針對總統專機免稅菸品案，華航今（ 2 ）日提出調查與檢討報告呈報交通部，部分內容因涉及司法調查，多數內容在檢方要求下必須遮蔽，不得對外公部，但對歷次專案資料、機邊交貨起始點等，華航均有進一步說明，同時也提出檢討與改善措施。交通部表示，除要求華航全力配合司法調查，未來也會督促華航落實相關改善措施。

交通部指出，根據華航呈報「專機免稅菸案調查報告」，已於 7 月底將免稅品銷管系統資料存庫數據，以人力方式回復匯出至 2005 年 4 月的專機資料， 2005 年 4 月起至 2006 年 5 月共有 4 次專機任務，免稅菸品的實際銷售數量為 75 條至 6 百餘條不等。

另外，華航配合專機任務，菸品於機邊交貨，違反海關及機坪作業管理規定，資料顯示始於 2016 年 3 月 13 日前總統馬英九任內的「久安專案」，此次菸品數量為 3 千 6 百餘條；華航於報告中表示，日前已約談 2016 年 3 月時任副總經理及經理，相關資料將移送檢調處理。

至於華航領取免稅品的領料單未向關務署巡緝科申請、華航內部是否有人參與或濫用職權參與不法團購、未依規定上機改機邊交貨的命令由誰下達、華膳誰同意配合把免稅品放在保稅倉庫、媒體指「國安人員打一通電話給 11 職等職員就搞定」等情節。

對此，交通部說明，對相關調查資料涉及偵查祕密部分，為避免相關內容公佈後致使相關人員有空中串證之虞，檢調單位要求，相關人員對外均不得擅自洩漏涉及偵查祕密之案件事實與調查內容，以免觸法。

依據華航所提報告，改善措施包括未來專機菸品將比照一般客機，不開放預購；對於菸品等管制項目裝載數量，將以旅客總人數可攜帶量為準；將落實執行機上交貨，嚴禁機邊提領；將加強督導華膳空廚落實遵循保稅倉庫相關法規；將追究決定機邊交貨主管之行政責任；將加強員工法治教育等。交通部表示，後續將責成航發會確實督促華航落實相關措施，現階段則已要求華航全力配合檢調偵辦。