可可西里無人區里有 藏羚羊、藏原羚、藏野驢、野氂牛、白唇鹿、雪豹、盤羊、岩羊、棕熊、猞猁、兔猻、石貂、豺，藏狐

鳥類有金雕、紅隼、大鵟、藏雪雞、大天鵝、西藏毛腿沙雞；

爬行動物有青海沙蜴

魚類有裸腹葉須魚、小頭裸裂尻魚，均為高原特有種。還有一些昆蟲和水生低等生物，這些動物有些是在青藏高原能看見的，可可西里保護區內都有，但也不是平時在內地能看見的