拿破崙戰爭後，俄國開始入侵波斯帝國，先後從波斯搶得韃靼斯坦、喬治亞、亞美尼亞等地，並逐步使波斯成為俄國的保護國；

（註：波斯帝國於1935年3月22日巴列維王朝統治時期，更名為伊朗帝國。）

在1856年克里米亞戰爭被英法聯軍擊敗後，俄國向西擴張的可能被遏制，轉而集中力量征服南北高加索，及在遠東對中國的入侵；

為遏制俄國對印度洋的侵略企圖，英國以阿富汗作為英俄兩國勢力範圍之緩衝區；並也同時攻入波斯；

1859年6月，北高加索抵抗軍領袖伊瑪目沙米爾被俄軍所俘，俄國完成對北高加索的全面佔領；但南高加索在奧斯曼帝國的支援下，仍在抵抗；

在征服北高加索後，俄國開始入侵中亞細亞；

現今的中亞細亞，有五個國家原為蘇聯的一部分：哈薩克、烏茲別克、土庫曼、吉爾吉斯斯坦、塔吉克；

這五國共400餘萬平方公里，在被俄國侵佔之前，它們分別屬於哈薩克汗國、希瓦汗國、浩罕汗國、布哈拉汗國及中國；（註：中國約佔50萬平方公里。）

俄國首先滅亡了哈薩克汗國，隨即對另外三個汗國及中國內外新疆展開入侵。

1864年7月19日，曾國荃湘軍攻入南京城，將洪秀全挫骨揚灰，湘軍在金陵大肆焚掠，六朝故都被洗劫一空；

（註：南京歷史上有兩次全城被毀，一是西元589年，隋軍滅亡南朝，一是此次湘軍焚城；1937年的事件遠遠不能與這兩次相提並論；而且隋軍與湘軍之行為分別有隋文帝楊堅和曾國藩、曾國荃兄弟之官方授意。）

雖然佔領南京城，但這並不意味著清廷天下太平，就人民所受苦難而言，可能比之前更加深重，此時清廷面臨五大患：

一、捻軍

1861年9月，安慶失守後，英王陳玉成被洪秀全革除王爵，陳玉成乃準備效法石達開與洪天王分道揚鑣；陳派賴文光赴陝西與捻軍聯繫，欲赴西北建立基業；捻軍聲勢大振後，陳玉成即動身北上，但在途中被苗沛霖誘捕於壽州（今安徽淮南，1862年5月15日）；

陳玉成雖然身亡，但賴文光、張樂行、張宗禹、任柱捻軍已然縱橫關中、中原；

二、陝甘回亂

1862年春，趁西北清軍主力被捻軍吸引，陝西、甘肅回民紛起叛亂；

（注1：中華民國史稱為陝甘回亂或同治回亂，中共史稱陝甘新疆回民農民起義；世界多數國家通常稱為東幹起義，因為他們把中國的穆斯林統稱為東幹族；

注2：當時甘肅省轄今寧夏全部、青海境內青海湖、黃河以北地區，含西寧；

注3：當左宗棠最終平定陝甘之時，回漢兩族相互屠殺，斃命者達兩千萬人，為世界文明史之罕見浩劫。）

三、 新疆大亂

陝甘回亂爆發之時，清軍在新疆共有駐軍5萬餘人，由於長期與太平軍、捻軍作戰，駐軍軍費北京當局已無力承擔，清廷的應對法術是就地徵稅；西北大亂後，清廷進一步提高稅負甚至公開賣官以維持軍政開支；

清季內外新疆分為三大區域：

1、 伊犁將軍轄區（今已只剩伊犁）；

2、 烏魯木齊都統轄區（今北疆）；

3、 喀什噶爾參贊大臣轄區（今南疆，鹹豐之前稱「總理回疆事務參贊大臣」）。

內外新疆由伊犁將軍統一節制；伊犁將軍正一品、烏魯木齊都統從一品、參贊大臣正二品。

與外新疆、北疆接壤的是烏裏雅蘇臺將軍轄區。

烏裏雅蘇臺將軍，又稱定邊左副將軍，為清代節制外蒙古及唐努烏梁海的最高軍政長官。

自1864年6月初開始，受陝甘回亂、俄軍入侵之影響，加上稅負沉重，以及百年來伊斯蘭教眾對清廷之仇怨，新疆各地的回族、維吾爾、哈薩克、吉爾吉斯人紛紛暴動，新疆大亂；第一個被穆斯林攻陷的城市是南疆的龜茲（今庫車），於6月3日易幟；此後便是星火燎原了；

（注1：清軍自1755年大舉入疆後，兆惠等八旗將領在新疆殘殺甚酷，兆惠並獻維吾爾和卓木氏與乾隆帝，即香妃；香妃被擄，被新疆穆斯林視為奇恥大辱。

注2：維吾爾族即土耳其族，維族這個稱謂來自於蘇俄1921年的自創。）

四、俄國入侵

1862年7月起，俄軍開始襲擾中國外新疆，要求清廷承認俄方制定的俄國、清國、浩罕汗國三國邊界；

由於初始談判不順利，1863年7月開始，俄軍頻頻與清軍發生武裝衝突；

五、 東南太平軍

湘軍雖然攻佔南京，但在浙閩贛粵四省尚有數十萬太平軍在李世賢、汪海洋等率領下繼續作戰。

1864年4月1日，西安將軍兼正紅旗蒙古都統多隆阿於陝西關中被穆斯林擊斃；

7月15日，新疆穆斯林攻入烏魯木齊，烏魯木齊提督業布沖額服毒自盡；

10月5日，穆斯林攻佔烏魯木齊全城，烏魯木齊都統平瑞點燃炸藥，舉家自盡；

清廷隨即將伊犁將軍常清解職，以伊犁參贊大臣明緒接任；

10月7日，在西北已全面崩潰的清國，與俄國在塔城簽訂《中俄勘分西北界約記》，將巴爾喀什湖以東以南，伊犁以北以西地區44萬餘平方公里割讓與俄國；（俄國史稱「俄中勘界塔城議定書」）

清廷簽約代表為定邊左副將軍兼鑲紅旗漢軍都統明誼；俄國代表為駐伊犁總領事伊萬紮哈羅夫、鄂木斯克軍團司令部軍需長、欽命與清國勘界全權委員費奧多羅維奇·巴布科夫上校；當時塔城位於烏裏雅蘇臺將軍與伊犁將軍轄區交界處。

10月25日，洪天貴福、洪仁玕等逃至江西贛州被沈葆楨俘獲，受凌遲處死；

1865年1月，45歲的浩罕悍將穆罕默德·阿古柏（塔吉克族）率76人越境進入新疆；

1865年6月，科爾沁親王僧格林沁在山東菏澤被賴文光捻軍擊斃；

1865年9月1日，阿古柏一舉攻陷喀什及疏勒，喀什噶爾參贊大臣奎英舉家自焚；此後阿古柏橫掃新疆南北，於當年年底建立畢杜勒特汗國，定都喀什；（又稱東突厥斯坦）

1865年10月，江蘇巡撫李鴻章在南京建立金陵機器製造局，在上海建立江南機器製造總局；這是中國第一批近代化兵工廠；

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