媒体报导，立法院预算中心调查，去年国发基金投资46家公私合营事业，就有19家亏损，换算下来，有4成以上经营不善。对此，国发会副主委郑贞茂今天(3日)指出，这样的说法不尽公平，首先国发基金的投资本来就不是以获利为目的，其次，国发基金每年都有将盈余缴库，若从1975年原始基金规模新台币300多亿元来计算，目前获利超过8千亿，绩效几乎放大超过26倍，这之中「完全没有拿纳税人的钱」。

郑贞茂强调，国发基金是要扶植国家产业，且在准备投资前，都会经过四道程序审核，看看是否符合国家政策。对投资有亏损的公司，就直接扣上投资绩效不彰的帽子，这样说法有点偏颇。

至于有亏损的状况是否要退出？郑贞茂说，许多产业从种子期到成熟期需要一段时间，因此投资期间要拉长，国发基金不会在股价下跌或帐面亏损就退出，而是要看是否达到当初设定目标、挹注产业成长后，才会考虑退出。