由於本人個人的一些原因,距離上次更新文章已經有很長時間了。在此向大家說一聲抱歉。之前有關GO注釋的文章裏,有讀者諮詢,是否有批量查找基因GO注釋的方法。本期,本人就給讀者推薦一個非常實用的,完成基因GO批量注釋的網站。

david在本人入行期間可謂稱霸一方,目前搜索應用david網站(鏈接:molecularecologist.com/)進行分析的文章也是相當的。當然,David的成功並不是空穴來風的。作為測序時代來臨之前的晶元時代,最為知名的注釋工具,老資歷和高引用率是其稱霸在線注釋圈的資本。但是David這幾年存在一個非常可怕的問題,就是目前這個網站實在更新得太不及時了。

david網站古樸的頁面風格

看著david這復古的界面風格,就可以看出來,借著高引用率這個金字招牌,david運營方在功能更新上基本不在意。 。這個現象的一個深層次原因,還是科研論文發表的體制問題。對於編輯而言,叫他們實時跟進這種在線資料庫更新問題其實根本不太可能,而科研工作者,為了能畢業等原因,依從先例又是最為穩妥的解決方案,所以david這種佔著大量用戶,但是不更新的網站才能大行其道。

圖中可以看到DAVID感染的更新速度,5年都沒有更新過資料庫了!!!

拋開資料庫更新速度「感人」這點之外,david網站提供的功能還是很全面的。除了ID轉換、KEGG、Biocarta資料庫注釋,數據導出等功能。對於不是專門搞基因組的用戶來說,已經涵蓋了其全部需求。

那有沒有更新迅速,並且功能強大的基因注釋網站呢?當時是有的,這就是g:profiler。

g:profiler 的網址是biit.cs.ut.ee/gprofiler 是一個目前更新比較及時的基因功能注釋網站,其中包含多個物種,除了醫學常用的人和鼠的基因組之外,還收錄了其他很多動植物。

gprofiler的界面就現代感多了,功能也更加全面,最重要的是:更新及時!

相比其他功能相對單一的基因注釋網頁工具,g:profile還整合了基因富集功能和可視化弄能,對於相對簡單的問題可以直接完成一站式分析(也就是從數據輸入,到圖表產出)

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