单细胞分析聚类得到各个分类群后,通常我们需要依赖Marker gene来定义每一个类群;
在使用Monocle
进行发育轨迹分析或细胞聚类时,如果有Marker gene也可以更好的进行结果分析。
那么如何获取这些对应的Marker gene呢?
上次单细胞培训时(5月份下一期培训也开始了),一位老师给推荐了CellMarker
资料库,是哈尔滨医科大学 Yun Xiao
老师等在2019年1月份发表于核酸研究 (Nucleic Acids Research)资料库专刊的工作,访问地址: http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker。
该团队通过梳理100,000+
发表的文献,梳理出人的158
个组织 (亚组织)的467
个细胞类型的13,605
个Marker基因,和鼠的81
个组织 (亚组织)的389
个细胞类型的9, 148
个Marker基因。