Anaconda 对于没有root许可权的使用者帮助很大，在env 下面可以创建多个不同的环境，管理起来很方便，对于生信工作者来说这个环境管理工具是巨大的福音。对于有不同版本python 和R 需求的软体，Anaconda可以创建对应的环境，并进行切换，这篇主要讲 Anaconda下的环境创建，和多版本 Python/ R 的管理。

我个人推荐安装 Anaconda 的4.3.21 版本，之前在 Error篇讲过，4.3.27之后的 Anaconda可能是为了编译速度，把C语言的编译器设置为一个不存在的虚拟路径。但在这个虚拟路径下是缺少一些动态库的，某些恰好依赖于这些缺失的动态库的R包就无法安装。

旧版本的 Anaconda同样存在问题，某些动态库的默认的安装源和别的不同，目前个人觉得最好用的还是4.3.21 版本

环境创建：

conda create -n 环境名

不同版本Python的安装：

conda create -n py27 python = 2.7
conda create -n py36 python = 3.6

其实在已创建好的python3.6 环境下也可以安装 python2.7，但是某些python 包无法安装在多版本的环境下，不建议安装。

不同版本R的安装：

Bioconductor 有些R包的安装需要旧版本的R，令人头大，我们也可以像对python的管理一样，安装不同版本的R。

创建一个环境，并安装最新版本的R：

conda create -n r
conda install r

旧版本的r安装（以3.4.1为例）：

conda install -c r r=3.4.1

Anaconda Cloud 上的R版本还是很全的：

如果你连不上 Anaconda Cloud，可以使用：

conda install r=3.4.1

常用的环境管理命令（以py27为例）：

环境激活/切换：

source activate py27

退出已激活的环境：

source deactivate py27

查看已创建的环境：

conda info --envs

移除已安装的环境：

conda remove -n py27 --all

复制一个环境：

conda create -n newenv --clone py27

环境激活下的软体管理（以macs2为例）：

在某个环境下安装软体需要先激活，然后：

conda install macs2

删除已安装的包：

conda remove -n py27 macs2

查看已安装的包：

conda list

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