喫肉，愛喫炸物，把身體不該吸收的多餘養份通通轉給你，而導致容易發胖，所以照顧好體內自己的益菌是很重要的。

根據發表的文獻計算，正常人的腸道菌數量是人體總細胞數 (60兆) 的10倍、人體基因數 (兩萬多個) 的150倍。因此腸道還有人體「第二個大腦」的稱呼。

為何會有人稱呼腸道為「第二個大腦」，這是因為腸道內層分佈許多神經，與人體中樞神經相連，既稱為中樞神經，就表示相當是一個中央控制系統與大腦有所連接，當然也就會與大腦相互影響。簡單的敘述，有沒有肚子餓的時候讓你感覺很煩，腦袋無法思考，喫飽後心情就會很開心，肚子悶的時候心情跟著悶．就是類似這樣，但事實上是更複雜些的變化，只是礙於篇幅舉個例子。

人體腸道表面的黏膜及細胞，在沒有益菌屏障保護下，是相當容易遭受外來的致病菌的侵襲並造成危害，形成各種腸子毛病。以最常見的就是便祕、脹氣、腹瀉、嚴重者會是需要送醫的地步，如：腸發炎、拖久了還有可能會變成腸穿孔、甚至造成死亡。

相反的若是在正常人體中存在適當的益菌菌叢，會把你喫進去的營養合成各種人體所需維生素，幫助你消化食物，促進你的腸道蠕動，不讓消化後產生的廢棄物堆積在體內，（一般人稱呼的宿便），如此就能有效抑制外來致病菌羣的生長，甚至會幫忙分解有害、有毒物質等進而排出體外。益菌可通過與致病菌競爭佔位，競爭營養成分，而其代謝產物可抑制致病菌的生長，面對外來病菌就會如同一個國家的軍隊面對入侵者一樣，來者是敵便殺，會拒絕壞菌入侵，趕跑壞菌，從而對人體腸道有著重要的保護作用。

其實維護體內良好菌叢環境是簡單的，飲食均衡蔬菜水果不可少、睡眠要充足，水分要喝夠，運動要足夠，如廁作息要正常，生活要平緩，這樣就可以培養一支保護人體內的軍隊，而不用花大錢去買保養養生藥品

但是就是現在人忙碌，飲食不正常，暴飲暴食，才造成現今這麼多文明病，所幸現在有廠商開發了益菌補充包，讓人平常也可以補充，只不過，畢竟這是外來的菌種，在體內有作用的是必須活菌纔行，但有些廠商菌種來源不清，也有可能是使用死菌填充，或者是人體不需要的填充菌，購買時最好確保來源是不是活菌，是否符合人體所需，只是這些補充益生菌株會依人體狀況存活率不超過一星期，因此建議要持續補充纔行。