巨型「新药种子库」设计与筛选

——新药创制的新引擎

新药的发现目前在新药研发的过程中,尽管有非常多的挑战,但是最根本还在于过程中先导化合物的发现以及优化(Lead Generation)。找到一个理化性质优异的先导化合物能够提高后续临床试验的可靠性。但是传统的筛选技术面临筛选速度慢,筛选化合物空间覆盖程度低,对一些靶点不能够进行有效筛选。例如蛋白蛋白相互作用靶点用传统筛选技术几乎没有什么成果。

DNA编码化合物库设计及筛选技术是当前新药发现领域最前沿的技术之一,它利用庞大的化合物数量(几十亿库化合物)有效解决了传统筛选技术化合物结构覆盖低的问题,同时利用有一定活性的化合物作为骨架建库,提高了化合物的多样性。目前,DNA编码化合物库筛选技术主要是基于亲和筛选,因此相对于传统一对一筛选而言,能够一次性对整个库(几十万化合物到数亿不等)进行筛选,有效提高了效率。

目前全球大型制药公司都拥有自己的化合物库和先导化合物物筛选平台,但是利用DNA编码化合物合成技术与相应筛选技术的公司,目前全球主要有四家。值得自豪的是,咱们中国就有一家提供这种服务。她就是成都先导药物开发有限公司。HitGen作为国内唯一能够提供该技术服务的企业,为国内制药企业在先导化合物的发现方面扫清了技术壁垒。

通过组合化学以及DNA技术产生的DNA编码化合物库原则是能够无限制地产生化合物。但是由于合成技术限制,以及库反应类型限制,加上为了避免「近亲繁殖」等不利因素,通常拼接片段在三维到四维。利用具有活性的化合物作为骨架建造中等大小的化合物库(几千万以下),有效提高了化合物的多样性。在几十亿化合物的DNA编码化合物库中的每一个化合物都带有一段独特的DNA,通过高通量测序技术就能够得到任何一个化合物的具体结构信息。这样就能知道筛选出来的苗头化合物的具体结构。

以下图为例。DNA编码化合物库筛选技术主要基于亲和力筛选,将固化的活性蛋白和DNA编码化合物库进行孵育,与活性蛋白有亲和力的化合物和蛋白结合。由于化合物与DNA编码信息一一对应,通过高通量测序技术得到苗头化合物的具体结构信息。最后,重新合成不带DNA标签的苗头化合物小分子,并进行后续的活性验证以及优化,最后得到先导化合物。

DNA编码化合物库筛选技术相对于传统筛选技术有如下优势:

  • 缩短新药筛选周期2~3年,提高筛选效率(DEL筛选一次3周左右/传统筛选技术筛选一次3~12 个月)
  • DEL库化合物可达数亿级以上;传统化合物库库化合物1千万以下
  • DEL的化合物结构空间覆盖率相对传统化合物高
  • DEL筛选技术能够对传统筛选技术较难筛选到药物的靶点进行筛选,例如PPI靶点

成都先导专注于药物研发早期阶段的先导化合物的发现及优化,致力于打造全球最优质的具有自主知识产权的DNA编码化合物库,成为新药创制的「新引擎」。正在开展约30项新药开发项目,靶点集中于传统小分子筛选较难的靶点(11个蛋白蛋白相互作用靶点),适应症集中于慢性重大疾病如肿瘤、心血管、糖尿病、呼吸道疾病等领域。目前成都先导已经完成逾56亿库化合物合成,成为中国唯一,全球多样性第一的「新药种子库」,申请25项中国及PCT发明专利,2项已获授权,获6项软体著作权,建立了与多家国际大药企和生物技术公司的新药合作。

成都先导药物开发有限公司(HitGen Ltd)

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